Killer plasmids as drivers of genetic code changes during yeast evolution

Projektinformationen

CODEKILLER

ID Finanzhilfevereinbarung: 789341

DOI

10.3030/789341

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 25 Mai 2018

Startdatum 1 Oktober 2018

Enddatum 31 März 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 368 356,00

EU-Beitrag

€ 2 368 356,00

Koordiniert durch

UNIVERSITY COLLEGE DUBLIN, NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, DUBLIN
Ireland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (17)

Analysis of clinical<i>Candida parapsilosis</i>isolates reveals copy number variation in key fluconazole resistance genes

Autoren: Sean Bergin, Laura A. Doorley, Jeffrey M. Rybak, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Christina A. Cuomo, P. David Rogers
Veröffentlicht in: Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Ausgabe 68, 2023, Seite(n) aac.01619-23, ISSN 1098-6596
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1101/2023.12.13.571446

Identification of genetic variants of the industrial yeast Komagataella phaffii (Pichia pastoris) that contribute to increased yields of secreted heterologous proteins

Autoren: Benjamin Offei, Stephanie Braun-Galleani, Anjan Venkatesh, William T. Casey, Kevin E. O’Connor, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 20, 2022, Seite(n) e3001877, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001877

Mating-Type Switching in Budding Yeasts, from Flip/Flop Inversion to Cassette Mechanisms

Autoren: Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Veröffentlicht in: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Ausgabe 86, 2022, Seite(n) mmbr.00007-21, ISSN 1092-2172
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00007-21

Draft genome sequence of the yeast <i>Schwanniomyces capriottii</i> strain UCD805, isolated from soil in Ireland

Autoren: Padraic G. Heneghan, Adam P. Ryan, Eoin Ó Cinnéide, Jordan Davies, Cathal Bracken, Victoria Ogundipe, Maria Doheny, Liam Lenihan, Anastasia Passalaris, Rosalind Walker, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler, Kevin P. Byrne
Veröffentlicht in: Microbiology Resource Announcements, Ausgabe 13, 2024, Seite(n) mra.01073-23, ISSN 2576-098X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01073-23

Zymocin-like killer toxin gene clusters in the nuclear genomes of filamentous fungi

Autoren: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Kenneth H. Wolfe
Veröffentlicht in: Fungal Genetics and Biology, Ausgabe 176, 2025, Seite(n) 103957, ISSN 1087-1845
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fgb.2024.103957

WHO elements – A new category of selfish genetic elements at the borderline between homing elements and transposable elements

Autoren: Matthieu Osborne, Athaliah Fubara, Eoin Ó Cinnéide, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Veröffentlicht in: Seminars in Cell &amp; Developmental Biology, Ausgabe 163, 2024, Seite(n) 2-13, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2024.04.001

Genomic diversity, chromosomal rearrangements, and interspecies hybridization in the <i>Ogataea polymorpha</i> species complex

Autoren: Sara J Hanson, Eoin Ó Cinnéide, Letal I Salzberg, Kenneth H Wolfe, Jamie McGowan, David A Fitzpatrick, Kate Matlin
Veröffentlicht in: G3, Ausgabe 11, 2024, Seite(n) jkab211, ISSN 2160-1836
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkab211

Genome sequences of two isolates of the yeast <i>Candida zeylanoides</i> : UCD849 from soil in Ireland, and AWD from an African wild dog

Autoren: Richard W. McLaughlin, Conor Hession, Sean Bergin, Aoife Cosgrove, Andrew Dowd, Niall Garvey, Gabrielle Litovskich, Evita Osaigbovo, Denis Popa, Cynthia Thuku, Geraldine Butler, Kenneth H. Wolfe, Kevin P. Byrne
Veröffentlicht in: Microbiology Resource Announcements, Ausgabe 13, 2024, Seite(n) mra.01081-23, ISSN 2576-098X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01081-23

Genome Analysis of a Newly Discovered Yeast Species, Hanseniaspora menglaensis

Autoren: Adam P. Ryan, Marizeth Groenewald, Maudy Th. Smith, Cian Holohan, Teun Boekhout, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Veröffentlicht in: Journal of Fungi, Ausgabe 10, 2025, Seite(n) 180, ISSN 2309-608X
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/jof10030180

Evolution of the Genetic Code in the Ascoideales (CUG-Ser2) Yeast Clade: The Ancestral tRNA-Leu(CAG) Gene Is Retained in Most <i>Saccharomycopsis</i> Species but Is Nonessential and Not Used for Translation

Autoren: Eoin Ó Cinnéide, Caitriona Scaife, Eugène T Dillon, Kenneth H Wolfe
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 16, 2024, Seite(n) evae166, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae166

The yeast mating-type switching endonuclease HO is a domesticated member of an unorthodox homing genetic element family

Autoren: Aisling Y Coughlan, Lisa Lombardi, Stephanie Braun-Galleani, Alexandre AR Martos, Virginie Galeote, Frédéric Bigey, Sylvie Dequin, Kevin P Byrne, Kenneth H Wolfe
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.55336

Origin of Lactose Fermentation in Kluyveromyces lactis by Interspecies Transfer of a Neo-functionalized Gene Cluster during Domestication

Autoren: Javier A. Varela, Martina Puricelli, Raúl A. Ortiz-Merino, Romina Giacomobono, Stephanie Braun-Galleani, Kenneth H. Wolfe, John P. Morrissey
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 29/24, 2019, Seite(n) 4284-4290.e2, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.10.044

Polymorphic centromere locations in the pathogenic yeast Candida parapsilosis

Autoren: Mihaela Ola, Caoimhe E. O'Brien, Aisling Y. Coughlan, Qinxi Ma, Paul D. Donovan, Kenneth H. Wolfe, Geraldine Butler
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 30/5, 2020, Seite(n) 684-696, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.257816.119

Multiple Reinventions of Mating-type Switching during Budding Yeast Evolution

Autoren: Tadeusz Krassowski, Jacek Kominek, Xing-Xing Shen, Dana A. Opulente, Xiaofan Zhou, Antonis Rokas, Chris Todd Hittinger, Kenneth H. Wolfe
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 29/15, 2019, Seite(n) 2555-2562.e8, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2019.06.056

Giant GAL gene clusters for the melibiose‐galactose pathway in Torulaspora

Autoren: Anjan Venkatesh, Anthony L. Murray, Aisling Y. Coughlan, Kenneth H. Wolfe
Veröffentlicht in: Yeast, Ausgabe 38/1, 2021, Seite(n) 117-126, ISSN 0749-503X
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/yea.3532

Ancient origin and high diversity of zymocin-like killer toxins in the budding yeast subphylum

Autoren: Padraic G. Heneghan, Letal I. Salzberg, Eoin Ó Cinnéide, Jan A. Dewald, Christina E. Weinberg, Kenneth H. Wolfe
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, Ausgabe 122, 2025, Seite(n) e2419860122, ISSN 1091-6490
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2024.09.27.615389

A widespread inversion polymorphism conserved among Saccharomyces species is caused by recurrent homogenization of a sporulation gene family

Autoren: Letal I. Salzberg, Alexandre A. R. Martos, Lisa Lombardi, Lars S. Jermiin, Alfonso Blanco, Kevin P. Byrne, Kenneth H. Wolfe
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 18, 2022, Seite(n) e1010525, ISSN 1553-7404
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010525