Exploring the Epigenome by Multiplexed Physical Mapping of Individual Chromosomes

Informations projet

MultiplexGenomics

N° de convention de subvention: 817811

DOI

10.3030/817811

Projet clôturé

Date de signature de la CE 14 Février 2019

Date de début 1 Octobre 2019

Date de fin 31 Mars 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 750 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 750 000,00

Coordonné par

TEL AVIV UNIVERSITY
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Dam Assisted Fluorescent Tagging of Chromatin Accessibility (DAFCA) for Optical Genome Mapping in Nanochannel Arrays

Auteurs: Gil Nifker; Assaf Grunwald; Sapir Margalit; Zuzana Tulpova; Yael Michaeli; Hagai Har-Gil; Noy Maimon; Elad Roichman; Leonie Schütz; Elmar Weinhold; Yuval Ebenstein
Publié dans: ACS nano 17(10), 9178-9187 (2023). doi:10.1021/acsnano.2c12755, Numéro 4, 2023, ISSN 1936-0851
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c12755

Multimodal single-molecule microscopy with continuously controlled spectral resolution

Auteurs: Jonathan Jeffet; Ariel Ionescu; Yael Michaeli; Dmitry Torchinsky; Eran Perlson; Timothy D. Craggs; Yuval Ebenstein
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 1, 2021, ISSN 2667-0747
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100013

From single-molecule to genome-wide mapping of DNA lesions: repair-assisted damage detection sequencing

Auteurs: Noa Gilat, Dena Fridman, Hila Sharim, Sapir Margalit, Natalie R. Gassman, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein
Publié dans: Biophysical Reports, 2021, ISSN 2667-0747
Éditeur: The Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100017

Long-read structural and epigenetic profiling of a kidney tumor-matched sample with nanopore sequencing and optical genome mapping

Auteurs: Sapir Margalit, Zuzana Tulpová, Tahir Detinis Zur, Yael Michaeli, Jasline Deek, Gil Nifker, Rita Haldar, Yehudit Gnatek, Dorit Omer, Benjamin Dekel, Hagit Baris Feldman, Assaf Grunwald, Yuval Ebenstein
Publié dans: NAR Genomics and Bioinformatics, Numéro 7, 2025, ISSN 2631-9268
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nargab/lqae190

Optical genome and epigenome mapping of clear cell renal cell carcinoma

Auteurs: Sapir Margalit, Zuzana Tulpová, Yael Michaeli, Tahir Detinis Zur, Jasline Deek, Sivan Louzoun-Zada, Gil Nifker, Assaf Grunwald, Yuval Scher, Leonie Schütz, Elmar Weinhold, Yehudit Gnatek, Dorit Omer, Benjamin Dekel, Eitan Friedman, Yuval Ebenstein
Publié dans: NAR Cancer, Numéro 7, 2025, ISSN 2632-8674
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/narcan/zcaf008

Long reads capture simultaneous enhancer-promoter methylation status for cell-type deconvolution

Auteurs: Sapir Margalit, Yotam Abramson, Hila Sharim, Zohar Manber, Surajit Bhattacharya, Yi-Wen Chen, Eric Vilain, Hayk Barseghyan, Ran Elkon, Roded Sharan, Yuval Ebenstein
Publié dans: Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab306

Single-molecule toxicogenomics: Optical genome mapping of DNA-damage in nanochannel arrays

Auteurs: Tahir Detinis Zur, Sapir Margalit, Jonathan Jeffet, Assaf Grunwald, Sivan Fishman, Zuzana Tulpová, Yael Michaeli, Jasline Deek, Yuval Ebenstein
Publié dans: DNA Repair, Numéro 146, 2025, Page(s) 103808, ISSN 1568-7864
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2025.103808

Chemo-Enzymatic Fluorescence Labeling Of Genomic DNA For Simultaneous Detection Of Global 5-Methylcytosine And 5-Hydroxymethylcytosine

Auteurs: Sigal Avraham, Dr. Leonie Schütz, Dr. Larissa Käver, Dr. Andreas Dankers, Sapir Margalit, Dr. Yael Michaeli, Dr. Shahar Zirkin, Dr. Dmitry Torchinsky, Dr. Noa Gilat, Omer Bahr, Gil Nifker, Prof. Maya Koren-Michowitz, Prof. Elmar Weinhold, Prof. Yuval Ebenstein
Publié dans: ChemBioChem, 2023, Page(s) e202300400, ISSN 1439-7633
Éditeur: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/cbic.202300400

Machine-Learning-Based Single-Molecule Quantification of Circulating MicroRNA Mixtures

Auteurs: Jonathan Jeffet; Sayan Mondal; Amit Federbush; Nadav Tenenboim; Miriam Neaman; Jasline Deek; Yuval Ebenstein; Yohai Bar-Sinai
Publié dans: Crossref, Numéro 1, 2023, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssensors.3c01234

Chemoenzymatic labeling of DNA methylation patterns for single-molecule epigenetic mapping

Auteurs: Tslil Gabrieli, Yael Michaeli, Sigal Avraham, Dmitry Torchinsky, Sapir Margalit, Leonie Schutz, Matyas Juhasz, Ceyda Coruh, Nissim Arbib, Zhaohui Sunny Zhou, Julie A. Law, Elmar Weinhold and Yuval Ebenstein
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2022, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac460

Single-molecule optical genome mapping in nanochannels: multidisciplinarity at the nanoscale

Auteurs: Jonathan Jeffet, Sapir Margalit, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein
Publié dans: Essays in Biochemistry, Numéro 65/1, 2021, Page(s) 51-66, ISSN 0071-1365
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20200021

Effective training of nanopore callers for epigenetic marks with limited labelled data

Auteurs: Brian Yao, Chloe Hsu, Gal Goldner, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein and Jennifer Listgarten
Publié dans: Open Biology, 2024, ISSN 2046-2441
Éditeur: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.230449

DeepQR: single-molecule QR codes for optical gene-expression analysis

Auteurs: Jonathan Jeffet, Barak Hadad, Sahar Froim, Kawsar Kaboub, Keren M. Rabinowitz, Jasline Deek, Sapir Margalit, Iris Dotan, Alon Bahabad, Yuval Ebenstein
Publié dans: Nanophotonics, 2024, ISSN 2192-8606
Éditeur: Walter de Gruyter GmbH
DOI: 10.1515/nanoph-2024-0236

Single-molecule approaches for DNA damage detection and repair: A focus on Repair Assisted Damage Detection (RADD)

Auteurs: Tahir Detinis Zur; Jasline Deek; Yuval Ebenstein
Publié dans: Crossref, Numéro 3, 2023, ISSN 1568-7864
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103533

Other (3)

A Spectral Image Scanning Microscope for Multi-Color High-Resolution Imaging

Auteurs: Lanna Bram, Ofir Tal-Friedman, Neta Fibeesh, Yohai Bar-Sinai, Eli Flaxer, Yael Roichman, Uri Ashery, Yuval Ebenstein, Jonathan Jeffet
Publié dans: 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.05.14.653993

Write and read: Harnessing Synthetic DNA Modifications for Nanopore Sequencing

Auteurs: Uri Bertocchi, Assaf Grunwald, Gal Goldner, Eliran Eitan, Sigal Avraham, Jasline Deek, Yael Michaeli, Brian Yao, Jennifer Listgarten, Jared T. Simpson, Winston Timp, Yuval Ebenstein
Publié dans: 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.04.14.648727

Nanopore callers for epigenetics from limited supervised data

Auteurs: Yao B; Chloe Ching-Yun Hsu; Goldner G; Yael Michaeli; Yuval Ebenstein; Jennifer Listgarten
Publié dans: Numéro 1, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.06.17.448800

Droits de propriété intellectuelle

Patent (1)

DETECTION OF BASE MODIFICATIONS BY ENHANCING ELECTRICAL CONTRAST IN NANOPORES

Numéro de demande/publication: 20 23050792
Date: 2023-07-31
Demandeur(s): TEL AVIV UNIVERSITY