Obiettivo
Mass spectrometry-based chemical cross-linking (XL-MS) is an emerging field to study protein structures, conformations and interactions. Despite its great potential, the data analysis part hinders its widespread applications for a variety of reasons. First, an arduous manual validation is still used in many laboratories. Second, most of the available bioinformatics tools are limited to conventional cross-linkers and not the new type of cross-linkers: MS-cleavable cross-linkers which are key to study protein interactions. Besides, almost every tool has been developed for identification but not quantification, which provides valuable information for changes in protein conformations. Above all, these tools are not user-friendly and requires an assistance of an expert bioinformatician for analysis. I therefore plan to develop fully-automated, comprehensive, user-friendly and free bioinformatics tools for XL-MS studies. This will be a part of one of the most commonly used proteomics software, MaxQuant, developed in the Cox group. MaxQuant software has already well-established preprocessing steps and a solid background. These will facilitate developing specialized tools in XL-MS effectively. I will build these bioinformatics tools which will be introduced as a module for MaxQuant software. My fellowship will cover the following three tasks: i) the identification of the protein samples by conventional cross-linkers, ii) a complete identification workflow for the analysis with MS-cleavable cross-linker and iii) performing relative quantification of over many samples. The extended version of MaxQuant will allow scientists from mass spectrometry or structural biology laboratories to analyze their XL-MS data efficiently without any assistance of bioinformatics expert. Moreover, the fully-automated and user-friendly feature of the tool will make cross-linking as one of the routine tools in structural biology.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione scienza dei dati
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione software
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine proteomica
- scienze naturali scienze chimiche chimica analitica spettrometria di massa
- scienze naturali scienze biologiche biologia molecolare biologia strutturale
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo programma -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2017
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
80539 MUNCHEN
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.