Projektbeschreibung
Neues multi-RNS bindendes Tool bringt Forschung in synthetischer Biologie voran
RNS-bindende Proteine binden RNS – ähnlich wie ein Schlüssel in ein Schloss passt –, an einer oder mehreren RNS-bindenden Domänen, um die Genexpression über Änderung der RNS-Verarbeitung und Translation zu modulieren. Hunderte solcher „Schlüssel“ wurden über die Jahre entdeckt und aktuelle Studien haben sogar noch mehr von ihnen ans Licht gebracht. Ihre Wechselwirkung und die entsprechenden biologischen Folgen zu charakterisieren, ist ein riesiger Forschungsbereich, der mit Sicherheit bisher unbekannte Strukturen und Funktionen hervorbringen kann, für die es vielfältige Anwendungsmöglichkeiten gibt. CARBP unterstützt diese Arbeiten mit einer Software, die schnell und intelligent RNS-bindende Domänen gestalten und synthetische DNS-Bibliotheken erzeugen kann. Die Software gehört zu einem noch in Arbeit befindlichen Paket von internetbasierten Tools, welche die Häufigkeit von Neuentdeckungen, die Verständnistiefe und schließlich auch die Nützlichkeit neuer Moleküle, die an der Genexpression beteiligt sind, enorm steigern könnte.
Ziel
DNA synthesis technology has greatly developed over recent years, serving a growing multi-billion synthetic DNA market. Synthetic DNA is used in projects that optimize reagents, chemicals, crops and other organisms, in projects seeking to increase the manufacturing efficiency for the above, as well as in studies of molecular regulation and other cellular processes. The latter is the focus of the MRG-GRammar H2020 FET project.
As the market and application range for synthetic DNA expand a need arises to test and quality control raw synthetic nucleic acids as well as products built upon such reagents. We have developed a prototype software tool for assessing quality parameters in synthetic DNA libraries and used it in several projects in the framework of MRG-GRammar
We propose to productize this prototype into a stable version that will be availed to a broader synthetic biology community. Our proposed product, CARBP, is a software system that enables design of RNA binding protein binding sites cassettes for various applications in biological imaging and synthetic biology. Requested funding will be used to improve usability and user interface, to expand the implementation of analysis and statistical tools, to produce a stable version available to the scientific community and to commercial entities and, finally, to investigate potential sustainable mechanisms for supporting continued service, including commercial or service models. CARBP will form part of a suite of interactive web-based tools whose purpose will be to accelerate the development of the nascent synthetic biology industry sector, by making advanced molecular technologies available to various users at a push of a button.
Wissenschaftliches Gebiet
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesnucleic acids
- natural sciencesbiological sciencessynthetic biology
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNA
- natural sciencescomputer and information sciencessoftwaresoftware applicationssystem software
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteins
Programm/Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigenUnterauftrag
H2020-FETOPEN-2018-2019-2020-03
Finanzierungsplan
CSA - Coordination and support actionKoordinator
32000 Haifa
Israel