Quantifying minute forces: How mechanoregulation determines the behavior of pathogenic bacteria

Informazioni relative al progetto

BacForce

ID dell’accordo di sovvenzione: 852585

DOI

10.3030/852585

Data della firma CE 27 Gennaio 2020

Data di avvio 1 Agosto 2020

Data di completamento 31 Luglio 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 498 864,00

Contributo UE

€ 1 498 864,00

Coordinato da

TECHNISCHE UNIVERSITAT DORTMUND
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (11)

Type-IV pili tune an adhesion-migration trade-off during surface colonization of Pseudomonas aeruginosa

Autori: A.N. Simsek, M.D. Koch, J.E. Sanfilippo, Z. Gitai, G. Gompper, B. Sabass
Pubblicato in: bioRxiv Preprint, 2023, ISSN 2692-8205
Editore: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.05.09.538458

Sparse inference and active learning of stochastic differential equations from data

Autori: Y. Huang, Y. Mabrouk, Gompper, Sabass
Pubblicato in: Sci Rep, Numero 12, 21691, 2022, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-25638-9

Sensory adaptation in a continuum model of bacterial chemotaxis—working range, cost-accuracy relation, and coupled systems

Autori: Vansh Kharbanda, Benedikt Sabass
Pubblicato in: New Journal of Physics, Numero 26, 2024, Pagina/e 023045, ISSN 1367-2630
Editore: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1367-2630/ad26ba

Bacteria Tune a Trade-off between Adhesion and Migration to Colonize Surfaces under Flow

Autori: Ahmet Nihat Simsek, Matthias D. Koch, Joseph E. Sanfilippo, Zemer Gitai, Gerhard Gompper, Benedikt Sabass
Pubblicato in: PRX Life, Numero 2, 2024, ISSN 2835-8279
Editore: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/prxlife.2.023003

Multi-Modal Analysis of Satellite Cells Reveals Early Impairments at Pre-Contractile Stages of Myogenesis in Duchenne Muscular Dystrophy

Autori: Sophie Franzmeier, Shounak Chakraborty, Armina Mortazavi, Jan B. Stöckl, Jianfei Jiang, Nicole Pfarr, Benedikt Sabass, Thomas Fröhlich, Clara Kaufhold, Michael Stirm, Eckhard Wolf, Jürgen Schlegel, Kaspar Matiasek
Pubblicato in: Cells, Numero 14, 2025, Pagina/e 892, ISSN 2073-4409
Editore: MDPI AG
DOI: 10.3390/cells14120892

Shear force enhances adhesion of Pseudomonas aeruginosa by counteracting pilus-driven surface departure

Autori: J.-J. S Palalay, A.N. Simsek, B. Sabass, J.E. Sanfilippo
Pubblicato in: Proc. Nat. Acad. Sci., 2023, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2023.05.08.539440

Non-equilibrium dynamics of bacterial colonies -- growth, active fluctuations, segregation, adhesion, and invasion

Autori: Kai Zhou, Marc Hennes, Berenike Maier, Gerhard Gompper, Benedikt Sabass
Pubblicato in: Communications Physics, Numero volume 5, Article number: 251, 2022, ISSN 2399-3650
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42005-022-01018-7

Clutch model for focal adhesions predicts reduced self-stabilization under oblique pulling

Autori: Andrea Braeutigam, Anton F Burnet, Gerhard Gompper, Benedikt Sabass
Pubblicato in: Journal of Physics: Condensed Matter, Numero 36, 2024, Pagina/e 295101, ISSN 0953-8984
Editore: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-648x/ad3ac1

Shear force enhances adhesion of <i>Pseudomonas aeruginosa</i> by counteracting pilus-driven surface departure

Autori: Jessica-Jae S. Palalay, Ahmet N. Simsek, Jessie L. Reed, Matthias D. Koch, Benedikt Sabass, Joseph E. Sanfilippo
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 120, 2023, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2307718120

EPB41L5 controls podocyte extracellular matrix assembly by adhesome-dependent force transmission

Autori: Jasmin I.Maier, Manuel Rogg, Martin Helmstädter, Alena Sammarco, Oliver Schilling, Benedikt Sabass, Jeffrey H. Miner, Jörn Dengjel, Gerd Walz, Martin Werner, Tobias B.Huber, Christoph Schell
Pubblicato in: Cell Reports, Numero Volume 34, Numero 12, 23 March 2021, 2021, Pagina/e 108883, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2021.108883

A generic self-stabilization mechanism for biomolecular adhesions under load

Autori: Braeutigam, Andrea; Simsek, Ahmet Nihat; Gompper, Gerhard; Sabass, Benedikt
Pubblicato in: Nature Communications, Numero volume 13, Article number: 2197, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29823-2

Book chapters (2)

Quantitative Analysis of Myofibroblast Contraction by Traction Force Microscopy

Autori: Shuying Yang, Fernando R. Valencia, Benedikt Sabass, Sergey V. Plotnikov
Pubblicato in: Methods in Molecular Biology book series (MIMB,volume 2299), 2021
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1007/978-1-0716-1382-5_14

Computational Physics of Active Matter

Autori: Sabass, Benedikt and Winkler, Roland G and Auth, Thorsten and Elgeti, Jens and Fedosov, Dmitry A and Ripoll, Marisol and Vliegenthart, Gerard A and Gompper, Gerhard
Pubblicato in: Out-of-equilibrium Soft Matter, 2023, Pagina/e 354--390
Editore: The Royal Society of Chemistry

Thesis and dissertations (3)

Micromechanics of bacterial surface-migration

Autori: Ahmet Simsek
Pubblicato in: 2021
Editore: Kölner Publikationsserver

Advanced data analysis for traction force microscopy and data-driven discovery of physical equations

Autori: Yunfei Huang
Pubblicato in: 2021
Editore: Kölner Publikationsserver

Response of stochastic adhesion clusters to pulling and shearing forces.

Autori: Andrea Bräutigam
Pubblicato in: 2021
Editore: Kölner Publikationsserver

Other (4)

Hijacked Immune Cells Traverse Microenvironmental Barriers by Positioning and Pushing their Intracellular Parasite Cargo

Autori: Mauricio J.A. Ruiz-Fernandez, Jianfei Jiang, Armina Mortazavi, Bingzhi Wang, Artur Kuznetcov, Jack Merrin, Markus Meissner, Javier Periz, Benedikt Sabass, Jörg Renkawitz
Pubblicato in: 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.03.592378

Not just a number: what cells feel depends on how they grab it

Autori: B. Sabass
Pubblicato in: Biophys. J., Numero Volume 121, ISSUE 9, 2022, Pagina/e 1581-1582
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.04.004

A reliable<i>in vitro</i>rumen culture system and workflow for screening anti-methanogenic compounds

Autori: Philip P. Laric, Armina Mortazavi, Ewa Węgrzyn, Kathrin Simon, Pauline S. Rittel, Florian M. Trefz, Benedikt Sabass
Pubblicato in: 2025
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.03.03.641173

Traction Force Microscopy with DNA FluoroCubes

Autori: Armina Mortazavi, Jianfei Jiang, Philip Laric, Dominic A. Helmerich, Rick Seifert, Markus Sauer, Benedikt Sabass
Pubblicato in: 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.12.589182