Ecosystem in a box: Dissecting the dynamics of a defined microbial community in vitro

Projektinformationen

EcoBox

ID Finanzhilfevereinbarung: 801747

DOI

10.3030/801747

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 17 Oktober 2018

Startdatum 1 Januar 2019

Enddatum 31 Dezember 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 493 899,00

EU-Beitrag

€ 1 493 899,00

Koordiniert durch

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Compilation of the Open Research Data Management Plan

Veröffentlichungen

Thesis and dissertations (2)

Single-Cell Analysis and Metabolic Modelling of Pairwise Interactions in the Gut Microbiome

Autoren: Clémence Joseph
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: KU Leuven

Towards a microbial network inference and analysis platform

Autoren: Lisa Röttjers
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: KU Leuven

Peer reviewed articles (12)

Predicting microbial interactions with approaches based on flux balance analysis: an evaluation

Autoren: Clémence Joseph, Haris Zafeiropoulos, Kristel Bernaerts and Karoline Faust
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, 2024, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-024-05651-7

Fast quantification of gut bacterial species in cocultures using flow cytometry and supervised classification

Autoren: Charlotte C. van de Velde, Clémence Joseph, Anaïs Biclot, Geert R. B. Huys, Vitor B. Pinheiro, Kristel Bernaerts, Jeroen Raes and Karoline Faust
Veröffentlicht in: ISME Communications, 2022, ISSN 2730-6151
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s43705-022-00123-6

Starvation responses impact interaction dynamics of human gut bacteria Bacteroides thetaiotaomicron and Roseburia intestinalis

Autoren: Bin Liu, Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Anna Krzynowek, Kenneth Simoens, Kristel Bernaerts, Annelies Geirnaert, Karoline Faust
Veröffentlicht in: The ISME Journal, 2023, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-023-01501-1

Metabolic models of human gut microbiota: Advances and challenges

Autoren: Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Haris Zafeiropoulos, Bin Liu, Karoline Faust
Veröffentlicht in: Cell Systems, 2023, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2022.11.002

Fast and flexible analysis of linked microbiome data with mako

Autoren: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2022, Seite(n) 51-54, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01335-9

Null-model-based network comparison reveals core associations

Autoren: Lisa Röttjers, Doris Vandeputte, Jeroen Raes, Karoline Faust
Veröffentlicht in: ISME Communications, Ausgabe 1/1, 2021, ISSN 2730-6151
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43705-021-00036-w

manta: a Clustering Algorithm for Weighted Ecological Networks

Autoren: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe 5/1, 2020, ISSN 2379-5077
Herausgeber: Scientific Society Publisher Alliance
DOI: 10.1128/msystems.00903-19

Synthetic ecology of the human gut microbiota

Autoren: Gino Vrancken, Ann C. Gregory, Geert R. B. Huys, Karoline Faust, Jeroen Raes
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 17/12, 2019, Seite(n) 754-763, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-019-0264-8

Towards a Better Understanding of Microbial Community Dynamics through High-Throughput Cultivation and Data Integration

Autoren: Karoline Faust
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe 4/3, 2019, ISSN 2379-5077
Herausgeber: mSystems
DOI: 10.1128/msystems.00101-19

miaSim: an R/Bioconductor package to easily simulate microbial community dynamics

Autoren: Yu Gao, Yağmur Şimşek, Emma Gheysen, Tuomas Borman, Yi Li, Leo Lahti, Karoline Faust, Daniel Rios Garza
Veröffentlicht in: Methods in Ecology and Evolution, 2023, ISSN 2041-210X
Herausgeber: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210x.14129

Open challenges for microbial network construction and analysis

Autoren: Karoline Faust
Veröffentlicht in: The ISME Journal, 2021, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-021-01027-4

Technical versus biological variability in a synthetic human gut community

Autoren: van de Velde C, Joseph C, Simoens K, Raes J, Bernaerts K and Faust K
Veröffentlicht in: Gut Microbes, 2023, ISSN 1949-0976
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2022.2155019