Killer plasmids as drivers of genetic code changes during yeast evolution

Informations projet

CODEKILLER

N° de convention de subvention: 789341

DOI

10.3030/789341

Projet clôturé

Date de signature de la CE 25 Mai 2018

Date de début 1 Octobre 2018

Date de fin 31 Mars 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 368 356,00

Contribution de l’UE

€ 2 368 356,00

Coordonné par

UNIVERSITY COLLEGE DUBLIN, NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, DUBLIN
Ireland

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Publications

Peer reviewed articles (17)

Analysis of clinical<i>Candida parapsilosis</i>isolates reveals copy number variation in key fluconazole resistance genes

Auteurs: Sean Bergin, Laura A. Doorley, Jeffrey M. Rybak, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Christina A. Cuomo, P. David Rogers
Publié dans: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Numéro 68, 2023, Page(s) aac.01619-23, ISSN 1098-6596
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1101/2023.12.13.571446

Identification of genetic variants of the industrial yeast Komagataella phaffii (Pichia pastoris) that contribute to increased yields of secreted heterologous proteins

Auteurs: Benjamin Offei, Stephanie Braun-Galleani, Anjan Venkatesh, William T. Casey, Kevin E. O’Connor, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 20, 2022, Page(s) e3001877, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001877

Mating-Type Switching in Budding Yeasts, from Flip/Flop Inversion to Cassette Mechanisms

Auteurs: Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Publié dans: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Numéro 86, 2022, Page(s) mmbr.00007-21, ISSN 1092-2172
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00007-21

Draft genome sequence of the yeast <i>Schwanniomyces capriottii</i> strain UCD805, isolated from soil in Ireland

Auteurs: Padraic G. Heneghan, Adam P. Ryan, Eoin Ó Cinnéide, Jordan Davies, Cathal Bracken, Victoria Ogundipe, Maria Doheny, Liam Lenihan, Anastasia Passalaris, Rosalind Walker, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Kevin P. Byrne
Publié dans: Microbiology Resource Announcements, Numéro 13, 2024, Page(s) mra.01073-23, ISSN 2576-098X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01073-23

Zymocin-like killer toxin gene clusters in the nuclear genomes of filamentous fungi

Auteurs: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Kenneth H. Wolfe
Publié dans: Fungal Genetics and Biology, Numéro 176, 2025, Page(s) 103957, ISSN 1087-1845
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fgb.2024.103957

WHO elements – A new category of selfish genetic elements at the borderline between homing elements and transposable elements

Auteurs: Matthieu Osborne, Athaliah Fubara, Eoin Ó Cinnéide, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Publié dans: Seminars in Cell &amp; Developmental Biology, Numéro 163, 2024, Page(s) 2-13, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2024.04.001

Genomic diversity, chromosomal rearrangements, and interspecies hybridization in the <i>Ogataea polymorpha</i> species complex

Auteurs: Sara J Hanson, Eoin Ó Cinnéide, Letal I Salzberg, Kenneth H Wolfe, Jamie McGowan, David A Fitzpatrick, Kate Matlin
Publié dans: G3, Numéro 11, 2024, Page(s) jkab211, ISSN 2160-1836
Éditeur: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkab211

Genome sequences of two isolates of the yeast <i>Candida zeylanoides</i> : UCD849 from soil in Ireland, and AWD from an African wild dog

Auteurs: Richard W. McLaughlin, Conor Hession, Sean Bergin, Aoife Cosgrove, Andrew Dowd, Niall Garvey, Gabrielle Litovskich, Evita Osaigbovo, Denis Popa, Cynthia Thuku, Geraldine Butler, Kenneth H. Wolfe, Kevin P. Byrne
Publié dans: Microbiology Resource Announcements, Numéro 13, 2024, Page(s) mra.01081-23, ISSN 2576-098X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01081-23

Genome Analysis of a Newly Discovered Yeast Species, Hanseniaspora menglaensis

Auteurs: Adam P. Ryan, Marizeth Groenewald, Maudy Th. Smith, Cian Holohan, Teun Boekhout, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Publié dans: Journal of Fungi, Numéro 10, 2025, Page(s) 180, ISSN 2309-608X
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/jof10030180

Evolution of the Genetic Code in the Ascoideales (CUG-Ser2) Yeast Clade: The Ancestral tRNA-Leu(CAG) Gene Is Retained in Most <i>Saccharomycopsis</i> Species but Is Nonessential and Not Used for Translation

Auteurs: Eoin Ó Cinnéide, Caitriona Scaife, Eugène T Dillon, Kenneth H Wolfe
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 16, 2024, Page(s) evae166, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae166

The yeast mating-type switching endonuclease HO is a domesticated member of an unorthodox homing genetic element family

Auteurs: Aisling Y Coughlan, Lisa Lombardi, Stephanie Braun-Galleani, Alexandre AR Martos, Virginie Galeote, Frédéric Bigey, Sylvie Dequin, Kevin P Byrne, Kenneth H Wolfe
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.55336

Origin of Lactose Fermentation in Kluyveromyces lactis by Interspecies Transfer of a Neo-functionalized Gene Cluster during Domestication

Auteurs: Javier A. Varela, Martina Puricelli, Raúl A. Ortiz-Merino, Romina Giacomobono, Stephanie Braun-Galleani, Kenneth H. Wolfe, John P. Morrissey
Publié dans: Current Biology, Numéro 29/24, 2019, Page(s) 4284-4290.e2, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.10.044

Polymorphic centromere locations in the pathogenic yeast Candida parapsilosis

Auteurs: Mihaela Ola, Caoimhe E. O'Brien, Aisling Y. Coughlan, Qinxi Ma, Paul D. Donovan, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Publié dans: Genome Research, Numéro 30/5, 2020, Page(s) 684-696, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.257816.119

Multiple Reinventions of Mating-type Switching during Budding Yeast Evolution

Auteurs: Tadeusz Krassowski, Jacek Kominek, Xing-Xing Shen, Dana A. Opulente, Xiaofan Zhou, Antonis Rokas, Chris Todd Hittinger, Kenneth H. Wolfe
Publié dans: Current Biology, Numéro 29/15, 2019, Page(s) 2555-2562.e8, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.06.056

Giant GAL gene clusters for the melibiose‐galactose pathway in Torulaspora

Auteurs: Anjan Venkatesh, Anthony L. Murray, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Publié dans: Yeast, Numéro 38/1, 2021, Page(s) 117-126, ISSN 0749-503X
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/yea.3532

Ancient origin and high diversity of zymocin-like killer toxins in the budding yeast subphylum

Auteurs: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Eoin Ó Cinnéide, Jan A. Dewald, Christina E. Weinberg, Kenneth H. Wolfe
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, Numéro 122, 2025, Page(s) e2419860122, ISSN 1091-6490
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.09.27.615389

A widespread inversion polymorphism conserved among Saccharomyces species is caused by recurrent homogenization of a sporulation gene family

Auteurs: Letal I. Salzberg, Alexandre A. R. Martos, Lisa Lombardi, Lars S. Jermiin, Alfonso Blanco, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 18, 2022, Page(s) e1010525, ISSN 1553-7404
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010525