Deconstructing gene regulation through functional dissection of the 3D genome

Información del proyecto

FuncDis3D

Identificador del acuerdo de subvención: 865459

DOI

10.3030/865459

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 25 Febrero 2020

Fecha de inicio 1 Septiembre 2020

Fecha de finalización 31 Agosto 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 925,00

Aportación de la UE

€ 1 997 425,00

Coordinado por

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Publicaciones

Peer reviewed articles (14)

Pioneer activity distinguishes activating from non‐activating <scp>SOX2</scp> binding sites

Autores: Michela Maresca, Teun van den Brand, Hangpeng Li, Hans Teunissen, James Davies, Elzo de Wit
Publicado en: The EMBO Journal, Edición 42, 2025, ISSN 0261-4189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2022113150

Coordinated control of genome–nuclear lamina interactions by topoisomerase 2B and lamin B receptor

Autores: Tom van Schaik, Mikhail Magnitov, Marcel de Haas, Jeremie Breda, Elzo de Wit, Anna G Manjon, René H Medema, Henrike Johanna Gothe, Vassilis Roukos, Adam J Buckle, Catherine Naughton, Nick Gilbert, Bas van Steensel, Stefano G Manzo
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 53, 2025, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf964

Extrusion fountains are restricted by WAPL-dependent cohesin release and CTCF barriers

Autores: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne M G A Schijns, Tom van Schaik, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 53, 2025, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf549

Synergy between regulatory elements can render cohesin dispensable for distal enhancer function

Autores: Karissa L. Hansen, Annie S. Adachi, Luca Braccioli, Smit Kadvani, Ryan M. Boileau, Moreno Martinovic, Bozhena Pokorny, Rini Shah, Erika C. Anderson, Kaite Zhang, Irié Carel, Kenya Bonitto, Robert Blelloch, Geoffrey Fudenberg, Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Publicado en: Science, Edición 391, 2026, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt4221

Interactions between the genome and the nuclear lamina are multivalent and cooperative

Autores: Lise Dauban, Mathias Eder, Marcel de Haas, Vinícius H. Franceschini-Santos, J. Omar Yañez-Cuna, Moreno Martinovic, Tom van Schaik, Christ Leemans, Hans Teunissen, Koen Rademaker, Miguel Martinez Ara, Martijn Verkuilen, Elzo de Wit, Bas van Steensel
Publicado en: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Edición 32, 2025, Página(s) 2335-2348, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-025-01655-w

WAPL maintains a cohesin loading cycle to preserve cell-type-specific distal gene regulation

Autores: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M. G. A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphѐge P. Nora & Elzo de Wit
Publicado en: Nature Genetics, 2021, ISSN 1546-1718
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41588-020-00744-4

ZNF143 is a transcriptional regulator of nuclear-encoded mitochondrial genes that acts independently of looping and CTCF

Autores: Mikhail D. Magnitov, Michela Maresca, Noemí Alonso Saiz, Hans Teunissen, Jinhong Dong, Kizhakke M. Sathyan, Luca Braccioli, Michael J. Guertin, Elzo de Wit
Publicado en: Molecular Cell, Edición 85, 2025, Página(s) 24-41.e11, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.031

SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors

Autores: Ning Qing Liu, Irene Paassen, Lars Custers, Peter Zeller, Hans Teunissen, Dilara Ayyildiz, Jiayou He, Juliane Laura Buhl, Eelco Wieger Hoving, Alexander van Oudenaarden, Elzo de Wit, Jarno Drost
Publicado en: Nature Communications, Edición 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43498-3

New insights into genome folding by loop extrusion from inducible degron technologies

Autores: Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Publicado en: Nature Reviews Genetics, Edición 24, 2023, Página(s) 73-85, ISSN 1471-0056
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00530-4

Attraction and disruption: how loop extrusion and compartmentalisation shape the nuclear genome

Autores: Mikhail Magnitov, Elzo de Wit
Publicado en: Current Opinion in Genetics &amp; Development, Edición 86, 2025, Página(s) 102194, ISSN 0959-437X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2024.102194

Understanding and reversing mammary tumor-driven reprogramming of myelopoiesis to reduce metastatic spread

Autores: Hannah Garner, Moreno Martinovic, Ning Qing Liu, Noor A.M. Bakker, Irene Querol Velilla, Cheei-Sing Hau, Kim Vrijland, Daphne Kaldenbach, Marleen Kok, Elzo de Wit, Karin E. de Visser
Publicado en: Cancer Cell, Edición 43, 2025, Página(s) 1279-1295.e9, ISSN 1535-6108
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2025.04.007

The cohesin acetylation cycle controls chromatin loop length through a PDS5A brake mechanism

Autores: Marjon S. van Ruiten, Démi van Gent, Ángela Sedeño Cacciatore, Astrid Fauster, Laureen Willems, Maarten L. Hekkelman, Liesbeth Hoekman, Maarten Altelaar, Judith H. I. Haarhuis, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Publicado en: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Edición 29, 2022, Página(s) 586-591, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00773-z

A 3D genome compendium of breast cancer progression

Autores: Teun van den Brand, Maria Donaldson Collier, Koen D. Flach, Sebastian Gregoricchio, Isabel Mayayo-Peralta, Zhanna Dauyey, Karianne Schuurman, Hans Teunissen, Wilbert Zwart, Elzo de Wit
Publicado en: iScience, Edición 28, 2026, Página(s) 113268, ISSN 2589-0042
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.113268

Identifying cross-lineage dependencies of cell-type specific regulators in gastruloids

Autores: Luca Braccioli, Teun van den Brand, Noemi Alonso Saiz, Charis Fountas, Patrick H. N. Celie, Justina Kazokaitė-Adomaitienė, Elzo de Wit
Publicado en: Developmental Cell, 2026, ISSN 1878-1551
Editor: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.11.01.514697

Other (1)

Rapid depletion of CTCF and cohesin proteins reveals dynamic features of chromosome architecture

Autores: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne Schijns, Tom van Schaik, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Publicado en: 2021
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.08.27.457977