Description du projet
De nouvelles approches informatiques promettent de révolutionner la conception des protéines
L’ingénierie des protéines a fait des progrès spectaculaires, ce qui permet aux chercheurs de concevoir des protéines dotées de propriétés et de comportements innovants destinées à de nouvelles utilisations. Les tentatives visant à apprendre comment introduire des fonctions dans des protéines génétiquement programmables, conçues de toutes pièces (conception de novo), ont toutefois pris du retard. Le projet HelixMold, financé par l’UE, a prévu de développer de nouvelles approches informatiques pour relever ce défi. Les activités du projet permettront de fonctionnaliser des protéines issues d’une conception de novo en leur conférant une thermostabilité élevée, une résistance extraordinaire aux environnements chimiques agressifs ainsi qu’une tolérance élevée aux solvants organiques. Au final, les avancées du projet ont pour objectif de révolutionner la manière dont les protéines sont produites afin de les utiliser dans les biotechnologies ou en biomédecine.
Objectif
We propose to computationally design novel ligand binding and catalytically active proteins by harnessing the high thermodynamic stability of de novo helical proteins. Tremendous progress has been made in protein design. However, the ability to robustly introduce function into genetically encodable de novo proteins is an unsolved problem. We will follow a highly interdisciplinary computational-experimental approach to address this challenge and aim to:
-Characterize to which extent we can harness the stability of parametrically designed helical bundles to introduce deviations from ideal geometry. Ensembles of idealized de novo helix bundle backbones will be generated using our established parametric design code and designed with constraints accounting for an envisioned functional site. This will be followed by detailed computational, biophysical, crystallographic and site-saturation mutagenesis analysis to isolate critical design features.
-Develop a new computational design strategy, which expands on the Crick coiled-coil parametrization and allows to rationally build non-ideal helical protein backbones at specified regions in the desired structure. This will enable us to model backbones around binding/active sites. We will design sites to bind glyphosate, for which remediation is highly needed. By using non-ideal geometries and not relying on classic heptad repeating units, we will be able to access a much larger sequence to structure space than is usually available to nature, enabling us to build more specific and more stable binding/catalytically active proteins.
-Investigate new strategies to design the first cascade reactions into de novo designs.
This research will allow functionalization of de novo designed proteins with high thermostability, extraordinary resistance to harsh chemical environments and high tolerance for organic solvents and has the potential to revolutionize how proteins for biotechnological and biomedical applications are generated.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles mathématiques mathématiques pures géométrie
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
-
H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
ERC-STG - Starting Grant
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2018-STG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
8010 Graz
Autriche
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.