Exploring the Epigenome by Multiplexed Physical Mapping of Individual Chromosomes

Informazioni relative al progetto

MultiplexGenomics

ID dell’accordo di sovvenzione: 817811

DOI

10.3030/817811

Progetto chiuso

Data della firma CE 14 Febbraio 2019

Data di avvio 1 Ottobre 2019

Data di completamento 31 Marzo 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 750 000,00

Contributo UE

€ 2 750 000,00

Coordinato da

TEL AVIV UNIVERSITY
Israel

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (14)

Dam Assisted Fluorescent Tagging of Chromatin Accessibility (DAFCA) for Optical Genome Mapping in Nanochannel Arrays

Autori: Gil Nifker; Assaf Grunwald; Sapir Margalit; Zuzana Tulpova; Yael Michaeli; Hagai Har-Gil; Noy Maimon; Elad Roichman; Leonie Schütz; Elmar Weinhold; Yuval Ebenstein
Pubblicato in: ACS nano 17(10), 9178-9187 (2023). doi:10.1021/acsnano.2c12755, Numero 4, 2023, ISSN 1936-0851
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c12755

Multimodal single-molecule microscopy with continuously controlled spectral resolution

Autori: Jonathan Jeffet; Ariel Ionescu; Yael Michaeli; Dmitry Torchinsky; Eran Perlson; Timothy D. Craggs; Yuval Ebenstein
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 1, 2021, ISSN 2667-0747
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100013

From single-molecule to genome-wide mapping of DNA lesions: repair-assisted damage detection sequencing

Autori: Noa Gilat, Dena Fridman, Hila Sharim, Sapir Margalit, Natalie R. Gassman, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: Biophysical Reports, 2021, ISSN 2667-0747
Editore: The Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100017

Long-read structural and epigenetic profiling of a kidney tumor-matched sample with nanopore sequencing and optical genome mapping

Autori: Sapir Margalit, Zuzana Tulpová, Tahir Detinis Zur, Yael Michaeli, Jasline Deek, Gil Nifker, Rita Haldar, Yehudit Gnatek, Dorit Omer, Benjamin Dekel, Hagit Baris Feldman, Assaf Grunwald, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: NAR Genomics and Bioinformatics, Numero 7, 2025, ISSN 2631-9268
Editore: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nargab/lqae190

Optical genome and epigenome mapping of clear cell renal cell carcinoma

Autori: Sapir Margalit, Zuzana Tulpová, Yael Michaeli, Tahir Detinis Zur, Jasline Deek, Sivan Louzoun-Zada, Gil Nifker, Assaf Grunwald, Yuval Scher, Leonie Schütz, Elmar Weinhold, Yehudit Gnatek, Dorit Omer, Benjamin Dekel, Eitan Friedman, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: NAR Cancer, Numero 7, 2025, ISSN 2632-8674
Editore: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/narcan/zcaf008

Long reads capture simultaneous enhancer-promoter methylation status for cell-type deconvolution

Autori: Sapir Margalit, Yotam Abramson, Hila Sharim, Zohar Manber, Surajit Bhattacharya, Yi-Wen Chen, Eric Vilain, Hayk Barseghyan, Ran Elkon, Roded Sharan, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab306

Single-molecule toxicogenomics: Optical genome mapping of DNA-damage in nanochannel arrays

Autori: Tahir Detinis Zur, Sapir Margalit, Jonathan Jeffet, Assaf Grunwald, Sivan Fishman, Zuzana Tulpová, Yael Michaeli, Jasline Deek, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: DNA Repair, Numero 146, 2025, Pagina/e 103808, ISSN 1568-7864
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2025.103808

Chemo-Enzymatic Fluorescence Labeling Of Genomic DNA For Simultaneous Detection Of Global 5-Methylcytosine And 5-Hydroxymethylcytosine

Autori: Sigal Avraham, Dr. Leonie Schütz, Dr. Larissa Käver, Dr. Andreas Dankers, Sapir Margalit, Dr. Yael Michaeli, Dr. Shahar Zirkin, Dr. Dmitry Torchinsky, Dr. Noa Gilat, Omer Bahr, Gil Nifker, Prof. Maya Koren-Michowitz, Prof. Elmar Weinhold, Prof. Yuval Ebenstein
Pubblicato in: ChemBioChem, 2023, Pagina/e e202300400, ISSN 1439-7633
Editore: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/cbic.202300400

Machine-Learning-Based Single-Molecule Quantification of Circulating MicroRNA Mixtures

Autori: Jonathan Jeffet; Sayan Mondal; Amit Federbush; Nadav Tenenboim; Miriam Neaman; Jasline Deek; Yuval Ebenstein; Yohai Bar-Sinai
Pubblicato in: Crossref, Numero 1, 2023, ISSN 0002-7863
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssensors.3c01234

Chemoenzymatic labeling of DNA methylation patterns for single-molecule epigenetic mapping

Autori: Tslil Gabrieli, Yael Michaeli, Sigal Avraham, Dmitry Torchinsky, Sapir Margalit, Leonie Schutz, Matyas Juhasz, Ceyda Coruh, Nissim Arbib, Zhaohui Sunny Zhou, Julie A. Law, Elmar Weinhold and Yuval Ebenstein
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac460

Single-molecule optical genome mapping in nanochannels: multidisciplinarity at the nanoscale

Autori: Jonathan Jeffet, Sapir Margalit, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: Essays in Biochemistry, Numero 65/1, 2021, Pagina/e 51-66, ISSN 0071-1365
Editore: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20200021

Effective training of nanopore callers for epigenetic marks with limited labelled data

Autori: Brian Yao, Chloe Hsu, Gal Goldner, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein and Jennifer Listgarten
Pubblicato in: Open Biology, 2024, ISSN 2046-2441
Editore: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.230449

DeepQR: single-molecule QR codes for optical gene-expression analysis

Autori: Jonathan Jeffet, Barak Hadad, Sahar Froim, Kawsar Kaboub, Keren M. Rabinowitz, Jasline Deek, Sapir Margalit, Iris Dotan, Alon Bahabad, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: Nanophotonics, 2024, ISSN 2192-8606
Editore: Walter de Gruyter GmbH
DOI: 10.1515/nanoph-2024-0236

Single-molecule approaches for DNA damage detection and repair: A focus on Repair Assisted Damage Detection (RADD)

Autori: Tahir Detinis Zur; Jasline Deek; Yuval Ebenstein
Pubblicato in: Crossref, Numero 3, 2023, ISSN 1568-7864
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103533

Other (3)

A Spectral Image Scanning Microscope for Multi-Color High-Resolution Imaging

Autori: Lanna Bram, Ofir Tal-Friedman, Neta Fibeesh, Yohai Bar-Sinai, Eli Flaxer, Yael Roichman, Uri Ashery, Yuval Ebenstein, Jonathan Jeffet
Pubblicato in: 2025
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.05.14.653993

Write and read: Harnessing Synthetic DNA Modifications for Nanopore Sequencing

Autori: Uri Bertocchi, Assaf Grunwald, Gal Goldner, Eliran Eitan, Sigal Avraham, Jasline Deek, Yael Michaeli, Brian Yao, Jennifer Listgarten, Jared T. Simpson, Winston Timp, Yuval Ebenstein
Pubblicato in: 2025
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.04.14.648727

Nanopore callers for epigenetics from limited supervised data

Autori: Yao B; Chloe Ching-Yun Hsu; Goldner G; Yael Michaeli; Yuval Ebenstein; Jennifer Listgarten
Pubblicato in: Numero 1, 2021
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.06.17.448800

Diritti di proprietà intellettuale

Patent (1)

DETECTION OF BASE MODIFICATIONS BY ENHANCING ELECTRICAL CONTRAST IN NANOPORES

Numero candidatura/pubblicazione: 20 23050792
Data: 2023-07-31
Candidato/i: TEL AVIV UNIVERSITY