Synthetic biology of carbohydrate-binding proteins: engineering protein-carbohydrate interactions for diagnostics and cell targeting

Informations projet

synBIOcarb

N° de convention de subvention: 814029

DOI

10.3030/814029

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Août 2018

Date de début 1 Octobre 2018

Date de fin 31 Mars 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 4 093 660,08

Contribution de l’UE

€ 4 093 660,08

Coordonné par

UNIVERSITY OF LEEDS
United Kingdom

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Livrables

Other (1)

ESR project vacancies advertised

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E-newsletter 2 published

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International Conference on Synthetic Glycobiology
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synBIOcarb website running (public section)

synBIOcarb website running public section

Report on one day contact meeting with industry

Publications

Other (2)

Membrane fusion mediated by non-covalent binding of re-engineered cholera toxin assemblies to glycolipids

Auteurs: Sarah Wehrum; Daniel J Williamson; Lina Siukstaite; Thomas R Branson; Taras Sych; Josef Madl; Gemma C Wildsmith; Wenyue Dai; James F Ross; Maren Thomsen; Michael E Webb; Winfried Römer; W Bruce Turnbull
Publié dans: ChemRxiv, 2021
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.26434/chemrxiv-2021-j9stg

A pore-forming β-trefoil lectin with specificity for the tumor-related glycosphingolipid Gb3

Auteurs: Simona Notova, François Bonnardel, Francesca Rosato, Lina Siukstaite, Jessica Schwaiger, Nicolai Bovin, Annabelle Varrot, Winfried Römer, Frédérique Lisacek, Anne Imberty
Publié dans: BioRxiv, 2022
Éditeur: Cold Harbour Spring Laboratory
DOI: 10.1101/2022.02.10.479907

Peer reviewed articles (27)

Tuning specificity and topology of lectins through synthetic biology

Auteurs: Simona Notova, Anne Imberty
Publié dans: Current Opinion on Chemical Biology, Numéro 73, 2023, Page(s) 102275, ISSN 1367-5931
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2023.102275

The Two Sweet Sides of Janus Lectin Drive Crosslinking of Liposomes to Cancer Cells and Material Uptake

Auteurs: Lina Siukstaite, Francesca Rosato, Anna Mitrovic, Peter Fritz Müller, Katharina Kraus, Simona Notova, Anne Imberty, Winfried Römer
Publié dans: Toxins, Numéro 13/11, 2021, Page(s) 792, ISSN 2072-6651
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/toxins13110792

Structural Diversities of Lectins Binding to the Glycosphingolipid Gb3

Auteurs: Lina Siukstaite, Anne Imberty, Winfried Römer
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, Numéro 8, 2021, ISSN 2296-889X
Éditeur: Frontiers in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2021.704685

Identification of Whole-Serum Glycobiomarkers for Colorectal Carcinoma Using Reverse-Phase Lectin Microarray

Auteurs: Tomas Berto, Aniko Bertokova, Eduard Jane, Michal Hires, Juvissan Aguedo, Maria Potocarova, Ludovit Lukac, Alica Vikartovska, Peter Kasak, Lubor Borsig and Jan Tkac
Publié dans: Frontiers in Oncology, Numéro 11, 2021, Page(s) 735338, ISSN 2234-943X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2021.735338

Structure and engineering of tandem repeat lectins

Auteurs: Simona Notova, François Bonnardel, Frédérique Lisacek, Annabelle Varrot, Anne Imberty
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 62, 2020, Page(s) 39-47, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2019.11.006

Electrochemical Impedance Spectroscopy on 2D Nanomaterial MXene Modified Interfaces: Application as a Characterization and Transducing Tool

Auteurs: Juvissan Aguedo, Lenka Lorencova, Marek Barath, Pavol Farkas and Jan Tkac
Publié dans: Chemosensors, Numéro 8/4, 2020, Page(s) 127, ISSN 2227-9040
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/chemosensors8040127

Membrane Fusion Mediated by Non-covalent Binding of Re-engineered Cholera Toxin Assemblies to Glycolipids

Auteurs: Sarah Wehrum, Lina Siukstaite, Daniel J. Williamson, Thomas R. Branson, Taras Sych, Josef Madl, Gemma C. Wildsmith, Wenyue Dai, Erik Kempmann, James F. Ross, Maren Thomsen, Michael E. Webb, Winfried Römer, and W. Bruce Turnbull
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 11 (12), 2022, Page(s) 3929–3938, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.2c00266

Genetic code expansion in E. coli enables production of a functional‘ready-to-click’ T cell receptor-specific scFv

Auteurs: Rajeev Pasupuleti, Francesca Rosato, Dajana Kolanovic, Olga N. Makshakova, Winfried Römer and Birgit Wiltschi
Publié dans: New Biotechnology, Numéro 76, 2023, Page(s) 127-137, ISSN 1871-6784
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.nbt.2023.05.007

Building an Artificial Plant Cell Wall on a Lipid Bilayer by Assembling Polysaccharides and Engineered Proteins

Auteurs: Simona Notova; Nathan Cannac; Luca Rabagliati; Maeva Touzard; Josselin Mante; Yotam Navon; Liliane Coche-Guérente; Olivier Lerouxel; Laurent Heux; Anne Imberty
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 11/10, 2022, Page(s) 3516–3528, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.2c00404

Extending Janus lectins architecture: Characterization and application to protocells

Auteurs: Simona Notova, Lina Siukstaite, Francesca Rosato, Federica Vena, Aymeric Audfray, Nicolai Bovin, Ludovic Landemarre, Winfried Römer, Anne Imberty
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 20, 2022, Page(s) 6108-6119, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.11.005

Homo-and Heterovalent Neoglycoproteins as Ligands for Bacterial Lectins

Auteurs: David Goyard, Benoît Roubinet, Federica Vena, Ludovic Landemarre, Olivier Renaudet
Publié dans: ChemPlusChem, Numéro 87/2, 2022, ISSN 2192-6506
Éditeur: Wiley-VCH Verlag
DOI: 10.1002/cplu.202100481

Microbial carbohydrate-binding toxins – From etiology to biotechnological application

Auteurs: Natalia Danielewicz; Francesca Rosato; Wenyue Dai; Winfried Römer; W. Bruce Turnbull; Juergen Mairhofer
Publié dans: Biotechnology Advances, Numéro 59, 2022, ISSN 0734-9750
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.biotechadv.2022.107951

A Holistic 4D Approach to Optimize Intrinsic and Extrinsic Factors Contributing to Variability in Microarray Biosensing in Glycomics

Auteurs: Paras H. Kundalia , Lucia Pažitná, Kristína Kianičková, Eduard Jáné, Lenka Lorencová, Jaroslav Katrlík
Publié dans: Sensors, Numéro 23(12), 2023, ISSN 1424-8220
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/s23125362

Enzymatic Glyco-Modification of Synthetic Membrane Systems

Auteurs: Dylan Jabeguero, Lina Siukstaite, Chunyue Wang, Anna Mitrovic, Serge Pérez, Olga Makshakova, Ralf P. Richter, Winfried Römer and Christelle Breton
Publié dans: Biomolecules, Numéro 13(2), 2023, Page(s) 335, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom13020335

Clickable Shiga Toxin B Subunit for Drug Delivery in Cancer Therapy

Auteurs: Natalia Danielewicz, Wenyue Dai, Francesca Rosato, Michael E. Webb, Gerald Striedner,Winfried Römer,W. Bruce Turnbull, Juergen Mairhofer
Publié dans: ACS Omega, Numéro 8 (17), 2023, Page(s) 15406–15421, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.3c00667

Targeted delivery of oligonucleotides using multivalent protein–carbohydrate interactions

Auteurs: Vajinder Kumar and W. Bruce Turnbull
Publié dans: Chemical Society Reviews, Numéro 52, 2023, Page(s) 1273-1287, ISSN 1460-4744
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cs00788f

Neutralizing the Impact of the Virulence Factor LecA from <i>Pseudomonas aeruginosa</i> on Human Cells with New Glycomimetic Inhibitors

Auteurs: Eva Zahorska; Francesca Rosato; Kai Stober; Sakonwan Kuhaudomlarp; Joscha Meiers; Dirk Hauck; Dorina Reith; Emilie Gillon; Katharina Rox; Anne Imberty; Winfried Römer; Alexander Titz
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 62, 2023, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202215535

The Lectin LecA Sensitizes the Human Stretch-Activated Channel TREK-1 but Not Piezo1 and Binds Selectively to Cardiac Non-myocytes

Auteurs: Elisa Darkow, Eva A. Rog-Zielinska, Josef Madl, Annette Brandel, Lina Siukstaite, Ramin Omidvar, Peter Kohl, Ursula Ravens, Winfried Römer, Rémi Peyronnet
Publié dans: Frontiers in Physiology, Numéro 11, 2020, ISSN 1664-042X
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2020.00457

In-Depth Characterization of a Re-Engineered Cholera Toxin Manufacturing Process Using Growth-Decoupled Production in Escherichia coli

Auteurs: Natalia Danielewicz, Wenyue Dai, Francesca Rosato, Michael E. Webb, Gerald Striedner,Winfried Römer,W. Bruce Turnbull, Juergen Mairhofer
Publié dans: Toxins, 2022, ISSN 2072-6651
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/toxins14060396

MXene as a novel cartridge for N-glycan enrichment

Auteurs: Juvissan Aguedo, Zuzana Pakanova, Lenka Lorencova, Marek Nemcovic, Peter Kasak, Marek Barath, Pavol Farkas, JanTkac
Publié dans: Analytica Chimica Acta, Numéro 00032670, 2022, Page(s) Volume 1234, ISSN 0003-2670
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2022.340512

A bispecific, crosslinking lectibody activates cytotoxic T cells and induces cancer cell death

Auteurs: Francesca Rosato, Rajeev Pasupuleti, Jana Tomisch, Ana Valeria Meléndez, Dajana Kolanovic, Olga N. Makshakova, Birgit Wiltschi & Winfried Römer
Publié dans: Journal of Translational Medicine, Numéro 20/578, 2022, ISSN 1479-5876
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12967-022-03794-w

Stabilization of membrane topologies by proteinaceous remorin scaffolds

Auteurs: Chao Su, Marta Rodriguez-Franco, Beatrice Lace, Nils Nebel, Casandra Hernandez-Reyes, Pengbo Liang, Eija Schulze, Evgeny V Mymrikov, Nikolas M Gross, Julian Knerr, Hong Wang, Lina Siukstaite, Jean Keller, Cyril Libourel, Alexandra AM Fischer, Katharina E Gabor, Eric Mark, Claudia Popp, Carola Hunte, Wilfried Weber, Petra Wendler, Thomas Stanislas, Pierre-Marc Delaux, Oliver Einsle, Robert Grosse,
Publié dans: Nature Comunications, Numéro 14/323, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-35976-5

Novel lectin-based chimeric antigen receptors target Gb3-positive tumour cells

Auteurs: Ana Valeria Meléndez, Rubí M.-H. Velasco Cárdenas, Simon Lagies, Juliane Strietz, Lina Siukstaite, Oliver S. Thomas, Jana Tomisch, Wilfried Weber, Bernd Kammerer, Winfried Römer, Susana Minguet
Publié dans: Cellular and Molecular Life Sciences, Numéro 1420682X, 2022, ISSN 1420-682X
Éditeur: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-022-04524-7

Piggybacking on the Cholera Toxin: Identification of a CTB-Binding Protein as an Approach for Targeted Delivery of Proteins to Motor Neurons.

Auteurs: Matthew R. Balmforth; Jessica L. Haigh; Vajinder Kumar; Vajinder Kumar; Wenyue Dai; Christian Tiede; Darren C. Tomlinson; Jim Deuchars; Michael E. Webb; W. Bruce Turnbull
Publié dans: Bioconjugate Chemistry, Numéro 32 (10), 2021, Page(s) 2205–2212, ISSN 1043-1802
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.bioconjchem.1c00373

The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3

Auteurs: Simona Notova; François Bonnardel; Francesca Rosato; Lina Siukstaite; Jessica Schwaiger; Jia Hui Lim; Nicolai Bovin; Annabelle Varrot; Yu Ogawa; Winfried Römer; Frédérique Lisacek; Anne Imberty
Publié dans: Communications Biology, Numéro 5/954, 2022, ISSN 2399-3642
Éditeur: Nature Publising Group
DOI: 10.1038/s42003-022-03869-w

Polyvalent Transition-State Analogues of Sialyl Substrates Strongly Inhibit Bacterial Sialidases

Auteurs: Coralie Assailly, Clarisse Bridot, Dr. Amélie Saumonneau, Paul Lottin, Dr. Benoit Roubinet, Dr. Eva-Maria Krammer, Francesca François, Federica Vena, Dr. Ludovic Landemarre, Dr. Dimitri Alvarez Dorta, Dr. David Deniaud, Dr. Cyrille Grandjean, Dr. Charles Tellier, Dr. Sagrario Pascual, Dr. Véronique Montembault, Dr. Laurent Fontaine, Dr. Franck Daligault, Dr. Julie Bouckaert, Dr. Sébastien G. G
Publié dans: Chemistry – A European Journal, Numéro 27, 2021, Page(s) 3142-3150, ISSN 1521-3765
Éditeur: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/chem.202004672

Involvement of N‐glycans in binding of Photorhabdus luminescens Tc toxin

Auteurs: Peter Njenga Ng'ang'a, Lina Siukstaite, Alexander E. Lang, Hans Bakker, Winfried Römer, Klaus Aktories, Gudula Schmidt
Publié dans: Cellular Microbiology, Numéro Monthly, 2021, ISSN 1462-5814
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/cmi.13326