The macroevolutionary impact of epigenetics and lateral gene transfer on eukaryotic genomes

Projektinformationen

Macro-EpiK

ID Finanzhilfevereinbarung: 803151

DOI

10.3030/803151

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 10 Oktober 2018

Startdatum 1 März 2019

Enddatum 28 Februar 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 945,00

EU-Beitrag

€ 1 499 945,00

Koordiniert durch

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Participation to the Open Research Data Pilot

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (20)

Molecular characterization of the conoid complex in Toxoplasma reveals its conservation in all apicomplexans, including Plasmodium species

Autoren: Ludek Koreny, Mohammad Zeeshan, Konstantin Barylyuk, Eelco C. Tromer, Jolien J. E. van Hooff, Declan Brady, Huiling Ke, Sara Chelaghma, David J. P. Ferguson, Laura Eme, Rita Tewari, Ross F. Waller
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 19/3, 2021, Seite(n) e3001081, ISSN 1545-7885
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001081

One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade

Autoren: Jazmin Blaz, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Harpreet Kaur, Guifré Torruella, Ashley Yang, L. Alexa Thompson, Alexander Filbert, Sally Warring, Apurva Narechania, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Joel B. Dacks, Purificación López-García, David Moreira, Eunsoo Kim, Laura Eme
Veröffentlicht in: Scientific Data, Ausgabe 10, 2023, ISSN 2052-4463
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-023-02488-2

Genomics of Preaxostyla Flagellates Illuminates the Path Towards the Loss of Mitochondria

Autoren: Lukáš V. F. Novák, Sebastian C. Treitli, Jan Pyrih, Paweł Hałakuc, Shweta V. Pipaliya, Vojtěch Vacek, Ondřej Brzoň, Petr Soukal, Laura Eme, Joel B. Dacks, Anna Karnkowska, Marek Eliáš, Vladimír Hampl
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 19, 2023, Seite(n) e1011050, ISSN 1553-7404
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011050

Releasing uncurated datasets is essential for reproducible phylogenomics

Autoren: Eric D. Salomaki, Laura Eme, Matthew W. Brown, Martin Kolisko
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 4/11, 2020, Seite(n) 1435-1437, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01296-w

A closed Candidatus Odinarchaeum chromosome exposes Asgard archaeal viruses

Autoren: Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Mart Krupovic, Reindert Nijland, Laura Eme, Nicholas P. Robinson, Thijs J. G. Ettema
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 7, 2022, Seite(n) 948-952, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-022-01122-y

Marine Sediments Illuminate Chlamydiae Diversity and Evolution

Autoren: Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Courtney W. Stairs, Joran Martijn, Felix Homa, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J.G. Ettema
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 30/6, 2020, Seite(n) 1032-1048.e7, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2020.02.016

PhyloFisher: A phylogenomic package for resolving eukaryotic relationships

Autoren: Alexander K. Tice, David Žihala, Tomáš Pánek, Robert E. Jones, Eric D. Salomaki, Serafim Nenarokov, Fabien Burki, Marek Eliáš, Laura Eme, Andrew J. Roger, Antonis Rokas, Xing-Xing Shen, Jürgen F. H. Strassert, Martin Kolísko, Matthew W. Brown
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 19/8, 2021, Seite(n) e3001365, ISSN 1545-7885
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001365

Reconstructing the last common ancestor of all eukaryotes

Autoren: Thomas A. Richards, Laura Eme, John M. Archibald, Guy Leonard, Susana M. Coelho, Alex de Mendoza, Christophe Dessimoz, Pavel Dolezal, Lillian K. Fritz-Laylin, Toni Gabaldón, Vladimír Hampl, Geert J. P. L. Kops, Michelle M. Leger, Purificacion Lopez-Garcia, James O. McInerney, David Moreira, Sergio A. Muñoz-Gómez, Daniel J. Richter, Iñaki Ruiz-Trillo, Alyson E. Santoro, Arnau Sebé-Pedrós, Be
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 22, 2024, Seite(n) e3002917, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002917

Lateral Gene Transfer Mechanisms and Pan-genomes in Eukaryotes

Autoren: Shannon J. Sibbald, Laura Eme, John M. Archibald, Andrew J. Roger
Veröffentlicht in: Trends in Parasitology, Ausgabe 36/11, 2020, Seite(n) 927-941, ISSN 1471-4922
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pt.2020.07.014

Anaeramoebae are a divergent lineage of eukaryotes that shed light on the transition from anaerobic mitochondria to hydrogenosomes

Autoren: Courtney W. Stairs, Petr Táborský, Eric D. Salomaki, Martin Kolisko, Tomáš Pánek, Laura Eme, Miluše Hradilová, Čestmír Vlček, Jon Jerlström-Hultqvist, Andrew J. Roger, Ivan Čepička
Veröffentlicht in: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.10.010

Chlamydial contribution to anaerobic metabolism during eukaryotic evolution

Autoren: Courtney W. Stairs, Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J. G. Ettema
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 6/35, 2020, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abb7258

Site-and-branch-heterogeneous analyses of an expanded dataset favour mitochondria as sister to known Alphaproteobacteria

Autoren: Sergio A. Muñoz-Gómez, Edward Susko, Kelsey Williamson, Laura Eme, Claudio H. Slamovits, David Moreira, Purificación López-García, Andrew J. Roger
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 6, 2022, Seite(n) 253-262, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-021-01638-2

Phylogenetic reconciliation: making the most of genomes to understand microbial ecology and evolution

Autoren: Tom A Williams, Adrian A Davin, Lénárd L Szánthó, Alexandros Stamatakis, Noah A Wahl, Ben J Woodcroft, Rochelle M Soo, Laura Eme, Paul O Sheridan, Cecile Gubry-Rangin, Anja Spang, Philip Hugenholtz, Gergely J Szöllősi
Veröffentlicht in: The ISME Journal, Ausgabe 18, 2024, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wrae129

A gene-rich mitochondrion with a unique ancestral protein transport system

Autoren: David Moreira, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, Laura Eme
Veröffentlicht in: Current Biology, Ausgabe 34, 2025, Seite(n) 3812-3819.e3, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2024.07.017

Inference and reconstruction of the heimdallarchaeial ancestry of eukaryotes

Autoren: Laura Eme, Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Courtney W. Stairs, Valerie De Anda, Max E. Schön, Kiley W. Seitz, Nina Dombrowski, William H. Lewis, Felix Homa, Jimmy H. Saw, Jonathan Lombard, Takuro Nunoura, Wen-Jun Li, Zheng-Shuang Hua, Lin-Xing Chen, Jillian F. Banfield, Emily St John, Anna-Louise Reysenbach, Matthew B. Stott, Andreas Schramm, Kasper U. Kjeldsen, Andreas P. Teske, Brett J. Baker,
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 618, 2024, Seite(n) 992-999, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06186-2

Create, Analyze, and Visualize Phylogenomic Datasets Using PhyloFisher

Autoren: Robert E. Jones, Alexander K. Tice, Marek Eliáš, Laura Eme, Martin Kolísko, Serafim Nenarokov, Tomáš Pánek, Antonis Rokas, Eric Salomaki, Jürgen F. H. Strassert, Xing‐Xing Shen, David Žihala, Matthew W. Brown
Veröffentlicht in: Current Protocols, Ausgabe 4, 2024, ISSN 2691-1299
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.969

Expanded phylogeny of extremely halophilic archaea shows multiple independent adaptations to hypersaline environments

Autoren: Brittany A. Baker, Ana Gutiérrez-Preciado, Álvaro Rodríguez del Río, Charley G. P. McCarthy, Purificación López-García, Jaime Huerta-Cepas, Edward Susko, Andrew J. Roger, Laura Eme, David Moreira
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 9, 2024, Seite(n) 964-975, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-024-01647-4

Molecular and morphological characterization of four new ancyromonad genera and proposal for an updated taxonomy of the Ancyromonadida

Autoren: Naoji Yubuki, Guifré Torruella, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Maria Cristina Ciobanu, Takashi Shiratori, Ken‐ichiro Ishida, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, David Moreira, Purificación López‐García, Laura Eme
Veröffentlicht in: Journal of Eukaryotic Microbiology, Ausgabe 70, 2023, ISSN 1066-5234
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jeu.12997

GTRpmix: A Linked General Time-Reversible Model for Profile Mixture Models

Autoren: Hector Banos, Thomas K F Wong, Justin Daneau, Edward Susko, Bui Quang Minh, Robert Lanfear, Matthew W Brown, Laura Eme, Andrew J Roger
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 41, 2024, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msae174

Independent Size Expansions and Intron Proliferation in Red Algal Plastid and Mitochondrial Genomes

Autoren: Fabian van Beveren, Laura Eme, Purificación López-García, Maria Ciobanu, David Moreira
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 14, 2022, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evac037

Non-peer reviewed articles (2)

Microbial Diversity and Open Questions about the Deep Tree of Life

Autoren: Laura Eme, Daniel Tamarit
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 16, 2024, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae053

Life through the lens of metabolism

Autoren: Laura Eme, Courtney W. Stairs
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 6, 2022, Seite(n) 1590-1590, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-022-01880-2