Quantifying minute forces: How mechanoregulation determines the behavior of pathogenic bacteria

Informations projet

BacForce

N° de convention de subvention: 852585

DOI

10.3030/852585

Date de signature de la CE 27 Janvier 2020

Date de début 1 Août 2020

Date de fin 31 Juillet 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 498 864,00

Contribution de l’UE

€ 1 498 864,00

Coordonné par

TECHNISCHE UNIVERSITAT DORTMUND
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (11)

Type-IV pili tune an adhesion-migration trade-off during surface colonization of Pseudomonas aeruginosa

Auteurs: A.N. Simsek, M.D. Koch, J.E. Sanfilippo, Z. Gitai, G. Gompper, B. Sabass
Publié dans: bioRxiv Preprint, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.05.09.538458

Sparse inference and active learning of stochastic differential equations from data

Auteurs: Y. Huang, Y. Mabrouk, Gompper, Sabass
Publié dans: Sci Rep, Numéro 12, 21691, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-25638-9

Sensory adaptation in a continuum model of bacterial chemotaxis—working range, cost-accuracy relation, and coupled systems

Auteurs: Vansh Kharbanda, Benedikt Sabass
Publié dans: New Journal of Physics, Numéro 26, 2024, Page(s) 023045, ISSN 1367-2630
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1367-2630/ad26ba

Bacteria Tune a Trade-off between Adhesion and Migration to Colonize Surfaces under Flow

Auteurs: Ahmet Nihat Simsek, Matthias D. Koch, Joseph E. Sanfilippo, Zemer Gitai, Gerhard Gompper, Benedikt Sabass
Publié dans: PRX Life, Numéro 2, 2024, ISSN 2835-8279
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/prxlife.2.023003

Multi-Modal Analysis of Satellite Cells Reveals Early Impairments at Pre-Contractile Stages of Myogenesis in Duchenne Muscular Dystrophy

Auteurs: Sophie Franzmeier, Shounak Chakraborty, Armina Mortazavi, Jan B. Stöckl, Jianfei Jiang, Nicole Pfarr, Benedikt Sabass, Thomas Fröhlich, Clara Kaufhold, Michael Stirm, Eckhard Wolf, Jürgen Schlegel, Kaspar Matiasek
Publié dans: Cells, Numéro 14, 2025, Page(s) 892, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/cells14120892

Shear force enhances adhesion of Pseudomonas aeruginosa by counteracting pilus-driven surface departure

Auteurs: J.-J. S Palalay, A.N. Simsek, B. Sabass, J.E. Sanfilippo
Publié dans: Proc. Nat. Acad. Sci., 2023, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2023.05.08.539440

Non-equilibrium dynamics of bacterial colonies -- growth, active fluctuations, segregation, adhesion, and invasion

Auteurs: Kai Zhou, Marc Hennes, Berenike Maier, Gerhard Gompper, Benedikt Sabass
Publié dans: Communications Physics, Numéro volume 5, Article number: 251, 2022, ISSN 2399-3650
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42005-022-01018-7

Clutch model for focal adhesions predicts reduced self-stabilization under oblique pulling

Auteurs: Andrea Braeutigam, Anton F Burnet, Gerhard Gompper, Benedikt Sabass
Publié dans: Journal of Physics: Condensed Matter, Numéro 36, 2024, Page(s) 295101, ISSN 0953-8984
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-648x/ad3ac1

Shear force enhances adhesion of <i>Pseudomonas aeruginosa</i> by counteracting pilus-driven surface departure

Auteurs: Jessica-Jae S. Palalay, Ahmet N. Simsek, Jessie L. Reed, Matthias D. Koch, Benedikt Sabass, Joseph E. Sanfilippo
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 120, 2023, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2307718120

EPB41L5 controls podocyte extracellular matrix assembly by adhesome-dependent force transmission

Auteurs: Jasmin I.Maier, Manuel Rogg, Martin Helmstädter, Alena Sammarco, Oliver Schilling, Benedikt Sabass, Jeffrey H. Miner, Jörn Dengjel, Gerd Walz, Martin Werner, Tobias B.Huber, Christoph Schell
Publié dans: Cell Reports, Numéro Volume 34, Numéro 12, 23 March 2021, 2021, Page(s) 108883, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2021.108883

A generic self-stabilization mechanism for biomolecular adhesions under load

Auteurs: Braeutigam, Andrea; Simsek, Ahmet Nihat; Gompper, Gerhard; Sabass, Benedikt
Publié dans: Nature Communications, Numéro volume 13, Article number: 2197, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29823-2

Book chapters (2)

Quantitative Analysis of Myofibroblast Contraction by Traction Force Microscopy

Auteurs: Shuying Yang, Fernando R. Valencia, Benedikt Sabass, Sergey V. Plotnikov
Publié dans: Methods in Molecular Biology book series (MIMB,volume 2299), 2021
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-1382-5_14

Computational Physics of Active Matter

Auteurs: Sabass, Benedikt and Winkler, Roland G and Auth, Thorsten and Elgeti, Jens and Fedosov, Dmitry A and Ripoll, Marisol and Vliegenthart, Gerard A and Gompper, Gerhard
Publié dans: Out-of-equilibrium Soft Matter, 2023, Page(s) 354--390
Éditeur: The Royal Society of Chemistry

Thesis and dissertations (3)

Micromechanics of bacterial surface-migration

Auteurs: Ahmet Simsek
Publié dans: 2021
Éditeur: Kölner Publikationsserver

Advanced data analysis for traction force microscopy and data-driven discovery of physical equations

Auteurs: Yunfei Huang
Publié dans: 2021
Éditeur: Kölner Publikationsserver

Response of stochastic adhesion clusters to pulling and shearing forces.

Auteurs: Andrea Bräutigam
Publié dans: 2021
Éditeur: Kölner Publikationsserver

Other (4)

Hijacked Immune Cells Traverse Microenvironmental Barriers by Positioning and Pushing their Intracellular Parasite Cargo

Auteurs: Mauricio J.A. Ruiz-Fernandez, Jianfei Jiang, Armina Mortazavi, Bingzhi Wang, Artur Kuznetcov, Jack Merrin, Markus Meissner, Javier Periz, Benedikt Sabass, Jörg Renkawitz
Publié dans: 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.03.592378

Not just a number: what cells feel depends on how they grab it

Auteurs: B. Sabass
Publié dans: Biophys. J., Numéro Volume 121, ISSUE 9, 2022, Page(s) 1581-1582
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.04.004

A reliable<i>in vitro</i>rumen culture system and workflow for screening anti-methanogenic compounds

Auteurs: Philip P. Laric, Armina Mortazavi, Ewa Węgrzyn, Kathrin Simon, Pauline S. Rittel, Florian M. Trefz, Benedikt Sabass
Publié dans: 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.03.03.641173

Traction Force Microscopy with DNA FluoroCubes

Auteurs: Armina Mortazavi, Jianfei Jiang, Philip Laric, Dominic A. Helmerich, Rick Seifert, Markus Sauer, Benedikt Sabass
Publié dans: 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.12.589182