The macroevolutionary impact of epigenetics and lateral gene transfer on eukaryotic genomes

Informacje na temat projektu

Macro-EpiK

Identyfikator umowy o grant: 803151

DOI

10.3030/803151

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 10 Października 2018

Data rozpoczęcia 1 Marca 2019

Data zakończenia 28 Lutego 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 499 945,00

Wkład UE

€ 1 499 945,00

Koordynowany przez

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Participation to the Open Research Data Pilot

Publikacje

Peer reviewed articles (20)

Molecular characterization of the conoid complex in Toxoplasma reveals its conservation in all apicomplexans, including Plasmodium species

Autorzy: Ludek Koreny, Mohammad Zeeshan, Konstantin Barylyuk, Eelco C. Tromer, Jolien J. E. van Hooff, Declan Brady, Huiling Ke, Sara Chelaghma, David J. P. Ferguson, Laura Eme, Rita Tewari, Ross F. Waller
Opublikowane w: PLOS Biology, Numer 19/3, 2021, Strona(/y) e3001081, ISSN 1545-7885
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001081

One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade

Autorzy: Jazmin Blaz, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Harpreet Kaur, Guifré Torruella, Ashley Yang, L. Alexa Thompson, Alexander Filbert, Sally Warring, Apurva Narechania, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Joel B. Dacks, Purificación López-García, David Moreira, Eunsoo Kim, Laura Eme
Opublikowane w: Scientific Data, Numer 10, 2023, ISSN 2052-4463
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-023-02488-2

Genomics of Preaxostyla Flagellates Illuminates the Path Towards the Loss of Mitochondria

Autorzy: Lukáš V. F. Novák, Sebastian C. Treitli, Jan Pyrih, Paweł Hałakuc, Shweta V. Pipaliya, Vojtěch Vacek, Ondřej Brzoň, Petr Soukal, Laura Eme, Joel B. Dacks, Anna Karnkowska, Marek Eliáš, Vladimír Hampl
Opublikowane w: PLOS Genetics, Numer 19, 2023, Strona(/y) e1011050, ISSN 1553-7404
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011050

Releasing uncurated datasets is essential for reproducible phylogenomics

Autorzy: Eric D. Salomaki, Laura Eme, Matthew W. Brown, Martin Kolisko
Opublikowane w: Nature Ecology & Evolution, Numer 4/11, 2020, Strona(/y) 1435-1437, ISSN 2397-334X
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01296-w

A closed Candidatus Odinarchaeum chromosome exposes Asgard archaeal viruses

Autorzy: Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Mart Krupovic, Reindert Nijland, Laura Eme, Nicholas P. Robinson, Thijs J. G. Ettema
Opublikowane w: Nature Microbiology, Numer 7, 2022, Strona(/y) 948-952, ISSN 2058-5276
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-022-01122-y

Marine Sediments Illuminate Chlamydiae Diversity and Evolution

Autorzy: Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Courtney W. Stairs, Joran Martijn, Felix Homa, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J.G. Ettema
Opublikowane w: Current Biology, Numer 30/6, 2020, Strona(/y) 1032-1048.e7, ISSN 0960-9822
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2020.02.016

PhyloFisher: A phylogenomic package for resolving eukaryotic relationships

Autorzy: Alexander K. Tice, David Žihala, Tomáš Pánek, Robert E. Jones, Eric D. Salomaki, Serafim Nenarokov, Fabien Burki, Marek Eliáš, Laura Eme, Andrew J. Roger, Antonis Rokas, Xing-Xing Shen, Jürgen F. H. Strassert, Martin Kolísko, Matthew W. Brown
Opublikowane w: PLOS Biology, Numer 19/8, 2021, Strona(/y) e3001365, ISSN 1545-7885
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001365

Reconstructing the last common ancestor of all eukaryotes

Autorzy: Thomas A. Richards, Laura Eme, John M. Archibald, Guy Leonard, Susana M. Coelho, Alex de Mendoza, Christophe Dessimoz, Pavel Dolezal, Lillian K. Fritz-Laylin, Toni Gabaldón, Vladimír Hampl, Geert J. P. L. Kops, Michelle M. Leger, Purificacion Lopez-Garcia, James O. McInerney, David Moreira, Sergio A. Muñoz-Gómez, Daniel J. Richter, Iñaki Ruiz-Trillo, Alyson E. Santoro, Arnau Sebé-Pedrós, Be
Opublikowane w: PLOS Biology, Numer 22, 2024, Strona(/y) e3002917, ISSN 1545-7885
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002917

Lateral Gene Transfer Mechanisms and Pan-genomes in Eukaryotes

Autorzy: Shannon J. Sibbald, Laura Eme, John M. Archibald, Andrew J. Roger
Opublikowane w: Trends in Parasitology, Numer 36/11, 2020, Strona(/y) 927-941, ISSN 1471-4922
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pt.2020.07.014

Anaeramoebae are a divergent lineage of eukaryotes that shed light on the transition from anaerobic mitochondria to hydrogenosomes

Autorzy: Courtney W. Stairs, Petr Táborský, Eric D. Salomaki, Martin Kolisko, Tomáš Pánek, Laura Eme, Miluše Hradilová, Čestmír Vlček, Jon Jerlström-Hultqvist, Andrew J. Roger, Ivan Čepička
Opublikowane w: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.10.010

Chlamydial contribution to anaerobic metabolism during eukaryotic evolution

Autorzy: Courtney W. Stairs, Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J. G. Ettema
Opublikowane w: Science Advances, Numer 6/35, 2020, ISSN 2375-2548
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abb7258

Site-and-branch-heterogeneous analyses of an expanded dataset favour mitochondria as sister to known Alphaproteobacteria

Autorzy: Sergio A. Muñoz-Gómez, Edward Susko, Kelsey Williamson, Laura Eme, Claudio H. Slamovits, David Moreira, Purificación López-García, Andrew J. Roger
Opublikowane w: Nature Ecology & Evolution, Numer 6, 2022, Strona(/y) 253-262, ISSN 2397-334X
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-021-01638-2

Phylogenetic reconciliation: making the most of genomes to understand microbial ecology and evolution

Autorzy: Tom A Williams, Adrian A Davin, Lénárd L Szánthó, Alexandros Stamatakis, Noah A Wahl, Ben J Woodcroft, Rochelle M Soo, Laura Eme, Paul O Sheridan, Cecile Gubry-Rangin, Anja Spang, Philip Hugenholtz, Gergely J Szöllősi
Opublikowane w: The ISME Journal, Numer 18, 2024, ISSN 1751-7362
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wrae129

A gene-rich mitochondrion with a unique ancestral protein transport system

Autorzy: David Moreira, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, Laura Eme
Opublikowane w: Current Biology, Numer 34, 2025, Strona(/y) 3812-3819.e3, ISSN 0960-9822
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2024.07.017

Inference and reconstruction of the heimdallarchaeial ancestry of eukaryotes

Autorzy: Laura Eme, Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Courtney W. Stairs, Valerie De Anda, Max E. Schön, Kiley W. Seitz, Nina Dombrowski, William H. Lewis, Felix Homa, Jimmy H. Saw, Jonathan Lombard, Takuro Nunoura, Wen-Jun Li, Zheng-Shuang Hua, Lin-Xing Chen, Jillian F. Banfield, Emily St John, Anna-Louise Reysenbach, Matthew B. Stott, Andreas Schramm, Kasper U. Kjeldsen, Andreas P. Teske, Brett J. Baker,
Opublikowane w: Nature, Numer 618, 2024, Strona(/y) 992-999, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06186-2

Create, Analyze, and Visualize Phylogenomic Datasets Using PhyloFisher

Autorzy: Robert E. Jones, Alexander K. Tice, Marek Eliáš, Laura Eme, Martin Kolísko, Serafim Nenarokov, Tomáš Pánek, Antonis Rokas, Eric Salomaki, Jürgen F. H. Strassert, Xing‐Xing Shen, David Žihala, Matthew W. Brown
Opublikowane w: Current Protocols, Numer 4, 2024, ISSN 2691-1299
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.969

Expanded phylogeny of extremely halophilic archaea shows multiple independent adaptations to hypersaline environments

Autorzy: Brittany A. Baker, Ana Gutiérrez-Preciado, Álvaro Rodríguez del Río, Charley G. P. McCarthy, Purificación López-García, Jaime Huerta-Cepas, Edward Susko, Andrew J. Roger, Laura Eme, David Moreira
Opublikowane w: Nature Microbiology, Numer 9, 2024, Strona(/y) 964-975, ISSN 2058-5276
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-024-01647-4

Molecular and morphological characterization of four new ancyromonad genera and proposal for an updated taxonomy of the Ancyromonadida

Autorzy: Naoji Yubuki, Guifré Torruella, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Maria Cristina Ciobanu, Takashi Shiratori, Ken‐ichiro Ishida, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, David Moreira, Purificación López‐García, Laura Eme
Opublikowane w: Journal of Eukaryotic Microbiology, Numer 70, 2023, ISSN 1066-5234
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jeu.12997

GTRpmix: A Linked General Time-Reversible Model for Profile Mixture Models

Autorzy: Hector Banos, Thomas K F Wong, Justin Daneau, Edward Susko, Bui Quang Minh, Robert Lanfear, Matthew W Brown, Laura Eme, Andrew J Roger
Opublikowane w: Molecular Biology and Evolution, Numer 41, 2024, ISSN 0737-4038
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msae174

Independent Size Expansions and Intron Proliferation in Red Algal Plastid and Mitochondrial Genomes

Autorzy: Fabian van Beveren, Laura Eme, Purificación López-García, Maria Ciobanu, David Moreira
Opublikowane w: Genome Biology and Evolution, Numer 14, 2022, ISSN 1759-6653
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evac037

Non-peer reviewed articles (2)

Microbial Diversity and Open Questions about the Deep Tree of Life

Autorzy: Laura Eme, Daniel Tamarit
Opublikowane w: Genome Biology and Evolution, Numer 16, 2024, ISSN 1759-6653
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae053

Life through the lens of metabolism

Autorzy: Laura Eme, Courtney W. Stairs
Opublikowane w: Nature Ecology & Evolution, Numer 6, 2022, Strona(/y) 1590-1590, ISSN 2397-334X
Wydawca: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-022-01880-2