The macroevolutionary impact of epigenetics and lateral gene transfer on eukaryotic genomes

Información del proyecto

Macro-EpiK

Identificador del acuerdo de subvención: 803151

DOI

10.3030/803151

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 10 Octubre 2018

Fecha de inicio 1 Marzo 2019

Fecha de finalización 28 Febrero 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 499 945,00

Aportación de la UE

€ 1 499 945,00

Coordinado por

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Resultado final

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Data Management Plan

Participation to the Open Research Data Pilot

Publicaciones

Peer reviewed articles (20)

Molecular characterization of the conoid complex in Toxoplasma reveals its conservation in all apicomplexans, including Plasmodium species

Autores: Ludek Koreny, Mohammad Zeeshan, Konstantin Barylyuk, Eelco C. Tromer, Jolien J. E. van Hooff, Declan Brady, Huiling Ke, Sara Chelaghma, David J. P. Ferguson, Laura Eme, Rita Tewari, Ross F. Waller
Publicado en: PLOS Biology, Edición 19/3, 2021, Página(s) e3001081, ISSN 1545-7885
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001081

One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade

Autores: Jazmin Blaz, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Harpreet Kaur, Guifré Torruella, Ashley Yang, L. Alexa Thompson, Alexander Filbert, Sally Warring, Apurva Narechania, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Joel B. Dacks, Purificación López-García, David Moreira, Eunsoo Kim, Laura Eme
Publicado en: Scientific Data, Edición 10, 2023, ISSN 2052-4463
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-023-02488-2

Genomics of Preaxostyla Flagellates Illuminates the Path Towards the Loss of Mitochondria

Autores: Lukáš V. F. Novák, Sebastian C. Treitli, Jan Pyrih, Paweł Hałakuc, Shweta V. Pipaliya, Vojtěch Vacek, Ondřej Brzoň, Petr Soukal, Laura Eme, Joel B. Dacks, Anna Karnkowska, Marek Eliáš, Vladimír Hampl
Publicado en: PLOS Genetics, Edición 19, 2023, Página(s) e1011050, ISSN 1553-7404
Editor: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011050

Releasing uncurated datasets is essential for reproducible phylogenomics

Autores: Eric D. Salomaki, Laura Eme, Matthew W. Brown, Martin Kolisko
Publicado en: Nature Ecology & Evolution, Edición 4/11, 2020, Página(s) 1435-1437, ISSN 2397-334X
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01296-w

A closed Candidatus Odinarchaeum chromosome exposes Asgard archaeal viruses

Autores: Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Mart Krupovic, Reindert Nijland, Laura Eme, Nicholas P. Robinson, Thijs J. G. Ettema
Publicado en: Nature Microbiology, Edición 7, 2022, Página(s) 948-952, ISSN 2058-5276
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-022-01122-y

Marine Sediments Illuminate Chlamydiae Diversity and Evolution

Autores: Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Courtney W. Stairs, Joran Martijn, Felix Homa, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J.G. Ettema
Publicado en: Current Biology, Edición 30/6, 2020, Página(s) 1032-1048.e7, ISSN 0960-9822
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2020.02.016

PhyloFisher: A phylogenomic package for resolving eukaryotic relationships

Autores: Alexander K. Tice, David Žihala, Tomáš Pánek, Robert E. Jones, Eric D. Salomaki, Serafim Nenarokov, Fabien Burki, Marek Eliáš, Laura Eme, Andrew J. Roger, Antonis Rokas, Xing-Xing Shen, Jürgen F. H. Strassert, Martin Kolísko, Matthew W. Brown
Publicado en: PLOS Biology, Edición 19/8, 2021, Página(s) e3001365, ISSN 1545-7885
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001365

Reconstructing the last common ancestor of all eukaryotes

Autores: Thomas A. Richards, Laura Eme, John M. Archibald, Guy Leonard, Susana M. Coelho, Alex de Mendoza, Christophe Dessimoz, Pavel Dolezal, Lillian K. Fritz-Laylin, Toni Gabaldón, Vladimír Hampl, Geert J. P. L. Kops, Michelle M. Leger, Purificacion Lopez-Garcia, James O. McInerney, David Moreira, Sergio A. Muñoz-Gómez, Daniel J. Richter, Iñaki Ruiz-Trillo, Alyson E. Santoro, Arnau Sebé-Pedrós, Be
Publicado en: PLOS Biology, Edición 22, 2024, Página(s) e3002917, ISSN 1545-7885
Editor: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002917

Lateral Gene Transfer Mechanisms and Pan-genomes in Eukaryotes

Autores: Shannon J. Sibbald, Laura Eme, John M. Archibald, Andrew J. Roger
Publicado en: Trends in Parasitology, Edición 36/11, 2020, Página(s) 927-941, ISSN 1471-4922
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pt.2020.07.014

Anaeramoebae are a divergent lineage of eukaryotes that shed light on the transition from anaerobic mitochondria to hydrogenosomes

Autores: Courtney W. Stairs, Petr Táborský, Eric D. Salomaki, Martin Kolisko, Tomáš Pánek, Laura Eme, Miluše Hradilová, Čestmír Vlček, Jon Jerlström-Hultqvist, Andrew J. Roger, Ivan Čepička
Publicado en: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.10.010

Chlamydial contribution to anaerobic metabolism during eukaryotic evolution

Autores: Courtney W. Stairs, Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J. G. Ettema
Publicado en: Science Advances, Edición 6/35, 2020, ISSN 2375-2548
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abb7258

Site-and-branch-heterogeneous analyses of an expanded dataset favour mitochondria as sister to known Alphaproteobacteria

Autores: Sergio A. Muñoz-Gómez, Edward Susko, Kelsey Williamson, Laura Eme, Claudio H. Slamovits, David Moreira, Purificación López-García, Andrew J. Roger
Publicado en: Nature Ecology & Evolution, Edición 6, 2022, Página(s) 253-262, ISSN 2397-334X
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-021-01638-2

Phylogenetic reconciliation: making the most of genomes to understand microbial ecology and evolution

Autores: Tom A Williams, Adrian A Davin, Lénárd L Szánthó, Alexandros Stamatakis, Noah A Wahl, Ben J Woodcroft, Rochelle M Soo, Laura Eme, Paul O Sheridan, Cecile Gubry-Rangin, Anja Spang, Philip Hugenholtz, Gergely J Szöllősi
Publicado en: The ISME Journal, Edición 18, 2024, ISSN 1751-7362
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wrae129

A gene-rich mitochondrion with a unique ancestral protein transport system

Autores: David Moreira, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, Laura Eme
Publicado en: Current Biology, Edición 34, 2025, Página(s) 3812-3819.e3, ISSN 0960-9822
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2024.07.017

Inference and reconstruction of the heimdallarchaeial ancestry of eukaryotes

Autores: Laura Eme, Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Courtney W. Stairs, Valerie De Anda, Max E. Schön, Kiley W. Seitz, Nina Dombrowski, William H. Lewis, Felix Homa, Jimmy H. Saw, Jonathan Lombard, Takuro Nunoura, Wen-Jun Li, Zheng-Shuang Hua, Lin-Xing Chen, Jillian F. Banfield, Emily St John, Anna-Louise Reysenbach, Matthew B. Stott, Andreas Schramm, Kasper U. Kjeldsen, Andreas P. Teske, Brett J. Baker,
Publicado en: Nature, Edición 618, 2024, Página(s) 992-999, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06186-2

Create, Analyze, and Visualize Phylogenomic Datasets Using PhyloFisher

Autores: Robert E. Jones, Alexander K. Tice, Marek Eliáš, Laura Eme, Martin Kolísko, Serafim Nenarokov, Tomáš Pánek, Antonis Rokas, Eric Salomaki, Jürgen F. H. Strassert, Xing‐Xing Shen, David Žihala, Matthew W. Brown
Publicado en: Current Protocols, Edición 4, 2024, ISSN 2691-1299
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.969

Expanded phylogeny of extremely halophilic archaea shows multiple independent adaptations to hypersaline environments

Autores: Brittany A. Baker, Ana Gutiérrez-Preciado, Álvaro Rodríguez del Río, Charley G. P. McCarthy, Purificación López-García, Jaime Huerta-Cepas, Edward Susko, Andrew J. Roger, Laura Eme, David Moreira
Publicado en: Nature Microbiology, Edición 9, 2024, Página(s) 964-975, ISSN 2058-5276
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-024-01647-4

Molecular and morphological characterization of four new ancyromonad genera and proposal for an updated taxonomy of the Ancyromonadida

Autores: Naoji Yubuki, Guifré Torruella, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Maria Cristina Ciobanu, Takashi Shiratori, Ken‐ichiro Ishida, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, David Moreira, Purificación López‐García, Laura Eme
Publicado en: Journal of Eukaryotic Microbiology, Edición 70, 2023, ISSN 1066-5234
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jeu.12997

GTRpmix: A Linked General Time-Reversible Model for Profile Mixture Models

Autores: Hector Banos, Thomas K F Wong, Justin Daneau, Edward Susko, Bui Quang Minh, Robert Lanfear, Matthew W Brown, Laura Eme, Andrew J Roger
Publicado en: Molecular Biology and Evolution, Edición 41, 2024, ISSN 0737-4038
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msae174

Independent Size Expansions and Intron Proliferation in Red Algal Plastid and Mitochondrial Genomes

Autores: Fabian van Beveren, Laura Eme, Purificación López-García, Maria Ciobanu, David Moreira
Publicado en: Genome Biology and Evolution, Edición 14, 2022, ISSN 1759-6653
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evac037

Non-peer reviewed articles (2)

Microbial Diversity and Open Questions about the Deep Tree of Life

Autores: Laura Eme, Daniel Tamarit
Publicado en: Genome Biology and Evolution, Edición 16, 2024, ISSN 1759-6653
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae053

Life through the lens of metabolism

Autores: Laura Eme, Courtney W. Stairs
Publicado en: Nature Ecology & Evolution, Edición 6, 2022, Página(s) 1590-1590, ISSN 2397-334X
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-022-01880-2