Descrizione del progetto
Esaminare gli effetti delle modifiche epigenetiche a lungo raggio
Le modifiche epigenetiche sono marcatori chimici sul DNA e sulla cromatina che influiscono sulla facilità di accesso al DNA e sull’espressione genica. Tali modifiche sono ereditarie, ma non implicano alterazioni nell’effettiva sequenza di DNA. Gli scienziati del progetto MultiplexGenomics, finanziato dall’UE, sono interessati a scoprire il modo in cui una modifica epigenetica lontana da un gene possa influire sull’espressione e predisporre un soggetto a determinati tipi di cancro. I ricercatori svilupperanno una piattaforma per la profilazione genomica e realizzeranno la mappatura fisica e chimica di cromosomi individuali. Il progetto dispone del potenziale per rivelare nuove reti di controllo e una regolazione nascosta di lungo raggio delle posizioni genomiche, facendo progredire la scienza della genomica.
Obiettivo
The genome is composed of the genetic code and a rich repertoire of epigenetic chemical DNA modifications, the Epigenome, with distinct signatures in health and disease. Unmasking the interplay between different genomic features is critical for understanding the operating system of life. Specifically, revealing long-range epigenetic regulation may uncover predisposition to cancer. Nevertheless, due to the short read-length of single-cell next-generation sequencing, there is no method today that can integrate multiple genomic observables, on the same genome and at the same time. The missing picture constitutes a major genomic “blind spot”, obscuring epigenetic regulation of gene expression. This project aims to provide a multiplexed view of the genome never before accessible. I will utilize single-molecule physical and chemical mapping of individual chromosomes to discover long-range epigenetic correlations, focusing on markers for predisposition to breast cancer. I will approach multiplexing by applying optical and electrical sensing concepts to detect chemical tags attached to long genomic DNA molecules. Equipped with a toolbox of biochemical DNA labeling reactions, I will develop a unique spectral imager for simultaneous acquisition of high-content genomic information from DNA stretched in nanochannel arrays. DNA tagging will also be used to enhance electrical contrast for nanopore epigenetic sequencing. Finally, by combining electric sensing inside nanochannels I will develop new integrated devices for electro-optical genomic analysis. Together, these developments cover the full range of genomic length scales and resolution. MultiplexGenomics will establish a groundbreaking experimental framework for genetic/epigenetic profiling of native chromosomal DNA. A successful completion of this project will make possible the discovery of novel control networks and hidden long-range regulation, opening new horizons for basic genomic research and personalized medicine.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
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- scienze naturaliscienze biologichegeneticaDNA
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Parole chiave
Programma(i)
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
ERC-COG - Consolidator GrantIstituzione ospitante
69978 Tel Aviv
Israele