Descrizione del progetto
Uno sguardo più attento all’evoluzione di enzimi artificiali
L’evoluzione diretta è un metodo efficace per l’ingegneria delle proteine che rappresenta uno degli strumenti più diffusi nella biologia di base e applicata. Il progetto GuideArtifEvol, finanziato dall’UE, introdurrà il sequenziamento di nuova generazione dell’intero gene per supervisionare l’indagine delle varianti a livello di sequenza e caratterizzare quantitativamente il paesaggio adattivo, concentrandosi sugli effetti non additivi delle mutazioni sull’adattamento (epistasi). Queste informazioni saranno incluse nei protocolli di DE per condurre un’esplorazione più efficiente dello spazio di sequenza. Il progetto intende migliorare la comprensione della topologia del paesaggio adattivo dell’enzima e delle sue distorsioni in condizioni di pressioni selettive, nonché chiarire le correlazioni tra sequenza, funzione ed evoluzione nelle proteine.
Obiettivo
Directed evolution is an effective method for protein engineering. The host laboratory is designing innovative techniques for the directed evolution experiments of enzymes, with the possibility to test millions or billions of variants to be tested at each cycle. In this project, I will introduce the use of full-gene next generation sequencing to supervise the exploration of variants at the sequence level and quantitatively characterize the fitness landscape, with a focus on non-additive effects of mutations into fitness (epistasis). Furthermore, this information will be included in DE protocols to guide a more efficient exploration of the sequence space.
The project is a strongly interdisciplinary project consisting of experimental synthetic biology, physics modelling and bioinformatics analysis. It is focused in the study of DNA processing enzymes such as polymerase and endonucleases. The proposal includes the development of specific tools which should have an immediate impact on the scientific community: i. extend the applications of next generation sequencers to characterize full length genetic libraries of protein variants ; ii. adapt quantitative methods, previously developed for sets of structurally homologous proteins and derived from Potts model to study the catalytic properties of during directed evolution. iii. develop a new experimental protocol to control the number of mutations in libraries.
The analysis will provide a better understanding of the topology of the fitness landscape of an enzyme, and its distortions under selective pressures, thereby clarifying the relations between sequence,function and evolution in proteins.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biologia sintetica
- scienze naturali matematica matematica pura topologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica mutazione
- scienze naturali scienze chimiche catalisi
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2018
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
75231 Paris
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.