Projektbeschreibung
Die Evolution der künstlichen Enzyme im Detail
Die gerichtete Evolution ist eine wirksame Methode beim Protein-Engineering, die eine der am weitesten verbreiteten Methoden der angewandten und Grundlagenbiologie darstellt. Das EU-finanzierte Projekt GuideArtifEvol wird die Sequenzierung vollständiger Gene der nächsten Generation einführen, um die Untersuchung von Varianten auf Sequenzebene zu kontrollieren und die Fitnesslandschaft quantitativ zu charakterisieren. Der Schwerpunkt liegt dabei auf nicht-additiven Effekten von Mutationen der Fitness (Epistase). Diese Informationen werden in die Protokolle für die gerichtete Evolution integriert, um eine effizientere Erkundung des Sequenzraumes anzuleiten. Das Projekt will das Verständnis der Topologie der Fitnesslandschaft von Enzymen und deren Störungen bei selektiven Belastungen vertiefen und die Korrelationen zwischen Sequenz, Funktion und Evolution in Proteinen erklären.
Ziel
Directed evolution is an effective method for protein engineering. The host laboratory is designing innovative techniques for the directed evolution experiments of enzymes, with the possibility to test millions or billions of variants to be tested at each cycle. In this project, I will introduce the use of full-gene next generation sequencing to supervise the exploration of variants at the sequence level and quantitatively characterize the fitness landscape, with a focus on non-additive effects of mutations into fitness (epistasis). Furthermore, this information will be included in DE protocols to guide a more efficient exploration of the sequence space.
The project is a strongly interdisciplinary project consisting of experimental synthetic biology, physics modelling and bioinformatics analysis. It is focused in the study of DNA processing enzymes such as polymerase and endonucleases. The proposal includes the development of specific tools which should have an immediate impact on the scientific community: i. extend the applications of next generation sequencers to characterize full length genetic libraries of protein variants ; ii. adapt quantitative methods, previously developed for sets of structurally homologous proteins and derived from Potts model to study the catalytic properties of during directed evolution. iii. develop a new experimental protocol to control the number of mutations in libraries.
The analysis will provide a better understanding of the topology of the fitness landscape of an enzyme, and its distortions under selective pressures, thereby clarifying the relations between sequence,function and evolution in proteins.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften synthetische Biologie
- Naturwissenschaften Mathematik reine Mathematik Topologie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Mutation
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften Katalyse
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Enzym
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
HAUPTPROGRAMM
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2018
Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigenKoordinator
Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
75231 Paris
Frankreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.