Exploring the Epigenome by Multiplexed Physical Mapping of Individual Chromosomes

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Veröffentlichungen

Dam Assisted Fluorescent Tagging of Chromatin Accessibility (DAFCA) for Optical Genome Mapping in Nanochannel Arrays

Autoren: Gil Nifker; Assaf Grunwald; Sapir Margalit; Zuzana Tulpova; Yael Michaeli; Hagai Har-Gil; Noy Maimon; Elad Roichman; Leonie Schütz; Elmar Weinhold; Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: ACS nano 17(10), 9178-9187 (2023). doi:10.1021/acsnano.2c12755, Ausgabe 4, 2023, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c12755

Multimodal single-molecule microscopy with continuously controlled spectral resolution

Autoren: Jonathan Jeffet; Ariel Ionescu; Yael Michaeli; Dmitry Torchinsky; Eran Perlson; Timothy D. Craggs; Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2667-0747
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100013

From single-molecule to genome-wide mapping of DNA lesions: repair-assisted damage detection sequencing

Autoren: Noa Gilat, Dena Fridman, Hila Sharim, Sapir Margalit, Natalie R. Gassman, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Biophysical Reports, 2021, ISSN 2667-0747
Herausgeber: The Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100017

Long-read structural and epigenetic profiling of a kidney tumor-matched sample with nanopore sequencing and optical genome mapping

Autoren: Sapir Margalit, Zuzana Tulpová, Tahir Detinis Zur, Yael Michaeli, Jasline Deek, Gil Nifker, Rita Haldar, Yehudit Gnatek, Dorit Omer, Benjamin Dekel, Hagit Baris Feldman, Assaf Grunwald, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: NAR Genomics and Bioinformatics, Ausgabe 7, 2025, ISSN 2631-9268
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nargab/lqae190

Optical genome and epigenome mapping of clear cell renal cell carcinoma

Autoren: Sapir Margalit, Zuzana Tulpová, Yael Michaeli, Tahir Detinis Zur, Jasline Deek, Sivan Louzoun-Zada, Gil Nifker, Assaf Grunwald, Yuval Scher, Leonie Schütz, Elmar Weinhold, Yehudit Gnatek, Dorit Omer, Benjamin Dekel, Eitan Friedman, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: NAR Cancer, Ausgabe 7, 2025, ISSN 2632-8674
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/narcan/zcaf008

Long reads capture simultaneous enhancer-promoter methylation status for cell-type deconvolution

Autoren: Sapir Margalit, Yotam Abramson, Hila Sharim, Zohar Manber, Surajit Bhattacharya, Yi-Wen Chen, Eric Vilain, Hayk Barseghyan, Ran Elkon, Roded Sharan, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab306

Single-molecule toxicogenomics: Optical genome mapping of DNA-damage in nanochannel arrays

Autoren: Tahir Detinis Zur, Sapir Margalit, Jonathan Jeffet, Assaf Grunwald, Sivan Fishman, Zuzana Tulpová, Yael Michaeli, Jasline Deek, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: DNA Repair, Ausgabe 146, 2025, Seite(n) 103808, ISSN 1568-7864
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2025.103808

Chemo-Enzymatic Fluorescence Labeling Of Genomic DNA For Simultaneous Detection Of Global 5-Methylcytosine And 5-Hydroxymethylcytosine

Autoren: Sigal Avraham, Dr. Leonie Schütz, Dr. Larissa Käver, Dr. Andreas Dankers, Sapir Margalit, Dr. Yael Michaeli, Dr. Shahar Zirkin, Dr. Dmitry Torchinsky, Dr. Noa Gilat, Omer Bahr, Gil Nifker, Prof. Maya Koren-Michowitz, Prof. Elmar Weinhold, Prof. Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: ChemBioChem, 2023, Seite(n) e202300400, ISSN 1439-7633
Herausgeber: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/cbic.202300400

Machine-Learning-Based Single-Molecule Quantification of Circulating MicroRNA Mixtures

Autoren: Jonathan Jeffet; Sayan Mondal; Amit Federbush; Nadav Tenenboim; Miriam Neaman; Jasline Deek; Yuval Ebenstein; Yohai Bar-Sinai
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2023, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssensors.3c01234

Chemoenzymatic labeling of DNA methylation patterns for single-molecule epigenetic mapping

Autoren: Tslil Gabrieli, Yael Michaeli, Sigal Avraham, Dmitry Torchinsky, Sapir Margalit, Leonie Schutz, Matyas Juhasz, Ceyda Coruh, Nissim Arbib, Zhaohui Sunny Zhou, Julie A. Law, Elmar Weinhold and Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2022, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac460

Single-molecule optical genome mapping in nanochannels: multidisciplinarity at the nanoscale

Autoren: Jonathan Jeffet, Sapir Margalit, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Essays in Biochemistry, Ausgabe 65/1, 2021, Seite(n) 51-66, ISSN 0071-1365
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/ebc20200021

Effective training of nanopore callers for epigenetic marks with limited labelled data

Autoren: Brian Yao, Chloe Hsu, Gal Goldner, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein and Jennifer Listgarten
Veröffentlicht in: Open Biology, 2024, ISSN 2046-2441
Herausgeber: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.230449

DeepQR: single-molecule QR codes for optical gene-expression analysis

Autoren: Jonathan Jeffet, Barak Hadad, Sahar Froim, Kawsar Kaboub, Keren M. Rabinowitz, Jasline Deek, Sapir Margalit, Iris Dotan, Alon Bahabad, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Nanophotonics, 2024, ISSN 2192-8606
Herausgeber: Walter de Gruyter GmbH
DOI: 10.1515/nanoph-2024-0236

Single-molecule approaches for DNA damage detection and repair: A focus on Repair Assisted Damage Detection (RADD)

Autoren: Tahir Detinis Zur; Jasline Deek; Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 3, 2023, ISSN 1568-7864
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2023.103533

Nanopore callers for epigenetics from limited supervised data

Autoren: Yao B; Chloe Ching-Yun Hsu; Goldner G; Yael Michaeli; Yuval Ebenstein; Jennifer Listgarten
Veröffentlicht in: Ausgabe 1, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.06.17.448800

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