Projektbeschreibung
Mechanistische Erkenntnisse zur Funktion kleiner RNA
Nichtkodierende RNA ist gewöhnliche RNA, die keine Proteine kodiert, aber an der Regulierung der Genexpression beteiligt ist. Dazu gehört kleine RNA: Transkripte mit einer Länge von unter 200 Nukleotiden, bei denen bisher angenommen wurde, dass sie auf posttranskriptioneller Ebene agieren. Hauptziel des EU-finanzierten Projektes RegRNA ist es, den Mechanismus zu entschlüsseln, durch den kleine RNA funktionieren und Ziel-RNA stören. Die Basenpaarung wurde als Hauptmechanismus vorgeschlagen, doch es gibt keine konkreten Nachweise dafür, dass kleine RNA aufgrund von Transkripten agiert. Die Projektergebnisse werden bisher ungeahnte Informationen zur kleinen RNA offenlegen, die enorme Auswirkungen auf das Verständnis der Regulierung der Genexpression haben werden.
Ziel
Small RNAs (sRNAs) are major regulators of gene expression in bacteria, exerting their regulation in trans by base pairing with target RNAs. Traditionally, sRNAs were considered post-transcriptional regulators, mainly regulating translation by blocking or exposing the ribosome binding site. However, accumulating evidence suggest that sRNAs can exploit the base pairing to manipulate their targets in different ways, assisting or interfering with various molecular processes involving the target RNA. Currently there are a few examples of these alternative regulation modes, but their extent and implications in the cellular circuitry have not been assessed. Here we propose to take advantage of the power of RNA-seq-based technologies to develop innovative approaches to address these challenges transcriptome-wide. These approaches will enable us to map the regulatory mechanism a sRNA employs per target through its effect on a certain molecular process. For feasibility we propose studying three processes: RNA cleavage by RNase E, pre-mature Rho-dependent transcription termination, and transcription elongation pausing. Finding targets regulated by sRNA manipulation of the two latter processes would be especially intriguing, as it would suggest that sRNAs can function as gene-specific transcription regulators (alluded to by our preliminary results). As a basis of our research we will use the network of ~2400 sRNA-target pairs in Escherichia coli, deciphered by RIL-seq (a method we recently developed for global in vivo detection of sRNA targets). Revealing the regulatory mechanism(s) employed per target will shed light on the principles underlying the integration of distinct sRNA regulation modes in specific regulatory circuits and cellular contexts, with direct implications to synthetic biology and pathogenic bacteria. Our study may change the way sRNAs are perceived, from post-transcriptional to versatile regulators that apply different regulation modes to different targets.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenMikrobiologieBakteriologie
- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenGenetikRNS
Sie müssen sich anmelden oder registrieren, um diese Funktion zu nutzen
Wir bitten um Entschuldigung ... während der Ausführung ist ein unerwarteter Fehler aufgetreten.
Sie müssen sich authentifizieren. Ihre Sitzung ist möglicherweise abgelaufen.
Vielen Dank für Ihr Feedback. Sie erhalten in Kürze eine E-Mail zur Übermittlungsbestätigung. Wenn Sie sich für eine Benachrichtigung über den Berichtsstatus entschieden haben, werden Sie auch im Falle einer Änderung des Berichtsstatus benachrichtigt.
Schlüsselbegriffe
Programm/Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
(öffnet in neuem Fenster) ERC-2018-ADG
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigenFinanzierungsplan
ERC-ADG -Gastgebende Einrichtung
91904 Jerusalem
Israel