Descripción del proyecto
Una herramienta novedosa de unión a múltiples ARN potenciará la investigación en biología sintética
Al igual que una llave-cerradura, las proteínas de unión a ARN se unen al ARN en uno o más dominios de enlace para modular la expresión génica alterando el procesamiento y la traducción del ARN. Se han descubierto cientos de «llaves» a lo largo de los años y los estudios recientes han revelado incluso más. Caracterizar su interacción y las implicaciones biológicas posteriores es un área de investigación enorme que se espera que revele estructuras y funciones no identificadas anteriormente para numerosas aplicaciones. CARBP está respaldando este esfuerzo con «software» para diseñar rápida e inteligentemente los dominios de enlace de ARN y crear bibliotecas de ADN sintético. Dicho «software» se incluirá en un conjunto de herramientas basadas en la web que podría incrementar enormemente la tasa de descubrimientos, el grado de comprensión y la utilidad final de las moléculas novedosas implicadas en la expresión génica.
Objetivo
DNA synthesis technology has greatly developed over recent years, serving a growing multi-billion synthetic DNA market. Synthetic DNA is used in projects that optimize reagents, chemicals, crops and other organisms, in projects seeking to increase the manufacturing efficiency for the above, as well as in studies of molecular regulation and other cellular processes. The latter is the focus of the MRG-GRammar H2020 FET project.
As the market and application range for synthetic DNA expand a need arises to test and quality control raw synthetic nucleic acids as well as products built upon such reagents. We have developed a prototype software tool for assessing quality parameters in synthetic DNA libraries and used it in several projects in the framework of MRG-GRammar
We propose to productize this prototype into a stable version that will be availed to a broader synthetic biology community. Our proposed product, CARBP, is a software system that enables design of RNA binding protein binding sites cassettes for various applications in biological imaging and synthetic biology. Requested funding will be used to improve usability and user interface, to expand the implementation of analysis and statistical tools, to produce a stable version available to the scientific community and to commercial entities and, finally, to investigate potential sustainable mechanisms for supporting continued service, including commercial or service models. CARBP will form part of a suite of interactive web-based tools whose purpose will be to accelerate the development of the nascent synthetic biology industry sector, by making advanced molecular technologies available to various users at a push of a button.
Ámbito científico
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesnucleic acids
- natural sciencesbiological sciencessynthetic biology
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNA
- natural sciencescomputer and information sciencessoftwaresoftware applicationssystem software
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteins
Programa(s)
Convocatoria de propuestas
Consulte otros proyectos de esta convocatoriaConvocatoria de subcontratación
H2020-FETOPEN-2018-2019-2020-03
Régimen de financiación
CSA - Coordination and support actionCoordinador
32000 Haifa
Israel