Description du projet
Un nouvel outil de liaison multi-ARN pour stimuler la recherche en biologie synthétique
D’une manière semblable au mécanisme de la clé et de la serrure, les protéines de liaison de l’ARN se lient à l’ARN sur un ou plusieurs domaines de liaison de l’ARN pour moduler l’expression génétique en altérant la maturation et la traduction de l’ARN. Des centaines de «clés» ont été découvertes au fil des ans et des études récentes en ont révélé davantage encore. Caractériser leurs interactions et leurs implications biologiques ultérieures est un vaste domaine de recherche qui devrait révéler des structures et des fonctions non identifiées auparavant pour de nombreuses applications. CARBP soutient cet effort avec un logiciel permettant de concevoir rapidement et intelligemment des domaines de liaison à l’ARN et de créer des bibliothèques d’ADN synthétique. Le logiciel fera partie d’une suite d’outils en ligne qui pourrait considérablement augmenter le taux de découverte, l’ampleur de la compréhension et l’utilité finale de nouvelles molécules impliquées dans l’expression génétique.
Objectif
DNA synthesis technology has greatly developed over recent years, serving a growing multi-billion synthetic DNA market. Synthetic DNA is used in projects that optimize reagents, chemicals, crops and other organisms, in projects seeking to increase the manufacturing efficiency for the above, as well as in studies of molecular regulation and other cellular processes. The latter is the focus of the MRG-GRammar H2020 FET project.
As the market and application range for synthetic DNA expand a need arises to test and quality control raw synthetic nucleic acids as well as products built upon such reagents. We have developed a prototype software tool for assessing quality parameters in synthetic DNA libraries and used it in several projects in the framework of MRG-GRammar
We propose to productize this prototype into a stable version that will be availed to a broader synthetic biology community. Our proposed product, CARBP, is a software system that enables design of RNA binding protein binding sites cassettes for various applications in biological imaging and synthetic biology. Requested funding will be used to improve usability and user interface, to expand the implementation of analysis and statistical tools, to produce a stable version available to the scientific community and to commercial entities and, finally, to investigate potential sustainable mechanisms for supporting continued service, including commercial or service models. CARBP will form part of a suite of interactive web-based tools whose purpose will be to accelerate the development of the nascent synthetic biology industry sector, by making advanced molecular technologies available to various users at a push of a button.
Champ scientifique
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesnucleic acids
- natural sciencesbiological sciencessynthetic biology
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNA
- natural sciencescomputer and information sciencessoftwaresoftware applicationssystem software
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteins
Programme(s)
Régime de financement
CSA - Coordination and support actionCoordinateur
32000 Haifa
Israël