Deconstructing gene regulation through functional dissection of the 3D genome

Informacje na temat projektu

FuncDis3D

Identyfikator umowy o grant: 865459

DOI

10.3030/865459

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 25 Lutego 2020

Data rozpoczęcia 1 Września 2020

Data zakończenia 31 Sierpnia 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 999 925,00

Wkład UE

€ 1 997 425,00

Koordynowany przez

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (14)

Pioneer activity distinguishes activating from non‐activating <scp>SOX2</scp> binding sites

Autorzy: Michela Maresca, Teun van den Brand, Hangpeng Li, Hans Teunissen, James Davies, Elzo de Wit
Opublikowane w: The EMBO Journal, Numer 42, 2025, ISSN 0261-4189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2022113150

Coordinated control of genome–nuclear lamina interactions by topoisomerase 2B and lamin B receptor

Autorzy: Tom van Schaik, Mikhail Magnitov, Marcel de Haas, Jeremie Breda, Elzo de Wit, Anna G Manjon, René H Medema, Henrike Johanna Gothe, Vassilis Roukos, Adam J Buckle, Catherine Naughton, Nick Gilbert, Bas van Steensel, Stefano G Manzo
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 53, 2025, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf964

Extrusion fountains are restricted by WAPL-dependent cohesin release and CTCF barriers

Autorzy: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne M G A Schijns, Tom van Schaik, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 53, 2025, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf549

Synergy between regulatory elements can render cohesin dispensable for distal enhancer function

Autorzy: Karissa L. Hansen, Annie S. Adachi, Luca Braccioli, Smit Kadvani, Ryan M. Boileau, Moreno Martinovic, Bozhena Pokorny, Rini Shah, Erika C. Anderson, Kaite Zhang, Irié Carel, Kenya Bonitto, Robert Blelloch, Geoffrey Fudenberg, Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Opublikowane w: Science, Numer 391, 2026, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt4221

Interactions between the genome and the nuclear lamina are multivalent and cooperative

Autorzy: Lise Dauban, Mathias Eder, Marcel de Haas, Vinícius H. Franceschini-Santos, J. Omar Yañez-Cuna, Moreno Martinovic, Tom van Schaik, Christ Leemans, Hans Teunissen, Koen Rademaker, Miguel Martinez Ara, Martijn Verkuilen, Elzo de Wit, Bas van Steensel
Opublikowane w: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numer 32, 2025, Strona(/y) 2335-2348, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-025-01655-w

WAPL maintains a cohesin loading cycle to preserve cell-type-specific distal gene regulation

Autorzy: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M. G. A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphѐge P. Nora & Elzo de Wit
Opublikowane w: Nature Genetics, 2021, ISSN 1546-1718
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41588-020-00744-4

ZNF143 is a transcriptional regulator of nuclear-encoded mitochondrial genes that acts independently of looping and CTCF

Autorzy: Mikhail D. Magnitov, Michela Maresca, Noemí Alonso Saiz, Hans Teunissen, Jinhong Dong, Kizhakke M. Sathyan, Luca Braccioli, Michael J. Guertin, Elzo de Wit
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 85, 2025, Strona(/y) 24-41.e11, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.031

SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors

Autorzy: Ning Qing Liu, Irene Paassen, Lars Custers, Peter Zeller, Hans Teunissen, Dilara Ayyildiz, Jiayou He, Juliane Laura Buhl, Eelco Wieger Hoving, Alexander van Oudenaarden, Elzo de Wit, Jarno Drost
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 14, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43498-3

New insights into genome folding by loop extrusion from inducible degron technologies

Autorzy: Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Opublikowane w: Nature Reviews Genetics, Numer 24, 2023, Strona(/y) 73-85, ISSN 1471-0056
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00530-4

Attraction and disruption: how loop extrusion and compartmentalisation shape the nuclear genome

Autorzy: Mikhail Magnitov, Elzo de Wit
Opublikowane w: Current Opinion in Genetics &amp; Development, Numer 86, 2025, Strona(/y) 102194, ISSN 0959-437X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2024.102194

Understanding and reversing mammary tumor-driven reprogramming of myelopoiesis to reduce metastatic spread

Autorzy: Hannah Garner, Moreno Martinovic, Ning Qing Liu, Noor A.M. Bakker, Irene Querol Velilla, Cheei-Sing Hau, Kim Vrijland, Daphne Kaldenbach, Marleen Kok, Elzo de Wit, Karin E. de Visser
Opublikowane w: Cancer Cell, Numer 43, 2025, Strona(/y) 1279-1295.e9, ISSN 1535-6108
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2025.04.007

The cohesin acetylation cycle controls chromatin loop length through a PDS5A brake mechanism

Autorzy: Marjon S. van Ruiten, Démi van Gent, Ángela Sedeño Cacciatore, Astrid Fauster, Laureen Willems, Maarten L. Hekkelman, Liesbeth Hoekman, Maarten Altelaar, Judith H. I. Haarhuis, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Opublikowane w: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numer 29, 2022, Strona(/y) 586-591, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00773-z

A 3D genome compendium of breast cancer progression

Autorzy: Teun van den Brand, Maria Donaldson Collier, Koen D. Flach, Sebastian Gregoricchio, Isabel Mayayo-Peralta, Zhanna Dauyey, Karianne Schuurman, Hans Teunissen, Wilbert Zwart, Elzo de Wit
Opublikowane w: iScience, Numer 28, 2026, Strona(/y) 113268, ISSN 2589-0042
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.113268

Identifying cross-lineage dependencies of cell-type specific regulators in gastruloids

Autorzy: Luca Braccioli, Teun van den Brand, Noemi Alonso Saiz, Charis Fountas, Patrick H. N. Celie, Justina Kazokaitė-Adomaitienė, Elzo de Wit
Opublikowane w: Developmental Cell, 2026, ISSN 1878-1551
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.11.01.514697

Other (1)

Rapid depletion of CTCF and cohesin proteins reveals dynamic features of chromosome architecture

Autorzy: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne Schijns, Tom van Schaik, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Opublikowane w: 2021
Wydawca: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.08.27.457977