Ecosystem in a box: Dissecting the dynamics of a defined microbial community in vitro

Informations projet

EcoBox

N° de convention de subvention: 801747

DOI

10.3030/801747

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Octobre 2018

Date de début 1 Janvier 2019

Date de fin 31 Decembre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 493 899,00

Contribution de l’UE

€ 1 493 899,00

Coordonné par

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Compilation of the Open Research Data Management Plan

Publications

Thesis and dissertations (2)

Single-Cell Analysis and Metabolic Modelling of Pairwise Interactions in the Gut Microbiome

Auteurs: Clémence Joseph
Publié dans: 2023
Éditeur: KU Leuven

Towards a microbial network inference and analysis platform

Auteurs: Lisa Röttjers
Publié dans: 2021
Éditeur: KU Leuven

Peer reviewed articles (12)

Predicting microbial interactions with approaches based on flux balance analysis: an evaluation

Auteurs: Clémence Joseph, Haris Zafeiropoulos, Kristel Bernaerts and Karoline Faust
Publié dans: BMC Bioinformatics, 2024, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-024-05651-7

Fast quantification of gut bacterial species in cocultures using flow cytometry and supervised classification

Auteurs: Charlotte C. van de Velde, Clémence Joseph, Anaïs Biclot, Geert R. B. Huys, Vitor B. Pinheiro, Kristel Bernaerts, Jeroen Raes and Karoline Faust
Publié dans: ISME Communications, 2022, ISSN 2730-6151
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s43705-022-00123-6

Starvation responses impact interaction dynamics of human gut bacteria Bacteroides thetaiotaomicron and Roseburia intestinalis

Auteurs: Bin Liu, Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Anna Krzynowek, Kenneth Simoens, Kristel Bernaerts, Annelies Geirnaert, Karoline Faust
Publié dans: The ISME Journal, 2023, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-023-01501-1

Metabolic models of human gut microbiota: Advances and challenges

Auteurs: Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Haris Zafeiropoulos, Bin Liu, Karoline Faust
Publié dans: Cell Systems, 2023, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2022.11.002

Fast and flexible analysis of linked microbiome data with mako

Auteurs: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Publié dans: Nature Methods, 2022, Page(s) 51-54, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01335-9

Null-model-based network comparison reveals core associations

Auteurs: Lisa Röttjers, Doris Vandeputte, Jeroen Raes, Karoline Faust
Publié dans: ISME Communications, Numéro 1/1, 2021, ISSN 2730-6151
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43705-021-00036-w

manta: a Clustering Algorithm for Weighted Ecological Networks

Auteurs: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Publié dans: mSystems, Numéro 5/1, 2020, ISSN 2379-5077
Éditeur: Scientific Society Publisher Alliance
DOI: 10.1128/msystems.00903-19

Synthetic ecology of the human gut microbiota

Auteurs: Gino Vrancken, Ann C. Gregory, Geert R. B. Huys, Karoline Faust, Jeroen Raes
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, Numéro 17/12, 2019, Page(s) 754-763, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-019-0264-8

Towards a Better Understanding of Microbial Community Dynamics through High-Throughput Cultivation and Data Integration

Auteurs: Karoline Faust
Publié dans: mSystems, Numéro 4/3, 2019, ISSN 2379-5077
Éditeur: mSystems
DOI: 10.1128/msystems.00101-19

miaSim: an R/Bioconductor package to easily simulate microbial community dynamics

Auteurs: Yu Gao, Yağmur Şimşek, Emma Gheysen, Tuomas Borman, Yi Li, Leo Lahti, Karoline Faust, Daniel Rios Garza
Publié dans: Methods in Ecology and Evolution, 2023, ISSN 2041-210X
Éditeur: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210x.14129

Open challenges for microbial network construction and analysis

Auteurs: Karoline Faust
Publié dans: The ISME Journal, 2021, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-021-01027-4

Technical versus biological variability in a synthetic human gut community

Auteurs: van de Velde C, Joseph C, Simoens K, Raes J, Bernaerts K and Faust K
Publié dans: Gut Microbes, 2023, ISSN 1949-0976
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2022.2155019