Ecosystem in a box: Dissecting the dynamics of a defined microbial community in vitro

Información del proyecto

EcoBox

Identificador del acuerdo de subvención: 801747

DOI

10.3030/801747

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 17 Octubre 2018

Fecha de inicio 1 Enero 2019

Fecha de finalización 31 Diciembre 2023

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 493 899,00

Aportación de la UE

€ 1 493 899,00

Coordinado por

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Compilation of the Open Research Data Management Plan

Publicaciones

Thesis and dissertations (2)

Single-Cell Analysis and Metabolic Modelling of Pairwise Interactions in the Gut Microbiome

Autores: Clémence Joseph
Publicado en: 2023
Editor: KU Leuven

Towards a microbial network inference and analysis platform

Autores: Lisa Röttjers
Publicado en: 2021
Editor: KU Leuven

Peer reviewed articles (12)

Predicting microbial interactions with approaches based on flux balance analysis: an evaluation

Autores: Clémence Joseph, Haris Zafeiropoulos, Kristel Bernaerts and Karoline Faust
Publicado en: BMC Bioinformatics, 2024, ISSN 1471-2105
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-024-05651-7

Fast quantification of gut bacterial species in cocultures using flow cytometry and supervised classification

Autores: Charlotte C. van de Velde, Clémence Joseph, Anaïs Biclot, Geert R. B. Huys, Vitor B. Pinheiro, Kristel Bernaerts, Jeroen Raes and Karoline Faust
Publicado en: ISME Communications, 2022, ISSN 2730-6151
Editor: Springer
DOI: 10.1038/s43705-022-00123-6

Starvation responses impact interaction dynamics of human gut bacteria Bacteroides thetaiotaomicron and Roseburia intestinalis

Autores: Bin Liu, Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Anna Krzynowek, Kenneth Simoens, Kristel Bernaerts, Annelies Geirnaert, Karoline Faust
Publicado en: The ISME Journal, 2023, ISSN 1751-7362
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-023-01501-1

Metabolic models of human gut microbiota: Advances and challenges

Autores: Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Haris Zafeiropoulos, Bin Liu, Karoline Faust
Publicado en: Cell Systems, 2023, ISSN 2405-4712
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2022.11.002

Fast and flexible analysis of linked microbiome data with mako

Autores: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Publicado en: Nature Methods, 2022, Página(s) 51-54, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01335-9

Null-model-based network comparison reveals core associations

Autores: Lisa Röttjers, Doris Vandeputte, Jeroen Raes, Karoline Faust
Publicado en: ISME Communications, Edición 1/1, 2021, ISSN 2730-6151
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43705-021-00036-w

manta: a Clustering Algorithm for Weighted Ecological Networks

Autores: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Publicado en: mSystems, Edición 5/1, 2020, ISSN 2379-5077
Editor: Scientific Society Publisher Alliance
DOI: 10.1128/msystems.00903-19

Synthetic ecology of the human gut microbiota

Autores: Gino Vrancken, Ann C. Gregory, Geert R. B. Huys, Karoline Faust, Jeroen Raes
Publicado en: Nature Reviews Microbiology, Edición 17/12, 2019, Página(s) 754-763, ISSN 1740-1526
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-019-0264-8

Towards a Better Understanding of Microbial Community Dynamics through High-Throughput Cultivation and Data Integration

Autores: Karoline Faust
Publicado en: mSystems, Edición 4/3, 2019, ISSN 2379-5077
Editor: mSystems
DOI: 10.1128/msystems.00101-19

miaSim: an R/Bioconductor package to easily simulate microbial community dynamics

Autores: Yu Gao, Yağmur Şimşek, Emma Gheysen, Tuomas Borman, Yi Li, Leo Lahti, Karoline Faust, Daniel Rios Garza
Publicado en: Methods in Ecology and Evolution, 2023, ISSN 2041-210X
Editor: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210x.14129

Open challenges for microbial network construction and analysis

Autores: Karoline Faust
Publicado en: The ISME Journal, 2021, ISSN 1751-7362
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-021-01027-4

Technical versus biological variability in a synthetic human gut community

Autores: van de Velde C, Joseph C, Simoens K, Raes J, Bernaerts K and Faust K
Publicado en: Gut Microbes, 2023, ISSN 1949-0976
Editor: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2022.2155019