Killer plasmids as drivers of genetic code changes during yeast evolution

Información del proyecto

CODEKILLER

Identificador del acuerdo de subvención: 789341

DOI

10.3030/789341

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 25 Mayo 2018

Fecha de inicio 1 Octubre 2018

Fecha de finalización 31 Marzo 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 368 356,00

Aportación de la UE

€ 2 368 356,00

Coordinado por

UNIVERSITY COLLEGE DUBLIN, NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, DUBLIN
Ireland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (17)

Analysis of clinical<i>Candida parapsilosis</i>isolates reveals copy number variation in key fluconazole resistance genes

Autores: Sean Bergin, Laura A. Doorley, Jeffrey M. Rybak, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Christina A. Cuomo, P. David Rogers
Publicado en: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Edición 68, 2023, Página(s) aac.01619-23, ISSN 1098-6596
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1101/2023.12.13.571446

Identification of genetic variants of the industrial yeast Komagataella phaffii (Pichia pastoris) that contribute to increased yields of secreted heterologous proteins

Autores: Benjamin Offei, Stephanie Braun-Galleani, Anjan Venkatesh, William T. Casey, Kevin E. O’Connor, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Publicado en: PLOS Biology, Edición 20, 2022, Página(s) e3001877, ISSN 1545-7885
Editor: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001877

Mating-Type Switching in Budding Yeasts, from Flip/Flop Inversion to Cassette Mechanisms

Autores: Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Publicado en: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Edición 86, 2022, Página(s) mmbr.00007-21, ISSN 1092-2172
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00007-21

Draft genome sequence of the yeast <i>Schwanniomyces capriottii</i> strain UCD805, isolated from soil in Ireland

Autores: Padraic G. Heneghan, Adam P. Ryan, Eoin Ó Cinnéide, Jordan Davies, Cathal Bracken, Victoria Ogundipe, Maria Doheny, Liam Lenihan, Anastasia Passalaris, Rosalind Walker, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Kevin P. Byrne
Publicado en: Microbiology Resource Announcements, Edición 13, 2024, Página(s) mra.01073-23, ISSN 2576-098X
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01073-23

Zymocin-like killer toxin gene clusters in the nuclear genomes of filamentous fungi

Autores: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Kenneth H. Wolfe
Publicado en: Fungal Genetics and Biology, Edición 176, 2025, Página(s) 103957, ISSN 1087-1845
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fgb.2024.103957

WHO elements – A new category of selfish genetic elements at the borderline between homing elements and transposable elements

Autores: Matthieu Osborne, Athaliah Fubara, Eoin Ó Cinnéide, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Publicado en: Seminars in Cell &amp; Developmental Biology, Edición 163, 2024, Página(s) 2-13, ISSN 1084-9521
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2024.04.001

Genomic diversity, chromosomal rearrangements, and interspecies hybridization in the <i>Ogataea polymorpha</i> species complex

Autores: Sara J Hanson, Eoin Ó Cinnéide, Letal I Salzberg, Kenneth H Wolfe, Jamie McGowan, David A Fitzpatrick, Kate Matlin
Publicado en: G3, Edición 11, 2024, Página(s) jkab211, ISSN 2160-1836
Editor: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkab211

Genome sequences of two isolates of the yeast <i>Candida zeylanoides</i> : UCD849 from soil in Ireland, and AWD from an African wild dog

Autores: Richard W. McLaughlin, Conor Hession, Sean Bergin, Aoife Cosgrove, Andrew Dowd, Niall Garvey, Gabrielle Litovskich, Evita Osaigbovo, Denis Popa, Cynthia Thuku, Geraldine Butler, Kenneth H. Wolfe, Kevin P. Byrne
Publicado en: Microbiology Resource Announcements, Edición 13, 2024, Página(s) mra.01081-23, ISSN 2576-098X
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01081-23

Genome Analysis of a Newly Discovered Yeast Species, Hanseniaspora menglaensis

Autores: Adam P. Ryan, Marizeth Groenewald, Maudy Th. Smith, Cian Holohan, Teun Boekhout, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Publicado en: Journal of Fungi, Edición 10, 2025, Página(s) 180, ISSN 2309-608X
Editor: MDPI AG
DOI: 10.3390/jof10030180

Evolution of the Genetic Code in the Ascoideales (CUG-Ser2) Yeast Clade: The Ancestral tRNA-Leu(CAG) Gene Is Retained in Most <i>Saccharomycopsis</i> Species but Is Nonessential and Not Used for Translation

Autores: Eoin Ó Cinnéide, Caitriona Scaife, Eugène T Dillon, Kenneth H Wolfe
Publicado en: Genome Biology and Evolution, Edición 16, 2024, Página(s) evae166, ISSN 1759-6653
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae166

The yeast mating-type switching endonuclease HO is a domesticated member of an unorthodox homing genetic element family

Autores: Aisling Y Coughlan, Lisa Lombardi, Stephanie Braun-Galleani, Alexandre AR Martos, Virginie Galeote, Frédéric Bigey, Sylvie Dequin, Kevin P Byrne, Kenneth H Wolfe
Publicado en: eLife, Edición 9, 2020, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.55336

Origin of Lactose Fermentation in Kluyveromyces lactis by Interspecies Transfer of a Neo-functionalized Gene Cluster during Domestication

Autores: Javier A. Varela, Martina Puricelli, Raúl A. Ortiz-Merino, Romina Giacomobono, Stephanie Braun-Galleani, Kenneth H. Wolfe, John P. Morrissey
Publicado en: Current Biology, Edición 29/24, 2019, Página(s) 4284-4290.e2, ISSN 0960-9822
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.10.044

Polymorphic centromere locations in the pathogenic yeast Candida parapsilosis

Autores: Mihaela Ola, Caoimhe E. O'Brien, Aisling Y. Coughlan, Qinxi Ma, Paul D. Donovan, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Publicado en: Genome Research, Edición 30/5, 2020, Página(s) 684-696, ISSN 1088-9051
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.257816.119

Multiple Reinventions of Mating-type Switching during Budding Yeast Evolution

Autores: Tadeusz Krassowski, Jacek Kominek, Xing-Xing Shen, Dana A. Opulente, Xiaofan Zhou, Antonis Rokas, Chris Todd Hittinger, Kenneth H. Wolfe
Publicado en: Current Biology, Edición 29/15, 2019, Página(s) 2555-2562.e8, ISSN 0960-9822
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.06.056

Giant GAL gene clusters for the melibiose‐galactose pathway in Torulaspora

Autores: Anjan Venkatesh, Anthony L. Murray, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Publicado en: Yeast, Edición 38/1, 2021, Página(s) 117-126, ISSN 0749-503X
Editor: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/yea.3532

Ancient origin and high diversity of zymocin-like killer toxins in the budding yeast subphylum

Autores: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Eoin Ó Cinnéide, Jan A. Dewald, Christina E. Weinberg, Kenneth H. Wolfe
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, Edición 122, 2025, Página(s) e2419860122, ISSN 1091-6490
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.09.27.615389

A widespread inversion polymorphism conserved among Saccharomyces species is caused by recurrent homogenization of a sporulation gene family

Autores: Letal I. Salzberg, Alexandre A. R. Martos, Lisa Lombardi, Lars S. Jermiin, Alfonso Blanco, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Publicado en: PLOS Genetics, Edición 18, 2022, Página(s) e1010525, ISSN 1553-7404
Editor: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010525