How does the ubiquitin-like protein NEDD8 activate ubiquitin ligase machineries?

Informazioni relative al progetto

Nedd8Activate

ID dell’accordo di sovvenzione: 789016

DOI

10.3030/789016

Progetto chiuso

Data della firma CE 17 Aprile 2018

Data di avvio 1 Ottobre 2018

Data di completamento 30 Settembre 2023

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 193 871,00

Contributo UE

€ 2 193 871,00

Coordinato da

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (18)

Linkage-specific ubiquitin chain formation depends on a lysine hydrocarbon ruler

Autori: Joanna Liwocha, David T. Krist, Gerbrand J. van der Heden van Noort, Fynn M. Hansen, Vinh H. Truong, Ozge Karayel, Nicholas Purser, Daniel Houston, Nicole Burton, Mark J. Bostock, Michael Sattler, Matthias Mann, Joseph S. Harrison, Gary Kleiger, Huib Ovaa, Brenda A. Schulman
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, Numero 17/3, 2021, Pagina/e 272-279, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-00696-0

K6-linked ubiquitylation marks formaldehyde-induced RNA-protein crosslinks for resolution.

Autori: Aldwin Suryo Rahmanto, Christian J Blum, Claudia Scalera , Jan B Heidelberger, Mikhail Mesitov , Daniel Horn-Ghetko, Justus F Gräf, Ivan Mikicic, Rebecca Hobrecht, Anna Orekhova, Matthias Ostermaier, Stefanie Ebersberger, Martin M Möckel, Nils Krapoth, Nádia Da Silva Fernandes, Athanasia Mizi, Yajie Zhu, Jia-Xuan Chen, Chunaram Choudhary, Argyris Papantonis, Helle D Ulrich, Brenda A Schulman,
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 83/23, 2023, Pagina/e 4272-4289.e10, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.10.011

CUL5-ARIH2 E3-E3 ubiquitin ligase structure reveals cullin-specific NEDD8 activation

Autori: Sebastian Kostrhon, J. Rajan Prabu, Kheewoong Baek, Daniel Horn-Ghetko, Susanne von Gronau, Maren Klügel, Jérôme Basquin, Arno F. Alpi, Brenda A. Schulman
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, Numero 17/10, 2021, Pagina/e 1075-1083, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-021-00858-8

Structure of CRL7FBXW8 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for multi-cullin-RING E3-catalyzed ubiquitin ligation.

Autori: Hopf LVM, Baek K, Klügel M, Gronau Sv, Xiong Y, Schulman BA
Pubblicato in: Nature Structural and Molecular Biology, Numero 29, 2022, Pagina/e 854-864, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00815-6

Decoding the messaging of the ubiquitin system using chemical and protein probes

Autori: Lukas T. Henneberg, Brenda A. Schulman
Pubblicato in: Cell Chemical Biology, Numero 28/7, 2021, Pagina/e 889-902, ISSN 2451-9456
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.chembiol.2021.03.009

Activity-based profiling of cullin-RING ligase networks by conformation-specific probes.

Autori: Henneberg LT, Singh J, Duda DM, Baek K, Yanishevski D, Murray PJ, Mann M, Sidhu SS, Schulman BA.
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-023-01392-5

NEDD8 and ubiquitin ligation by cullin-RING E3 ligases

Autori: Kheewoong Baek, Daniel C Scott, Brenda A Schulman
Pubblicato in: Current Opinion in Structural Biology, Numero 67, 2021, Pagina/e 101-109, ISSN 0959-440X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2020.10.007

Papain-like protease regulates SARS-CoV-2 viral spread and innate immunity

Autori: Donghyuk Shin, Rukmini Mukherjee, Diana Grewe, Denisa Bojkova, Kheewoong Baek, Anshu Bhattacharya, Laura Schulz, Marek Widera, Ahmad Reza Mehdipour, Georg Tascher, Paul P. Geurink, Alexander Wilhelm, Gerbrand J. van der Heden van Noort, Huib Ovaa, Stefan Müller, Klaus-Peter Knobeloch, Krishnaraj Rajalingam, Brenda A. Schulman, Jindrich Cinatl, Gerhard Hummer, Sandra Ciesek, Ivan Dikic
Pubblicato in: Nature, Numero 587/7835, 2020, Pagina/e 657-662, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2601-5

E3 ligase autoinhibition by C-degron mimicry maintains C-degron substrate fidelity.

Autori: Daniel C Scott, Moeko T King, Kheewoong Baek, Clifford T Gee, Ravi Kalathur, Jerry Li, Nicholas Purser, Amanda Nourse, Sergio C Chai, Sivaraja Vaithiyalingam, Taosheng Chen, Richard E Lee, Stephen J Elledge, Gary Kleiger, Brenda A Schulman.
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 83/5, 2023, Pagina/e 770-786.e.9, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.01.019

NEDD8 nucleates a multivalent cullin–RING–UBE2D ubiquitin ligation assembly

Autori: Kheewoong Baek, David T. Krist, J. Rajan Prabu, Spencer Hill, Maren Klügel, Lisa-Marie Neumaier, Susanne von Gronau, Gary Kleiger, Brenda A. Schulman
Pubblicato in: Nature, Numero 578/7795, 2020, Pagina/e 461-466, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2000-y

Systemwide disassembly and assembly of SCF ubiquitin ligases.

Autori: Baek K, Scott DC, Henneberg LT, King M, Mann M, Schulman BA
Pubblicato in: Cell, Numero 186/9, 2023, Pagina/e 1895-1911.e.21, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2023.02.035

New classes of E3 ligases illuminated by chemical probes.

Autori: Daniel Horn-Ghetko and Brenda A. Schulman
Pubblicato in: Current Opinion in Structural Biology, Numero 73, 2022, Pagina/e 102341, ISSN 0959-440X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2022.102341

How the ends signal the end: Regulation by E3 ubiquitin ligases recognizing protein termini.

Autori: Sherpa, D., Chrustowicz, J., & Schulman, B.
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 82/8, 2022, Pagina/e 1424-1438, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.02.004

A GID E3 ligase assembly ubiquitinates an Rsp5 E3 adaptor and regulates plasma membrane transporters.

Autori: Langlois CR, Beier V, Karayel O, Chrustowicz J, Sherpa D, Mann M, Schulman BA.
Pubblicato in: EMBO Reports, Numero 23, 2022, Pagina/e e53835, ISSN 1469-221X
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202153835

Ubiquitin ligation to F-box protein targets by SCF–RBR E3–E3 super-assembly

Autori: Daniel Horn-Ghetko, David T. Krist, J. Rajan Prabu, Kheewoong Baek, Monique P. C. Mulder, Maren Klügel, Daniel C. Scott, Huib Ovaa, Gary Kleiger, Brenda A. Schulman
Pubblicato in: Nature, Numero 590/7847, 2021, Pagina/e 671-676, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03197-9

An expanded lexicon for the ubiquitin code. Nature Reviews Molecular Cell Biology. doi.

Autori: Dikic, I., & Schulman, B. A.
Pubblicato in: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Numero 24/4, 2022, Pagina/e 273-287, ISSN 1471-0072
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-022-00543-1

Structural snapshots along K48-linked ubiquitin chain formation by the HECT E3 UBR5.

Autori: Hehl LA, Horn-Ghetko D., Prabu JR, Vollrath R., Vu DT, Pérez Berrocal DA, Mulder MPC, van der Heden van Noort GJ, Schulman BA.
Pubblicato in: Nature Chemical Biology, 2023, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-023-01414-2

A pro-Fluorescent Ubiquitin-based Probe to Monitor Cysteine-based E3 Ligase Activity.

Autori: Pérez Berrocal D, Vishwanatha T, Horn Ghetko D, Bosch J, Hehl L, Kostrhon S, Misra M, Dikic I, Geurink P, van Dam H, Schulman B, Mulder MPC.
Pubblicato in: Angewandte Chemie International Edition, Numero 62/32, 2023, Pagina/e e202303319, ISSN 1433-7851
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202303319