Leistungen
Definition of the incubation plan, description of its components and implementation strategy. Software documentation and usage summary. Best practice for documentation, regression tests, benchmarking, etc.
Second Report on Fast Track ApplicationsSecond report on research outcomes from fast track applications including a first best practices section to help external users of the underlying codes to quickly set up their own applications eg in the context of task 24
Dissemination Action PlanA detailed and comprehensive report on the dissemination actions that will be carried out by the project.
Intermediate Report on VVUQ, Exemplar Research Integration and Community ApplicationsThis report will describe the results of VVUQ technique application in Task 25 and the exemplar integration research as well as review achievements with community application codes
CompBioMed2 Compute and Data Services Strategic PlanThis deliverable will define of the strategies for the design of services portfolio and the operational service processes needed for the maintenance and delivery of CompBioMed compute and data services.
First Report on VVUQ Strategies and Community Application CodesThis report will describe the VVUQ strategies and techniques developed in Task 25 and review the community application codes with best prospects for parallelisation and deployment by Task 24
Project HandbookWP1 will produce a project handbook outlining the project’s procedures, legal obligations and reporting processes, to assist each partner.
First Report on Fast Track Application ReadinessReport on the applications and research being undertaken within the CompBioMed2 environment based on the initial, Fast Track deployment.
Report on Dissemination and InnovationA report on dissemination and innovation activities produced by the project at the midterm point
Quality Assurance PlanTo manage the project’s quality control process, a Quality Assurance Plan will be created to assist internal reviewers in monitoring all deliverables before they are finalised and submitted to the Commission. The deliverable will also contain a detailed risk analysis and contingency planning.
Report on Establishment of the Community EngagementA report on the report on the establishment of the users’ engagement portal and of the HPC-M community of practice.
Ethics ReportThis report will be initiated in M6 and maintained as a running log of the types of data used in CompBioMed2. The report will keep detailed information on the procedures for data collection, storage, protection, retention, and destruction, and confirmation that they comply with national and EU legislation.
Advanced Report on Biomedical ApplicationsTechnical report on results of code improvement focussing on robustness efficiency usability etc Report on software incubation
Report on Maintenance and Development of CompBioMed Computational ServicesThis report will describe the status of the CompBioMed service portfolio at the halfway point of the project lifetime For each of the identified services we will provide a technical description of its components access mechanism used and einfrastructure usage
Analytics Requirements AnalysisThis report will assess the potential for applying analytics techniques to CompBioMed2 project data
Innovation PlanA detailed innovation plan, to be adhered to by all members of the consortium, to promote the innovation and commercialisation aspects of this project.
Task 3.1 will produce an initial Data Management Plan for the project. This will be updated over the course of the project as its needs evolve.
Veröffentlichungen
Autoren:
Zainab Altai, Marco Viceconti, Amaka C. Offiah, Xinshan Li
Veröffentlicht in:
Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, Ausgabe 17/4, 2018, Seite(n) 1001-1009, ISSN 1617-7959
Herausgeber:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s10237-018-1008-9
Autoren:
Brooke E. Husic, Nicholas E. Charron, Dominik Lemm, Jiang Wang, Adrià Pérez, Maciej Majewski, Andreas Krämer, Yaoyi Chen, Simon Olsson, Gianni de Fabritiis, Frank Noé, Cecilia Clementi
Veröffentlicht in:
The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 153/19, 2020, Seite(n) 194101, ISSN 0021-9606
Herausgeber:
American Institute of Physics
DOI:
10.1063/5.0026133
Autoren:
Alfonso Santiago, Miguel Zavala-Aké, Ricard Borrell, Guillaume Houzeaux, Mariano Vázquez
Veröffentlicht in:
Journal of Fluids and Structures, Ausgabe 96, 2020, Seite(n) 103009, ISSN 0889-9746
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.jfluidstructs.2020.103009
Autoren:
Shunzhou Wan, Robert C. Sinclair, Peter V. Coveney
Veröffentlicht in:
Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, Ausgabe 379/2197, 2021, ISSN 1364-503X
Herausgeber:
Royal Society of London
DOI:
10.1098/rsta.2020.0082
Autoren:
P. S. Zun, A. J. Narracott, P. C. Evans, B. J. M. van Rooij, A. G. Hoekstra
Veröffentlicht in:
Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, Ausgabe 19/2, 2020, Seite(n) 681-692, ISSN 1617-7959
Herausgeber:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s10237-019-01239-w
Autoren:
P. S. Zun, A. J. Narracott, C. Chiastra, J. Gunn, A. G. Hoekstra
Veröffentlicht in:
Cardiovascular Engineering and Technology, Ausgabe 10/4, 2019, Seite(n) 568-582, ISSN 1869-408X
Herausgeber:
Springer Pub. Co.,
DOI:
10.1007/s13239-019-00431-4
Autoren:
Ivan Benemerito, Erica Montefiori, Alberto Marzo and Claudia Mazzà
Veröffentlicht in:
Applied Sciences, 2022, ISSN 2076-3417
Herausgeber:
MDPI
DOI:
10.3390/app122412932
Autoren:
C. Winsor, X. Li, M. Qasim, C.R. Henak, P.J. Pickhardt, H. Ploeg, M. Viceconti
Veröffentlicht in:
Bone, Ausgabe 143, 2021, Seite(n) 115759, ISSN 8756-3282
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.bone.2020.115759
Autoren:
David W. Wright, Fouad Husseini, Shunzhou Wan, Christophe Meyer, Herman van Vlijmen, Gary Tresadern, Peter V. Coveney
Veröffentlicht in:
Advanced Theory and Simulations, Ausgabe 3/1, 2019, Seite(n) 1900194, ISSN 2513-0390
Herausgeber:
John Wiley & Sons
DOI:
10.1002/adts.201900194
Autoren:
Vytautas Gapsys, Laura Pérez-Benito, Matteo Aldeghi, Daniel Seeliger, Herman van Vlijmen, Gary Tresadern, Bert L. de Groot
Veröffentlicht in:
Chemical Science, Ausgabe 11/4, 2020, Seite(n) 1140-1152, ISSN 2041-6520
Herausgeber:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/c9sc03754c
Autoren:
Hector Martinez-Navarro, Ana Mincholé, Alfonso Bueno-Orovio, Blanca Rodriguez
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-019-53221-2
Autoren:
Alejandro Varela-Rial, Maciej Majewski, Alberto Cuzzolin, Gerard Martínez-Rosell, Gianni De Fabritiis
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 60/6, 2020, Seite(n) 2673-2677, ISSN 1549-9596
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jcim.0c00143
Autoren:
Christos Kotsalos, Jonas Latt, Bastien Chopard
Veröffentlicht in:
Journal of Computational Physics, Ausgabe 398, 2019, Seite(n) 108905, ISSN 0021-9991
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.jcp.2019.108905
Autoren:
Britt J. M. van Rooij, Gábor Závodszky, Alfons G. Hoekstra, David N. Ku
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-020-74518-7
Autoren:
Alexander Heifetz, Inaki Morao, M. Madan Babu, Tim James, Michelle W. Y. Southey, Dmitri G. Fedorov, Matteo Aldeghi, Michael J. Bodkin, Andrea Townsend-Nicholson
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 16/4, 2020, Seite(n) 2814-2824, ISSN 1549-9618
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jctc.9b01136
Autoren:
Stefan Doerr, Maciej Majewski, Adrià Pérez, Andreas Krämer, Cecilia Clementi, Frank Noe, Toni Giorgino, Gianni De Fabritiis
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 17/4, 2021, Seite(n) 2355-2363, ISSN 1549-9618
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jctc.0c01343
Autoren:
F. Levrero-Florencio, F. Margara, E. Zacur, A. Bueno-Orovio, Z.J. Wang, A. Santiago, J. Aguado-Sierra, G. Houzeaux, V. Grau, D. Kay, M. Vázquez, R. Ruiz-Baier, B. Rodriguez
Veröffentlicht in:
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Ausgabe 361, 2020, Seite(n) 112762, ISSN 0045-7825
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.cma.2019.112762
Autoren:
R. Pons, A. Guala, J. F. Rodríguez-Palomares, J. C. Cajas, L. Dux-Santoy, G. Teixidó-Tura, J. J. Molins, M. Vázquez, A. Evangelista, J. Martorell
Veröffentlicht in:
Royal Society Open Science, Ausgabe 7/2, 2020, Seite(n) 191752, ISSN 2054-5703
Herausgeber:
Royal Society Publishing
DOI:
10.1098/rsos.191752
Autoren:
Sharp Chim Yui Lo, J. W. S. McCullough, P. V. Coveney
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-022-21923-9
Autoren:
José Jiménez-Luna, Laura Pérez-Benito, Gerard Martínez-Rosell, Simone Sciabola, Rubben Torella, Gary Tresadern, Gianni De Fabritiis
Veröffentlicht in:
Chemical Science, Ausgabe 10/47, 2019, Seite(n) 10911-10918, ISSN 2041-6520
Herausgeber:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/c9sc04606b
Autoren:
Adrià Pérez, Pablo Herrera-Nieto, Stefan Doerr, Gianni De Fabritiis
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 16/7, 2020, Seite(n) 4685-4693, ISSN 1549-9618
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jctc.0c00205#
Autoren:
Mark Taylor, Marco Viceconti, Pinaki Bhattacharya, Xinshan Li
Veröffentlicht in:
Journal of the Mechanical Behavior of Biomedical Materials, Ausgabe 118, 2021, Seite(n) 104434, ISSN 1751-6161
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.jmbbm.2021.104434
Autoren:
Andrea Townsend-Nicholson, Nojood Altwaijry, Andrew Potterton, Inaki Morao, Alexander Heifetz
Veröffentlicht in:
Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 55, 2019, Seite(n) 178-184, ISSN 0959-440X
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.sbi.2019.04.005
Autoren:
Andrew Potterton, Fouad S. Husseini, Michelle W. Y. Southey, Mike J. Bodkin, Alexander Heifetz, Peter V. Coveney, Andrea Townsend-Nicholson
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 15/5, 2019, Seite(n) 3316-3330, ISSN 1549-9618
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jctc.8b01270
Autoren:
Mateusz K. Bieniek, Agastya P. Bhati, Shunzhou Wan, Peter V. Coveney
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 17/2, 2021, Seite(n) 1250-1265, ISSN 1549-9618
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jctc.0c01179
Autoren:
Karim Zouaoui Boudjeltia, Christos Kotsalos, Daniel Ribeiro Sousa, Alexandre Rousseau, Christophe Lelubre, Olivier Sartenaer, Michael Piagnerelli, Jérôme Dohet‐Eraly, Frank Dubois, Nicole Tasiaux, Bastien Chopard, Alain Van Meerhaeghe
Veröffentlicht in:
Annals of the New York Academy of Sciences, Ausgabe 1485/1, 2021, Seite(n) 71-82, ISSN 0077-8923
Herausgeber:
New York Academy of Sciences
DOI:
10.1111/nyas.14489
Autoren:
Alexander Heifetz, Tim James, Michelle Southey, Inaki Morao, Matteo Aldeghi, Laurie Sarrat, Dmitri G Fedorov, Mike J Bodkin, Andrea Townsend-Nicholson
Veröffentlicht in:
Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 55, 2019, Seite(n) 85-92, ISSN 0959-440X
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.sbi.2019.03.021
Autoren:
Alexander Gheorghiu, Peter V. Coveney, Alya A. Arabi
Veröffentlicht in:
Physical Chemistry Chemical Physics, Ausgabe 23/10, 2021, Seite(n) 6252-6265, ISSN 1463-9076
Herausgeber:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d0cp06218a
Autoren:
Pablo Herrera-Nieto, Adrià Pérez, Gianni De Fabritiis
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 60/10, 2020, Seite(n) 5003-5010, ISSN 1549-9596
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jcim.0c00381
Autoren:
Z. Altai, M. Viceconti, X. Li, A.C. Offiah
Veröffentlicht in:
Clinical Radiology, Ausgabe 75/1, 2020, Seite(n) 78.e9-78.e16, ISSN 0009-9260
Herausgeber:
W. B. Saunders Co., Ltd.
DOI:
10.1016/j.crad.2019.08.026
Autoren:
Andrea Townsend-Nicholson
Veröffentlicht in:
Interface Focus, Ausgabe 10/6, 2020, Seite(n) 20200003, ISSN 2042-8898
Herausgeber:
Royal Society Publishing
DOI:
10.1098/rsfs.2020.0003
Autoren:
D. Nepal, S Kang, K. M. Adstedt, K. Kanhaiya, M. R. Bockstaller, L. C. Brinson, M. J. Buehler, P. V. Coveney, K. Dayal, J. A. El-Awady, L. C. Henderson, D. L. Kaplan, S. Keten, N. A. Kotov, G. C. Schatz, S. Vignolini, F. Vollrath, Y. Wang, B. I. Yakobson, V. V. Tsukruk, H. Heinz
Veröffentlicht in:
Nature Materials, 2022, ISSN 1476-4660
Herausgeber:
Nature
DOI:
10.1038/s41563-022-01384-1
Autoren:
Shunzhou Wan, Gary Tresadern, Laura Pérez‐Benito, Herman Vlijmen, Peter V. Coveney
Veröffentlicht in:
Advanced Theory and Simulations, Ausgabe 3/1, 2019, Seite(n) 1900195, ISSN 2513-0390
Herausgeber:
John Wiley & Sons
DOI:
10.1002/adts.201900195
Autoren:
S. Wan, A. Bhati, D. Wright, I. Wall, A. Graves, D. Green, P. V. Coveney
Veröffentlicht in:
J. Chem. Inf. Model., 2022, ISSN 1549-960X
Herausgeber:
ACS
DOI:
10.1021/acs.jcim.2c00255
Autoren:
Peter V. Coveney, Roger R. Highfield
Veröffentlicht in:
Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, Ausgabe 379/2197, 2021, ISSN 1364-503X
Herausgeber:
Royal Society of London
DOI:
10.1098/rsta.2020.0067
Autoren:
Marco Viceconti, Muhammad Qasim, Pinaki Bhattacharya, Xinshan Li
Veröffentlicht in:
Current Osteoporosis Reports, Ausgabe 16/3, 2018, Seite(n) 216-223, ISSN 1544-1873
Herausgeber:
Current Science Inc.
DOI:
10.1007/s11914-018-0438-8
Autoren:
D. Groen, H. Arabnejad, D. Suleimenova, W. Edeling, E. Raffin, Y. Xue, K. Bronik, N. Monnier, P. V. Coveney
Veröffentlicht in:
Computer Physics Communications, 2022, ISSN 0010-4655
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.cpc.2022.108596
Autoren:
Zainab Altai, Muhammad Qasim, Xinshan Li, Marco Viceconti
Veröffentlicht in:
Clinical Biomechanics, Ausgabe 68, 2019, Seite(n) 137-143, ISSN 0268-0033
Herausgeber:
Pergamon Press Ltd.
DOI:
10.1016/j.clinbiomech.2019.06.004
Autoren:
Sha Li, Bastien Chopard, Jonas Latt
Veröffentlicht in:
Journal of Computational Science, Ausgabe 38, 2019, Seite(n) 101045, ISSN 1877-7503
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.jocs.2019.101045
Autoren:
Peter V. Coveney, Roger R. Highfield
Veröffentlicht in:
Journal of Computational Science, Ausgabe 46, 2020, Seite(n) 101093, ISSN 1877-7503
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.jocs.2020.101093
Autoren:
B. J. M. van Rooij, G. Závodszky, A. G. Hoekstra, D. N. Ku
Veröffentlicht in:
Interface Focus, Ausgabe 11/1, 2021, Seite(n) 20190126, ISSN 2042-8898
Herausgeber:
Royal Society Publishing
DOI:
10.1098/rsfs.2019.0126
Autoren:
Zainab Altai, Erica Montefiori, Bart van Veen, Margaret A. Paggiosi, Eugene V. McCloskey, Marco Viceconti, Claudia Mazzà, Xinshan Li
Veröffentlicht in:
PLOS ONE, Ausgabe 16/2, 2021, Seite(n) e0245121, ISSN 1932-6203
Herausgeber:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pone.0245121
Autoren:
Philip W. Fowler
Veröffentlicht in:
Interface Focus, Ausgabe 10/6, 2020, Seite(n) 20190141, ISSN 2042-8898
Herausgeber:
Royal Society Publishing
DOI:
10.1098/rsfs.2019.0141
Autoren:
J. W. S. McCullough, R. A. Richardson, A. Patronis, R. Halver, R. Marshall, M. Ruefenacht, B. J. N. Wylie, T. Odaker, M. Wiedemann, B. Lloyd, E. Neufeld, G. Sutmann, A. Skjellum, D. Kranzlmüller, P. V. Coveney
Veröffentlicht in:
Interface Focus, Ausgabe 11/1, 2021, Seite(n) 20190119, ISSN 2042-8898
Herausgeber:
Royal Society Publishing
DOI:
10.1098/rsfs.2019.0119
Autoren:
Shunzhou Wan, Andrew Potterton, Fouad S. Husseini, David W. Wright, Alexander Heifetz, Maciej Malawski, Andrea Townsend-Nicholson, Peter V. Coveney
Veröffentlicht in:
Interface Focus, Ausgabe 10/6, 2020, Seite(n) 20190128, ISSN 2042-8898
Herausgeber:
Royal Society Publishing
DOI:
10.1098/rsfs.2019.0128
Autoren:
Benjamin Csippa, Dániel Gyürki, Gábor Závodszky, István Szikora, György Paál
Veröffentlicht in:
Cardiovascular Engineering and Technology, Ausgabe 11/1, 2020, Seite(n) 1-13, ISSN 1869-408X
Herausgeber:
Springer Pub. Co.,
DOI:
10.1007/s13239-019-00445-y
Autoren:
Pablo Herrera-Nieto, Adrià Pérez, Gianni De Fabritiis
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-020-69322-2
Autoren:
Benjamin Czaja, Mario Gutierrez, Gábor Závodszky, David de Kanter, Alfons Hoekstra, Omolola Eniola-Adefeso
Veröffentlicht in:
PLOS Computational Biology, Ausgabe 16/3, 2020, Seite(n) e1007716, ISSN 1553-7358
Herausgeber:
PLOS
DOI:
10.1371/journal.pcbi.1007716
Autoren:
Christos Kotsalos, Jonas Latt, Joel Beny, Bastien Chopard
Veröffentlicht in:
Interface Focus, Ausgabe 11/1, 2021, Seite(n) 20190116, ISSN 2042-8898
Herausgeber:
Royal Society Publishing
DOI:
10.1098/rsfs.2019.0116
Autoren:
A. Wade, A. P. Bhati, S. Wan, P. V. Coveney
Veröffentlicht in:
J. Chem. Theory Comput, 2022, ISSN 1549-9626
Herausgeber:
ACS
DOI:
10.1021/acs.jctc.2c00114
Autoren:
B. J. M. van Rooij, G. Závodszky, V. W. Azizi Tarksalooyeh, A. G. Hoekstra
Veröffentlicht in:
Journal of The Royal Society Interface, Ausgabe 16/159, 2019, Seite(n) 20190148, ISSN 1742-5689
Herausgeber:
The Royal Society
DOI:
10.1098/rsif.2019.0148
Autoren:
Benjamin Czaja, Gábor Závodszky, Alfons Hoekstra
Veröffentlicht in:
Computational Science – ICCS 2020 - 20th International Conference, Amsterdam, The Netherlands, June 3–5, 2020, Proceedings, Part VI, Ausgabe 12142, 2020, Seite(n) 403-409, ISBN 978-3-030-50432-8
Herausgeber:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-50433-5_31
Autoren:
Alexander Heifetz, Andrea Townsend-Nicholson
Veröffentlicht in:
Quantum Mechanics in Drug Discovery, Ausgabe 2114, 2020, Seite(n) 177-186, ISBN 978-1-0716-0281-2
Herausgeber:
Springer US
DOI:
10.1007/978-1-0716-0282-9_12
Autoren:
Alexander Heifetz, Tim James, Michelle Southey, Inaki Morao, Dmitri G. Fedorov, Mike J. Bodkin, Andrea Townsend-Nicholson
Veröffentlicht in:
Quantum Mechanics in Drug Discovery, Ausgabe 2114, 2020, Seite(n) 163-175, ISBN 978-1-0716-0281-2
Herausgeber:
Springer US
DOI:
10.1007/978-1-0716-0282-9_11
Autoren:
Alexander Heifetz, Vladimir Sladek, Andrea Townsend-Nicholson, Dmitri G. Fedorov
Veröffentlicht in:
Quantum Mechanics in Drug Discovery, Ausgabe 2114, 2020, Seite(n) 187-205, ISBN 978-1-0716-0281-2
Herausgeber:
Springer US
DOI:
10.1007/978-1-0716-0282-9_13
Autoren:
Matthew Habgood, Tim James, Alexander Heifetz
Veröffentlicht in:
Quantum Mechanics in Drug Discovery, Ausgabe 2114, 2020, Seite(n) 207-229, ISBN 978-1-0716-0281-2
Herausgeber:
Springer US
DOI:
10.1007/978-1-0716-0282-9_14
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