Ziel
Mass spectrometry-based chemical cross-linking (XL-MS) is an emerging field to study protein structures, conformations and interactions. Despite its great potential, the data analysis part hinders its widespread applications for a variety of reasons. First, an arduous manual validation is still used in many laboratories. Second, most of the available bioinformatics tools are limited to conventional cross-linkers and not the new type of cross-linkers: MS-cleavable cross-linkers which are key to study protein interactions. Besides, almost every tool has been developed for identification but not quantification, which provides valuable information for changes in protein conformations. Above all, these tools are not user-friendly and requires an assistance of an expert bioinformatician for analysis. I therefore plan to develop fully-automated, comprehensive, user-friendly and free bioinformatics tools for XL-MS studies. This will be a part of one of the most commonly used proteomics software, MaxQuant, developed in the Cox group. MaxQuant software has already well-established preprocessing steps and a solid background. These will facilitate developing specialized tools in XL-MS effectively. I will build these bioinformatics tools which will be introduced as a module for MaxQuant software. My fellowship will cover the following three tasks: i) the identification of the protein samples by conventional cross-linkers, ii) a complete identification workflow for the analysis with MS-cleavable cross-linker and iii) performing relative quantification of over many samples. The extended version of MaxQuant will allow scientists from mass spectrometry or structural biology laboratories to analyze their XL-MS data efficiently without any assistance of bioinformatics expert. Moreover, the fully-automated and user-friendly feature of the tool will make cross-linking as one of the routine tools in structural biology.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Datenwissenschaften
- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Software
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Proteomik
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften analytische Chemie Massenspektrometrie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Molekularbiologie Strukturbiologie
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2017
Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigenKoordinator
Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
80539 MUNCHEN
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.