Killer plasmids as drivers of genetic code changes during yeast evolution

Informacje na temat projektu

CODEKILLER

Identyfikator umowy o grant: 789341

DOI

10.3030/789341

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 25 Maja 2018

Data rozpoczęcia 1 Października 2018

Data zakończenia 31 Marca 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 368 356,00

Wkład UE

€ 2 368 356,00

Koordynowany przez

UNIVERSITY COLLEGE DUBLIN, NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, DUBLIN
Ireland

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (17)

Analysis of clinical<i>Candida parapsilosis</i>isolates reveals copy number variation in key fluconazole resistance genes

Autorzy: Sean Bergin, Laura A. Doorley, Jeffrey M. Rybak, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Christina A. Cuomo, P. David Rogers
Opublikowane w: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Numer 68, 2023, Strona(/y) aac.01619-23, ISSN 1098-6596
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1101/2023.12.13.571446

Identification of genetic variants of the industrial yeast Komagataella phaffii (Pichia pastoris) that contribute to increased yields of secreted heterologous proteins

Autorzy: Benjamin Offei, Stephanie Braun-Galleani, Anjan Venkatesh, William T. Casey, Kevin E. O’Connor, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Opublikowane w: PLOS Biology, Numer 20, 2022, Strona(/y) e3001877, ISSN 1545-7885
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001877

Mating-Type Switching in Budding Yeasts, from Flip/Flop Inversion to Cassette Mechanisms

Autorzy: Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Opublikowane w: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Numer 86, 2022, Strona(/y) mmbr.00007-21, ISSN 1092-2172
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00007-21

Draft genome sequence of the yeast <i>Schwanniomyces capriottii</i> strain UCD805, isolated from soil in Ireland

Autorzy: Padraic G. Heneghan, Adam P. Ryan, Eoin Ó Cinnéide, Jordan Davies, Cathal Bracken, Victoria Ogundipe, Maria Doheny, Liam Lenihan, Anastasia Passalaris, Rosalind Walker, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Kevin P. Byrne
Opublikowane w: Microbiology Resource Announcements, Numer 13, 2024, Strona(/y) mra.01073-23, ISSN 2576-098X
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01073-23

Zymocin-like killer toxin gene clusters in the nuclear genomes of filamentous fungi

Autorzy: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Kenneth H. Wolfe
Opublikowane w: Fungal Genetics and Biology, Numer 176, 2025, Strona(/y) 103957, ISSN 1087-1845
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fgb.2024.103957

WHO elements – A new category of selfish genetic elements at the borderline between homing elements and transposable elements

Autorzy: Matthieu Osborne, Athaliah Fubara, Eoin Ó Cinnéide, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Opublikowane w: Seminars in Cell &amp; Developmental Biology, Numer 163, 2024, Strona(/y) 2-13, ISSN 1084-9521
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2024.04.001

Genomic diversity, chromosomal rearrangements, and interspecies hybridization in the <i>Ogataea polymorpha</i> species complex

Autorzy: Sara J Hanson, Eoin Ó Cinnéide, Letal I Salzberg, Kenneth H Wolfe, Jamie McGowan, David A Fitzpatrick, Kate Matlin
Opublikowane w: G3, Numer 11, 2024, Strona(/y) jkab211, ISSN 2160-1836
Wydawca: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkab211

Genome sequences of two isolates of the yeast <i>Candida zeylanoides</i> : UCD849 from soil in Ireland, and AWD from an African wild dog

Autorzy: Richard W. McLaughlin, Conor Hession, Sean Bergin, Aoife Cosgrove, Andrew Dowd, Niall Garvey, Gabrielle Litovskich, Evita Osaigbovo, Denis Popa, Cynthia Thuku, Geraldine Butler, Kenneth H. Wolfe, Kevin P. Byrne
Opublikowane w: Microbiology Resource Announcements, Numer 13, 2024, Strona(/y) mra.01081-23, ISSN 2576-098X
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01081-23

Genome Analysis of a Newly Discovered Yeast Species, Hanseniaspora menglaensis

Autorzy: Adam P. Ryan, Marizeth Groenewald, Maudy Th. Smith, Cian Holohan, Teun Boekhout, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Opublikowane w: Journal of Fungi, Numer 10, 2025, Strona(/y) 180, ISSN 2309-608X
Wydawca: MDPI AG
DOI: 10.3390/jof10030180

Evolution of the Genetic Code in the Ascoideales (CUG-Ser2) Yeast Clade: The Ancestral tRNA-Leu(CAG) Gene Is Retained in Most <i>Saccharomycopsis</i> Species but Is Nonessential and Not Used for Translation

Autorzy: Eoin Ó Cinnéide, Caitriona Scaife, Eugène T Dillon, Kenneth H Wolfe
Opublikowane w: Genome Biology and Evolution, Numer 16, 2024, Strona(/y) evae166, ISSN 1759-6653
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae166

The yeast mating-type switching endonuclease HO is a domesticated member of an unorthodox homing genetic element family

Autorzy: Aisling Y Coughlan, Lisa Lombardi, Stephanie Braun-Galleani, Alexandre AR Martos, Virginie Galeote, Frédéric Bigey, Sylvie Dequin, Kevin P Byrne, Kenneth H Wolfe
Opublikowane w: eLife, Numer 9, 2020, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.55336

Origin of Lactose Fermentation in Kluyveromyces lactis by Interspecies Transfer of a Neo-functionalized Gene Cluster during Domestication

Autorzy: Javier A. Varela, Martina Puricelli, Raúl A. Ortiz-Merino, Romina Giacomobono, Stephanie Braun-Galleani, Kenneth H. Wolfe, John P. Morrissey
Opublikowane w: Current Biology, Numer 29/24, 2019, Strona(/y) 4284-4290.e2, ISSN 0960-9822
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.10.044

Polymorphic centromere locations in the pathogenic yeast Candida parapsilosis

Autorzy: Mihaela Ola, Caoimhe E. O'Brien, Aisling Y. Coughlan, Qinxi Ma, Paul D. Donovan, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Opublikowane w: Genome Research, Numer 30/5, 2020, Strona(/y) 684-696, ISSN 1088-9051
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.257816.119

Multiple Reinventions of Mating-type Switching during Budding Yeast Evolution

Autorzy: Tadeusz Krassowski, Jacek Kominek, Xing-Xing Shen, Dana A. Opulente, Xiaofan Zhou, Antonis Rokas, Chris Todd Hittinger, Kenneth H. Wolfe
Opublikowane w: Current Biology, Numer 29/15, 2019, Strona(/y) 2555-2562.e8, ISSN 0960-9822
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.06.056

Giant GAL gene clusters for the melibiose‐galactose pathway in Torulaspora

Autorzy: Anjan Venkatesh, Anthony L. Murray, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Opublikowane w: Yeast, Numer 38/1, 2021, Strona(/y) 117-126, ISSN 0749-503X
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/yea.3532

Ancient origin and high diversity of zymocin-like killer toxins in the budding yeast subphylum

Autorzy: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Eoin Ó Cinnéide, Jan A. Dewald, Christina E. Weinberg, Kenneth H. Wolfe
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, Numer 122, 2025, Strona(/y) e2419860122, ISSN 1091-6490
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.09.27.615389

A widespread inversion polymorphism conserved among Saccharomyces species is caused by recurrent homogenization of a sporulation gene family

Autorzy: Letal I. Salzberg, Alexandre A. R. Martos, Lisa Lombardi, Lars S. Jermiin, Alfonso Blanco, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Opublikowane w: PLOS Genetics, Numer 18, 2022, Strona(/y) e1010525, ISSN 1553-7404
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010525