How does the ubiquitin-like protein NEDD8 activate ubiquitin ligase machineries?

Informations projet

Nedd8Activate

N° de convention de subvention: 789016

DOI

10.3030/789016

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Avril 2018

Date de début 1 Octobre 2018

Date de fin 30 Septembre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 193 871,00

Contribution de l’UE

€ 2 193 871,00

Coordonné par

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (18)

Linkage-specific ubiquitin chain formation depends on a lysine hydrocarbon ruler

Auteurs: Joanna Liwocha, David T. Krist, Gerbrand J. van der Heden van Noort, Fynn M. Hansen, Vinh H. Truong, Ozge Karayel, Nicholas Purser, Daniel Houston, Nicole Burton, Mark J. Bostock, Michael Sattler, Matthias Mann, Joseph S. Harrison, Gary Kleiger, Huib Ovaa, Brenda A. Schulman
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 17/3, 2021, Page(s) 272-279, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-00696-0

K6-linked ubiquitylation marks formaldehyde-induced RNA-protein crosslinks for resolution.

Auteurs: Aldwin Suryo Rahmanto, Christian J Blum, Claudia Scalera , Jan B Heidelberger, Mikhail Mesitov , Daniel Horn-Ghetko, Justus F Gräf, Ivan Mikicic, Rebecca Hobrecht, Anna Orekhova, Matthias Ostermaier, Stefanie Ebersberger, Martin M Möckel, Nils Krapoth, Nádia Da Silva Fernandes, Athanasia Mizi, Yajie Zhu, Jia-Xuan Chen, Chunaram Choudhary, Argyris Papantonis, Helle D Ulrich, Brenda A Schulman,
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 83/23, 2023, Page(s) 4272-4289.e10, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.10.011

CUL5-ARIH2 E3-E3 ubiquitin ligase structure reveals cullin-specific NEDD8 activation

Auteurs: Sebastian Kostrhon, J. Rajan Prabu, Kheewoong Baek, Daniel Horn-Ghetko, Susanne von Gronau, Maren Klügel, Jérôme Basquin, Arno F. Alpi, Brenda A. Schulman
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 17/10, 2021, Page(s) 1075-1083, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-021-00858-8

Structure of CRL7FBXW8 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for multi-cullin-RING E3-catalyzed ubiquitin ligation.

Auteurs: Hopf LVM, Baek K, Klügel M, Gronau Sv, Xiong Y, Schulman BA
Publié dans: Nature Structural and Molecular Biology, Numéro 29, 2022, Page(s) 854-864, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00815-6

Decoding the messaging of the ubiquitin system using chemical and protein probes

Auteurs: Lukas T. Henneberg, Brenda A. Schulman
Publié dans: Cell Chemical Biology, Numéro 28/7, 2021, Page(s) 889-902, ISSN 2451-9456
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.chembiol.2021.03.009

Activity-based profiling of cullin-RING ligase networks by conformation-specific probes.

Auteurs: Henneberg LT, Singh J, Duda DM, Baek K, Yanishevski D, Murray PJ, Mann M, Sidhu SS, Schulman BA.
Publié dans: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-023-01392-5

NEDD8 and ubiquitin ligation by cullin-RING E3 ligases

Auteurs: Kheewoong Baek, Daniel C Scott, Brenda A Schulman
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 67, 2021, Page(s) 101-109, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2020.10.007

Papain-like protease regulates SARS-CoV-2 viral spread and innate immunity

Auteurs: Donghyuk Shin, Rukmini Mukherjee, Diana Grewe, Denisa Bojkova, Kheewoong Baek, Anshu Bhattacharya, Laura Schulz, Marek Widera, Ahmad Reza Mehdipour, Georg Tascher, Paul P. Geurink, Alexander Wilhelm, Gerbrand J. van der Heden van Noort, Huib Ovaa, Stefan Müller, Klaus-Peter Knobeloch, Krishnaraj Rajalingam, Brenda A. Schulman, Jindrich Cinatl, Gerhard Hummer, Sandra Ciesek, Ivan Dikic
Publié dans: Nature, Numéro 587/7835, 2020, Page(s) 657-662, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2601-5

E3 ligase autoinhibition by C-degron mimicry maintains C-degron substrate fidelity.

Auteurs: Daniel C Scott, Moeko T King, Kheewoong Baek, Clifford T Gee, Ravi Kalathur, Jerry Li, Nicholas Purser, Amanda Nourse, Sergio C Chai, Sivaraja Vaithiyalingam, Taosheng Chen, Richard E Lee, Stephen J Elledge, Gary Kleiger, Brenda A Schulman.
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 83/5, 2023, Page(s) 770-786.e.9, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.01.019

NEDD8 nucleates a multivalent cullin–RING–UBE2D ubiquitin ligation assembly

Auteurs: Kheewoong Baek, David T. Krist, J. Rajan Prabu, Spencer Hill, Maren Klügel, Lisa-Marie Neumaier, Susanne von Gronau, Gary Kleiger, Brenda A. Schulman
Publié dans: Nature, Numéro 578/7795, 2020, Page(s) 461-466, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2000-y

Systemwide disassembly and assembly of SCF ubiquitin ligases.

Auteurs: Baek K, Scott DC, Henneberg LT, King M, Mann M, Schulman BA
Publié dans: Cell, Numéro 186/9, 2023, Page(s) 1895-1911.e.21, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2023.02.035

New classes of E3 ligases illuminated by chemical probes.

Auteurs: Daniel Horn-Ghetko and Brenda A. Schulman
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 73, 2022, Page(s) 102341, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2022.102341

How the ends signal the end: Regulation by E3 ubiquitin ligases recognizing protein termini.

Auteurs: Sherpa, D., Chrustowicz, J., & Schulman, B.
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 82/8, 2022, Page(s) 1424-1438, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.02.004

A GID E3 ligase assembly ubiquitinates an Rsp5 E3 adaptor and regulates plasma membrane transporters.

Auteurs: Langlois CR, Beier V, Karayel O, Chrustowicz J, Sherpa D, Mann M, Schulman BA.
Publié dans: EMBO Reports, Numéro 23, 2022, Page(s) e53835, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202153835

Ubiquitin ligation to F-box protein targets by SCF–RBR E3–E3 super-assembly

Auteurs: Daniel Horn-Ghetko, David T. Krist, J. Rajan Prabu, Kheewoong Baek, Monique P. C. Mulder, Maren Klügel, Daniel C. Scott, Huib Ovaa, Gary Kleiger, Brenda A. Schulman
Publié dans: Nature, Numéro 590/7847, 2021, Page(s) 671-676, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03197-9

An expanded lexicon for the ubiquitin code. Nature Reviews Molecular Cell Biology. doi.

Auteurs: Dikic, I., & Schulman, B. A.
Publié dans: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Numéro 24/4, 2022, Page(s) 273-287, ISSN 1471-0072
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-022-00543-1

Structural snapshots along K48-linked ubiquitin chain formation by the HECT E3 UBR5.

Auteurs: Hehl LA, Horn-Ghetko D., Prabu JR, Vollrath R., Vu DT, Pérez Berrocal DA, Mulder MPC, van der Heden van Noort GJ, Schulman BA.
Publié dans: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-023-01414-2

A pro-Fluorescent Ubiquitin-based Probe to Monitor Cysteine-based E3 Ligase Activity.

Auteurs: Pérez Berrocal D, Vishwanatha T, Horn Ghetko D, Bosch J, Hehl L, Kostrhon S, Misra M, Dikic I, Geurink P, van Dam H, Schulman B, Mulder MPC.
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 62/32, 2023, Page(s) e202303319, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202303319