Ecosystem in a box: Dissecting the dynamics of a defined microbial community in vitro

Informacje na temat projektu

EcoBox

Identyfikator umowy o grant: 801747

DOI

10.3030/801747

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 17 Października 2018

Data rozpoczęcia 1 Stycznia 2019

Data zakończenia 31 Grudnia 2023

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 493 899,00

Wkład UE

€ 1 493 899,00

Koordynowany przez

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Compilation of the Open Research Data Management Plan

Publikacje

Thesis and dissertations (2)

Single-Cell Analysis and Metabolic Modelling of Pairwise Interactions in the Gut Microbiome

Autorzy: Clémence Joseph
Opublikowane w: 2023
Wydawca: KU Leuven

Towards a microbial network inference and analysis platform

Autorzy: Lisa Röttjers
Opublikowane w: 2021
Wydawca: KU Leuven

Peer reviewed articles (12)

Predicting microbial interactions with approaches based on flux balance analysis: an evaluation

Autorzy: Clémence Joseph, Haris Zafeiropoulos, Kristel Bernaerts and Karoline Faust
Opublikowane w: BMC Bioinformatics, 2024, ISSN 1471-2105
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-024-05651-7

Fast quantification of gut bacterial species in cocultures using flow cytometry and supervised classification

Autorzy: Charlotte C. van de Velde, Clémence Joseph, Anaïs Biclot, Geert R. B. Huys, Vitor B. Pinheiro, Kristel Bernaerts, Jeroen Raes and Karoline Faust
Opublikowane w: ISME Communications, 2022, ISSN 2730-6151
Wydawca: Springer
DOI: 10.1038/s43705-022-00123-6

Starvation responses impact interaction dynamics of human gut bacteria Bacteroides thetaiotaomicron and Roseburia intestinalis

Autorzy: Bin Liu, Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Anna Krzynowek, Kenneth Simoens, Kristel Bernaerts, Annelies Geirnaert, Karoline Faust
Opublikowane w: The ISME Journal, 2023, ISSN 1751-7362
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-023-01501-1

Metabolic models of human gut microbiota: Advances and challenges

Autorzy: Daniel Rios Garza, Didier Gonze, Haris Zafeiropoulos, Bin Liu, Karoline Faust
Opublikowane w: Cell Systems, 2023, ISSN 2405-4712
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2022.11.002

Fast and flexible analysis of linked microbiome data with mako

Autorzy: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Opublikowane w: Nature Methods, 2022, Strona(/y) 51-54, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01335-9

Null-model-based network comparison reveals core associations

Autorzy: Lisa Röttjers, Doris Vandeputte, Jeroen Raes, Karoline Faust
Opublikowane w: ISME Communications, Numer 1/1, 2021, ISSN 2730-6151
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43705-021-00036-w

manta: a Clustering Algorithm for Weighted Ecological Networks

Autorzy: Lisa Röttjers, Karoline Faust
Opublikowane w: mSystems, Numer 5/1, 2020, ISSN 2379-5077
Wydawca: Scientific Society Publisher Alliance
DOI: 10.1128/msystems.00903-19

Synthetic ecology of the human gut microbiota

Autorzy: Gino Vrancken, Ann C. Gregory, Geert R. B. Huys, Karoline Faust, Jeroen Raes
Opublikowane w: Nature Reviews Microbiology, Numer 17/12, 2019, Strona(/y) 754-763, ISSN 1740-1526
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-019-0264-8

Towards a Better Understanding of Microbial Community Dynamics through High-Throughput Cultivation and Data Integration

Autorzy: Karoline Faust
Opublikowane w: mSystems, Numer 4/3, 2019, ISSN 2379-5077
Wydawca: mSystems
DOI: 10.1128/msystems.00101-19

miaSim: an R/Bioconductor package to easily simulate microbial community dynamics

Autorzy: Yu Gao, Yağmur Şimşek, Emma Gheysen, Tuomas Borman, Yi Li, Leo Lahti, Karoline Faust, Daniel Rios Garza
Opublikowane w: Methods in Ecology and Evolution, 2023, ISSN 2041-210X
Wydawca: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1111/2041-210x.14129

Open challenges for microbial network construction and analysis

Autorzy: Karoline Faust
Opublikowane w: The ISME Journal, 2021, ISSN 1751-7362
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-021-01027-4

Technical versus biological variability in a synthetic human gut community

Autorzy: van de Velde C, Joseph C, Simoens K, Raes J, Bernaerts K and Faust K
Opublikowane w: Gut Microbes, 2023, ISSN 1949-0976
Wydawca: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19490976.2022.2155019