Ecosystem in a box: Dissecting the dynamics of a defined microbial community in vitro

Informazioni relative al progetto

EcoBox

ID dell’accordo di sovvenzione: 801747

DOI

10.3030/801747

Progetto chiuso

Data della firma CE 17 Ottobre 2018

Data di avvio 1 Gennaio 2019

Data di completamento 31 Dicembre 2023

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 493 899,00

Contributo UE

€ 1 493 899,00

Coordinato da

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Compilation of the Open Research Data Management Plan

Pubblicazioni

Thesis and dissertations (2)

Single-Cell Analysis and Metabolic Modelling of Pairwise Interactions in the Gut Microbiome

Autori: Clémence Joseph
Pubblicato in: 2023
Editore: KU Leuven

Towards a microbial network inference and analysis platform

Autori: Lisa Röttjers
Pubblicato in: 2021
Editore: KU Leuven

Peer reviewed articles (12)

Predicting microbial interactions with approaches based on flux balance analysis: an evaluation

Autori: Clémence Joseph, Haris Zafeiropoulos, Kristel Bernaerts and Karoline Faust
Pubblicato in: BMC Bioinformatics, 2024, ISSN 1471-2105
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-024-05651-7

Fast quantification of gut bacterial species in cocultures using flow cytometry and supervised classification

Autori: Charlotte C. van de Velde, Clémence Joseph, Anaïs Biclot, Geert R. B. Huys, Vitor B. Pinheiro, Kristel Bernaerts, Jeroen Raes and Karoline Faust
Pubblicato in: ISME Communications, 2022, ISSN 2730-6151
Editore: Springer
DOI: 10.1038/s43705-022-00123-6

Starvation responses impact interaction dynamics of human gut bacteria Bacteroides thetaiotaomicron and Roseburia intestinalis

Autori: Bin Liu, Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Anna Krzynowek, Kenneth Simoens, Kristel Bernaerts, Annelies Geirnaert, Karoline Faust
Pubblicato in: The ISME Journal, 2023, ISSN 1751-7362
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-023-01501-1

Metabolic models of human gut microbiota: Advances and challenges

Autori: Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Haris Zafeiropoulos, Bin Liu, Karoline Faust
Pubblicato in: Cell Systems, 2023, ISSN 2405-4712
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2022.11.002

Fast and flexible analysis of linked microbiome data with mako

Autori: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Pubblicato in: Nature Methods, 2022, Pagina/e 51-54, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01335-9

Null-model-based network comparison reveals core associations

Autori: Lisa Röttjers, Doris Vandeputte, Jeroen Raes, Karoline Faust
Pubblicato in: ISME Communications, Numero 1/1, 2021, ISSN 2730-6151
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43705-021-00036-w

manta: a Clustering Algorithm for Weighted Ecological Networks

Autori: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Pubblicato in: mSystems, Numero 5/1, 2020, ISSN 2379-5077
Editore: Scientific Society Publisher Alliance
DOI: 10.1128/msystems.00903-19

Synthetic ecology of the human gut microbiota

Autori: Gino Vrancken, Ann C. Gregory, Geert R. B. Huys, Karoline Faust, Jeroen Raes
Pubblicato in: Nature Reviews Microbiology, Numero 17/12, 2019, Pagina/e 754-763, ISSN 1740-1526
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-019-0264-8

Towards a Better Understanding of Microbial Community Dynamics through High-Throughput Cultivation and Data Integration

Autori: Karoline Faust
Pubblicato in: mSystems, Numero 4/3, 2019, ISSN 2379-5077
Editore: mSystems
DOI: 10.1128/msystems.00101-19

miaSim: an R/Bioconductor package to easily simulate microbial community dynamics

Autori: Yu Gao, Yağmur Şimşek, Emma Gheysen, Tuomas Borman, Yi Li, Leo Lahti, Karoline Faust, Daniel Rios Garza
Pubblicato in: Methods in Ecology and Evolution, 2023, ISSN 2041-210X
Editore: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210x.14129

Open challenges for microbial network construction and analysis

Autori: Karoline Faust
Pubblicato in: The ISME Journal, 2021, ISSN 1751-7362
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-021-01027-4

Technical versus biological variability in a synthetic human gut community

Autori: van de Velde C, Joseph C, Simoens K, Raes J, Bernaerts K and Faust K
Pubblicato in: Gut Microbes, 2023, ISSN 1949-0976
Editore: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2022.2155019