Opis projektu
Nowatorskie narzędzie wiążące multi-RNA ma ulepszyć syntetyczne badania biologiczne
Białka wiążące RNA wiążą RNA, blokując je w jednej lub wielu domenach wiązania RNA. Służy to modulowaniu ekspresji genów poprzez modyfikowanie przetwarzania i translacji RNA. Przez lata odkryto setki „kluczy”; niedawne badania ujawniły kolejne z nich. Określenie ich interakcji oraz wynikających z nich skutków biologicznych to rozległa dziedzina badań. Przewiduje się, że ujawni ona uprzednio nieokreślone struktury i funkcje na potrzeby licznych zastosowań. Twórcy projektu CARBP wspierają te wysiłki, oferując oprogramowanie, które szybko i w inteligentny sposób projektuje domeny wiązania RNA oraz tworzy biblioteki syntetycznego DNA. Oprogramowanie to będzie częścią pakietu internetowych narzędzi, który może znacząco zwiększyć tempo odkryć, pogłębić zrozumienie oraz wreszcie użyteczność nowych cząsteczek biorących udział w ekspresji genów.
Cel
DNA synthesis technology has greatly developed over recent years, serving a growing multi-billion synthetic DNA market. Synthetic DNA is used in projects that optimize reagents, chemicals, crops and other organisms, in projects seeking to increase the manufacturing efficiency for the above, as well as in studies of molecular regulation and other cellular processes. The latter is the focus of the MRG-GRammar H2020 FET project.
As the market and application range for synthetic DNA expand a need arises to test and quality control raw synthetic nucleic acids as well as products built upon such reagents. We have developed a prototype software tool for assessing quality parameters in synthetic DNA libraries and used it in several projects in the framework of MRG-GRammar
We propose to productize this prototype into a stable version that will be availed to a broader synthetic biology community. Our proposed product, CARBP, is a software system that enables design of RNA binding protein binding sites cassettes for various applications in biological imaging and synthetic biology. Requested funding will be used to improve usability and user interface, to expand the implementation of analysis and statistical tools, to produce a stable version available to the scientific community and to commercial entities and, finally, to investigate potential sustainable mechanisms for supporting continued service, including commercial or service models. CARBP will form part of a suite of interactive web-based tools whose purpose will be to accelerate the development of the nascent synthetic biology industry sector, by making advanced molecular technologies available to various users at a push of a button.
Dziedzina nauki
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesnucleic acids
- natural sciencesbiological sciencessynthetic biology
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNA
- natural sciencescomputer and information sciencessoftwaresoftware applicationssystem software
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteins
Program(-y)
Zaproszenie do składania wniosków
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSzczegółowe działanie
H2020-FETOPEN-2018-2019-2020-03
System finansowania
CSA - Coordination and support actionKoordynator
32000 Haifa
Izrael