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Compartmentalized DNA Computers for In-Vitro Diagnostic Applications

Projektbeschreibung

MicroRNA-basierte Diagnostik mithilfe von DNA-Computern

Veränderungen der microRNA-Spiegel stehen in Zusammenhang mit Erkrankungen des Menschen, und die Überwachung dieser Spiegel ermöglicht die Diagnostik und die Beurteilung der therapeutischen Wirksamkeit von Medikamenten. DNA-Computer sind eine aufstrebende Technologie, bei der DNA-Hardware sowie biochemische und molekularbiologische Hardware anstatt herkömmlicher siliziumbasierter Technologien angewendet werden. Das Ziel des EU-finanzierten Projekts DNACom ist es, einen Konzeptnachweis für die kompartimentierten DNA-Computer zur molekularen In-vitro-Diagnostik zu erbringen und die kommerzielle Anwendbarkeit der kompartimentierten DNA-Schaltkreise als patientennahe Geräte für die Bestimmung und Klassifikation von microRNA-Signaturen zu bewerten. Die Forschungsgruppe wird dazu die von den Partnern entwickelten kompartimentierten DNA-basierten Molekularcomputer innerhalb semipermeabler Mikrokompartimente aus Rinderserumalbumin-Polymer-Konjugaten nutzen. Mithilfe der Plattform können DNA- und RNA-Stränge verteilt erfasst und verarbeitet werden.

Ziel

Changes in human microRNA (miRNA) levels are associated with several important human diseases. Monitoring changes in miRNA levels would enable clinicians to perform diagnosis and evaluate therapeutic efficacy of drugs. In principle, changes in a miRNA signature could be detected by existing methods such as quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR). However, the experimental complexity and computational analysis of the data prevents the measurements of miRNA signatures in a clinical setting. DNA-based molecular computers combine multiplex detection of DNA and RNA strands with molecular computation and are thus able to process and classify miRNA signatures into easy interpretable answers. In my ERC starting grant BioCircuit, we have made a technological breakthrough by compartmentalizing DNA-based molecular computers inside semipermeable micrometer-sized compartments made from a Bovine serum albumin (BSA) polymer conjugate. We have shown that compartmentalization of DNA circuits improves their speed by an order of magnitude and decreases their overall leakiness. Importantly, our work has revealed that this platform is capable of distributed sensing and processing of DNA and RNA strands.
In 'DNACom' we will 1) establish the technical proof of concept of compartmentalized DNA computers for in-vitro molecular diagnostics (IVDs) and 2) validate the commercial application of compartmentalized DNA circuits as low-cost, portable point-of-care devices for detection and classification of microRNA signatures.

Gastgebende Einrichtung

TECHNISCHE UNIVERSITEIT EINDHOVEN
Netto-EU-Beitrag
€ 149 770,00
Adresse
GROENE LOPER 3
5612 AE Eindhoven
Niederlande

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Region
Zuid-Nederland Noord-Brabant Zuidoost-Noord-Brabant
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
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Gesamtkosten
€ 149 770,00

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