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Ecosystem in a box: Dissecting the dynamics of a defined microbial community in vitro

Descrizione del progetto

Le dinamiche delle comunità microbiche: aprire la scatola nera

I microbi interagiscono tra loro e con l’ambiente, formando comunità complesse. Comprendere meglio le dinamiche delle comunità è fondamentale per affrontare i batteri patogeni ma anche per ottimizzare le condizioni di coltura dei batteri nelle applicazioni di biotecnologia o bioingegneria. Per raggiungere questo obiettivo, il progetto EcoBox, finanziato dall’UE, stabilisce nuove tecniche per coltivare i batteri in modo ben controllato e automatizzato in molte repliche e le testa su una comunità definita di batteri dell’intestino umano. In una prima fase, viene esaminata la variabilità delle dinamiche comunitarie e gli stati alternativi della comunità. Successivamente, vengono eseguiti esperimenti di perturbazione per capire come la struttura della comunità e i fattori esterni influenzino le dinamiche comunitarie. Le informazioni generate confluiranno in un modello matematico in grado di prevedere il comportamento della comunità microbica.

Obiettivo

The dynamics of microbial communities may be driven by the interactions between community members, controlled by the environment, shaped by immigration or random events, influenced by evolutionary processes or result from an interplay of all these factors. This project aims to improve our understanding of how community structure and the environment impact community dynamics. Towards this aim, a defined in vitro community of human gut bacteria will be assembled, since their genomes are available and their metabolism is comparatively well resolved.
In the first step, we will quantify the intrinsic variability of community dynamics and look for alternative stable states. Next, we will systematically vary community structure as well as nutrient supply and monitor their effects on the dynamics. Finally, we will measure model parameters, evaluate to what extent different community models predict observed community dynamics and validate the models by identifying and experimentally validating keystone species.
Studies of microbial community dynamics are hampered by the cost of obtaining densely sampled time series in replicates and by the difficulty of community manipulation. We will address these challenges by setting up an in vitro system for parallel and automated cultivation in well-controlled conditions and by working with defined communities, where every community member is known.
The proposed project will discern how external factors and community structure drive community dynamics and encode this knowledge in mathematical models. Moreover, the project has the potential to transform our view on alternative microbial communities and their interpretation. In addition, the project will extend our knowledge of human gut microorganisms and their interactions. These insights will ease the design of defined gut communities optimized for therapeutic purposes.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

ERC-STG - Starting Grant

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) ERC-2018-STG

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Istituzione ospitante

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 1 493 899,00
Indirizzo
OUDE MARKT 13
3000 LEUVEN
Belgio

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Regione
Vlaams Gewest Prov. Vlaams-Brabant Arr. Leuven
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 1 493 899,00

Beneficiari (1)

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