COMBINING APPROACHES FOR PHOTOSYNTHETIC IMPROVEMENT TO ALLOW INCREASED SUSTAINABILITY IN EUROPEAN AGRICULTURE

Informations projet

CAPITALISE

N° de convention de subvention: 862201

DOI

10.3030/862201

Projet clôturé

Date de signature de la CE 15 Avril 2020

Date de début 1 Avril 2020

Date de fin 30 Novembre 2024

Financé au titre de

• INDUSTRIAL LEADERSHIP - Leadership in enabling and industrial technologies – Biotechnology

Coût total

€ 8 917 645,75

Contribution de l’UE

€ 8 573 894,75

Coordonné par

WAGENINGEN UNIVERSITY
Netherlands

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (2)

Report on strategic agenda

A report will be produced, detailing the challenges, choices and impact of applying new innovations for increased photosynthetic efficiency. This will address general process recommendations for a reflective review of acceptance of new technologies.

European Strategic Research Agenda and Road Map to 2030

Road map and strategic research agenda available

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project website operational

Project website online

Publications

Peer reviewed articles (25)

Improving C3 photosynthesis by exploiting natural genetic variation: Hirschfeldia incana as a model species

Auteurs: Graham Taylor, Francesco Garassino, Mark G. M. Aarts, Jeremy Harbinson
Publié dans: Food and Energy Security, Numéro 12, 2023, ISSN 2048-3694
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/fes3.420

The genome sequence of Hirschfeldia incana, a new Brassicaceae model to improve photosynthetic light-use efficiency

Auteurs: Francesco Garassino, Raul Y. Wijfjes, Rene Boesten, Francisca Reyes Marquez, Frank F. M. Becker, Vittoria Clapero, Iris van den Hatert, Rens Holmer, M. Eric Schranz, Jeremy Harbinson, Dick de Ridder, Sandra Smit, Mark G. M. Aarts
Publié dans: The Plant Journal, Numéro 112, 2022, Page(s) 1298-1315, ISSN 0960-7412
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.16005

Genetic loci mediating circadian clock output plasticity and crop productivity under barley domestication

Auteurs: Manas R. Prusty, Eyal Bdolach, Eiji Yamamoto, Lalit D. Tiwari, Roi Silberman, Adi Doron‐Faigenbaum, Jeffrey L. Neyhart, David Bonfil, Khalil Kashkush, Klaus Pillen, Kevin P. Smith, Eyal Fridman
Publié dans: New Phytologist, Numéro 230/5, 2021, Page(s) 1787-1801, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.17284

Excised leaves show limited and species-specific effects on photosynthetic parameters across crop functional types

Auteurs: John N Ferguson, Tamanna Jithesh, Tracy Lawson, Johannes Kromdijk
Publié dans: Journal of Experimental Botany, Numéro 74, 2023, Page(s) 6662-6676, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erad319

Topology of the redox network during induction of photosynthesis as revealed by time-resolved proteomics in tobacco

Auteurs: David Zimmer, Corné Swart, Alexander Graf, Stéphanie Arrivault, Michael Tillich, Sebastian Proost, Zoran Nikoloski, Mark Stitt, Ralph Bock, Timo Mühlhaus, Alix Boulouis
Publié dans: Science Advances, Numéro 7, 2024, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abi8307

Proteomics and constraint-based modelling reveal enzyme kinetic properties of Chlamydomonas reinhardtii on a genome scale

Auteurs: Marius Arend, David Zimmer, Rudan Xu, Frederik Sommer, Timo Mühlhaus, Zoran Nikoloski
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40498-1

<i>Solanum pennellii</i> (<scp>LA5240</scp>) backcross inbred lines (<scp>BILs</scp>) for high resolution mapping in tomato

Auteurs: Shai Torgeman, Tzili Pleban, Yael Goldberg, Paola Ferrante, Giuseppe Aprea, Giovanni Giuliano, Yoav Yichie, Josef Fisher, Itay Zemach, Amit Koch, Edan Rochsar, Matan Oved, Kfir Bandel, Dani Zamir
Publié dans: The Plant Journal, Numéro 119, 2024, Page(s) 595-603, ISSN 0960-7412
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.16755

Epistatic QTLs for yield heterosis in tomato

Auteurs: Shai Torgeman, Dani Zamir
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 120, 2023, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2205787119

Maximization of non-idle enzymes improves the coverage of the estimated maximal <i>in vivo</i> enzyme catalytic rates in <i>Escherichia coli</i>

Auteurs: Rudan Xu, Zahra Razaghi-Moghadam, Zoran Nikoloski
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 37, 2023, Page(s) 3848-3855, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab575

Transcriptomic response to nitrogen availability reveals signatures of adaptive plasticity during tetraploid wheat domestication

Auteurs: Alice Pieri, Romina Beleggia, Tania Gioia, Hao Tong, Valerio Di Vittori, Giulia Frascarelli, Elena Bitocchi, Laura Nanni, Elisa Bellucci, Fabio Fiorani, Nicola Pecchioni, Stefania Marzario, Concetta De Quattro, Antonina Rita Limongi, Pasquale De Vita, Marzia Rossato, Ulrich Schurr, Jacques L David, Zoran Nikoloski, Roberto Papa
Publié dans: The Plant Cell, Numéro 36, 2024, Page(s) 3809-3823, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae202

Relative flux trade-offs and optimization of metabolic network functionalities

Auteurs: Seirana Hashemi, Zahra Razaghi-Moghadam, Roosa A. E. Laitinen, Zoran Nikoloski
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 20, 2022, Page(s) 3963-3971, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.07.038

Cytonuclear interactions modulate the plasticity of photosynthetic rhythmicity and growth in wild barley

Auteurs: Lalit Dev Tiwari, Eyal Bdolach, Manas Ranjan Prusty, Schewach Bodenheimer, Avital Be'ery, Adi Faigenboim‐Doron, Eiji Yamamoto, Klára Panzarová, Khalil Kashkush, Noam Shental, Eyal Fridman
Publié dans: Physiologia Plantarum, Numéro 176, 2024, ISSN 0031-9317
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ppl.14192

Maximizing multi-reaction dependencies provides more accurate and precise predictions of intracellular fluxes than the principle of parsimony

Auteurs: Seirana Hashemi, Zahra Razaghi-Moghadam, Zoran Nikoloski
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 19, 2023, Page(s) e1011489, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011489

Combination of network and molecule structure accurately predicts competitive inhibitory interactions

Auteurs: Zahra Razaghi-Moghadam, Ewelina M. Sokolowska, Marcin A. Sowa, Aleksandra Skirycz, Zoran Nikoloski
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 19, 2024, Page(s) 2170-2178, ISSN 2001-0370
Éditeur: CSB
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.04.012

Regulation of Rubisco activity in crops

Auteurs: Joana Amaral, Ana K. M. Lobo, Elizabete Carmo‐Silva
Publié dans: New Phytologist, Numéro 241, 2024, Page(s) 35-51, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.19369

Crops under past diversification and ongoing climate change: more than just selection of nuclear genes for flowering

Auteurs: Lalit Dev Tiwari, Ayelet Kurtz-Sohn, Eyal Bdolach, Eyal Fridman
Publié dans: Journal of Experimental Botany, Numéro 74, 2023, Page(s) 5431-5440, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erad283

From data to knowledge – big data needs stewardship, a plant phenomics perspective

Auteurs: Daniel Arend; Dennis Psaroudakis; Junaid Altaf Memon; Elena Rey‐Mazón; Danuta Schüler; Jedrzej Jakub Szymanski; Uwe Scholz; Astrid Junker; Matthias Lange
Publié dans: The Plant Journal, Numéro 09607412, 2022, Page(s) 335-347, ISSN 0960-7412
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/tpj.15804

Data integration across conditions improves turnover number estimates and metabolic predictions

Auteurs: Philipp Wendering, Marius Arend, Zahra Razaghi-Moghadam, Zoran Nikoloski
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, Page(s) 1485, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37151-2

Improving plant productivity by re-tuning the regeneration of RuBP in the Calvin–Benson–Bassham cycle

Auteurs: Christine Raines
Publié dans: New Phytologist, 2022, Page(s) 236, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.18394

Genetic variation in photosynthesis: many variants make light work

Auteurs: Johannes Kromdijk, Alistair J McCormick
Publié dans: Journal of Experimental Botany, Numéro 73, 2022, Page(s) 3053-3056, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erac129

Prediction of metabolite–protein interactions based on integration of machine learning and constraint-based modeling

Auteurs: Fayaz Soleymani Babadi, Zahra Razaghi-Moghadam, Fatemeh Zare-Mirakabad, Zoran Nikoloski
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 3, 2023, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbad098

Perspectives on improving photosynthesis to increase crop yield

Auteurs: Roberta Croce, Elizabete Carmo-Silva, Young B Cho, Maria Ermakova, Jeremy Harbinson, Tracy Lawson, Alistair J McCormick, Krishna K Niyogi, Donald R Ort, Dhruv Patel-Tupper, Paolo Pesaresi, Christine Raines, Andreas P M Weber, Xin-Guang Zhu
Publié dans: The Plant Cell, Numéro 36, 2024, Page(s) 3944-3973, ISSN 1040-4651
Éditeur: American Society of Plant Biologists
DOI: 10.1093/plcell/koae132

Genetics as a key to improving crop photosynthesis

Auteurs: Tom P.J.M Theeuwen; Louise L. Logie; Jeremy Harbinson; Mark G. M. Aarts
Publié dans: Journal of Experimental Botany, Volume 73, Numéro 10, Numéro 10, 2022, Page(s) 3122–3137, ISSN 0022-0957
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jxb/erac076

Breeding by intervening: Exploring the role of associations and deliberation in consumer acceptance of different breeding techniques

Auteurs: Paul Nales, Arnout R.H. Fischer
Publié dans: Public Understanding of Science, Numéro 32, 2024, Page(s) 889-906, ISSN 0963-6625
Éditeur: SAGE Publications
DOI: 10.1177/09636625231168087

Identification of gene function based on models capturing natural variability of Arabidopsis thaliana lipid metabolism

Auteurs: Sandra Correa Córdoba, Hao Tong, Asdrúbal Burgos, Feng Zhu, Saleh Alseekh, Alisdair R. Fernie, Zoran Nikoloski
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40644-9

Book chapters (2)

Radiometric determination of rubisco activation state and quantity in leaves

Auteurs: Catherine J. Ashton, Rhiannon Page, Ana K.M. Lobo, Joana Amaral, Joao A. Siqueira, Douglas J. Orr, Elizabete Carmo-Silva
Publié dans: Methods in Enzymology, Carboxylases, 2024, Page(s) 323-351
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2024.10.018

Purification of Rubisco from Leaves

Auteurs: Joana Amaral, Ana K. M. Lobo, Elizabete Carmo-Silva, Douglas J. Orr
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Photosynthesis, 2024, Page(s) 417-426
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3790-6_22

Other (1)

Harnessing the optimization of enzyme catalytic rates in engineering of metabolic phenotypes

Auteurs: Zahra Razaghi-Moghadam, Fayaz Soleymani Babadi, Zoran Nikoloski
Publié dans: PLOS Computational Biology, 2024
Éditeur: Research Square Platform LLC
DOI: 10.21203/rs.3.rs-3915216/v1