Deconstructing gene regulation through functional dissection of the 3D genome

Informations projet

FuncDis3D

N° de convention de subvention: 865459

DOI

10.3030/865459

Projet clôturé

Date de signature de la CE 25 Février 2020

Date de début 1 Septembre 2020

Date de fin 31 Août 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 925,00

Contribution de l’UE

€ 1 997 425,00

Coordonné par

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Pioneer activity distinguishes activating from non‐activating <scp>SOX2</scp> binding sites

Auteurs: Michela Maresca, Teun van den Brand, Hangpeng Li, Hans Teunissen, James Davies, Elzo de Wit
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 42, 2025, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2022113150

Coordinated control of genome–nuclear lamina interactions by topoisomerase 2B and lamin B receptor

Auteurs: Tom van Schaik, Mikhail Magnitov, Marcel de Haas, Jeremie Breda, Elzo de Wit, Anna G Manjon, René H Medema, Henrike Johanna Gothe, Vassilis Roukos, Adam J Buckle, Catherine Naughton, Nick Gilbert, Bas van Steensel, Stefano G Manzo
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf964

Extrusion fountains are restricted by WAPL-dependent cohesin release and CTCF barriers

Auteurs: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne M G A Schijns, Tom van Schaik, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 53, 2025, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf549

Synergy between regulatory elements can render cohesin dispensable for distal enhancer function

Auteurs: Karissa L. Hansen, Annie S. Adachi, Luca Braccioli, Smit Kadvani, Ryan M. Boileau, Moreno Martinovic, Bozhena Pokorny, Rini Shah, Erika C. Anderson, Kaite Zhang, Irié Carel, Kenya Bonitto, Robert Blelloch, Geoffrey Fudenberg, Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Publié dans: Science, Numéro 391, 2026, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt4221

Interactions between the genome and the nuclear lamina are multivalent and cooperative

Auteurs: Lise Dauban, Mathias Eder, Marcel de Haas, Vinícius H. Franceschini-Santos, J. Omar Yañez-Cuna, Moreno Martinovic, Tom van Schaik, Christ Leemans, Hans Teunissen, Koen Rademaker, Miguel Martinez Ara, Martijn Verkuilen, Elzo de Wit, Bas van Steensel
Publié dans: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numéro 32, 2025, Page(s) 2335-2348, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-025-01655-w

WAPL maintains a cohesin loading cycle to preserve cell-type-specific distal gene regulation

Auteurs: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M. G. A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphѐge P. Nora & Elzo de Wit
Publié dans: Nature Genetics, 2021, ISSN 1546-1718
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41588-020-00744-4

ZNF143 is a transcriptional regulator of nuclear-encoded mitochondrial genes that acts independently of looping and CTCF

Auteurs: Mikhail D. Magnitov, Michela Maresca, Noemí Alonso Saiz, Hans Teunissen, Jinhong Dong, Kizhakke M. Sathyan, Luca Braccioli, Michael J. Guertin, Elzo de Wit
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 85, 2025, Page(s) 24-41.e11, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.031

SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors

Auteurs: Ning Qing Liu, Irene Paassen, Lars Custers, Peter Zeller, Hans Teunissen, Dilara Ayyildiz, Jiayou He, Juliane Laura Buhl, Eelco Wieger Hoving, Alexander van Oudenaarden, Elzo de Wit, Jarno Drost
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43498-3

New insights into genome folding by loop extrusion from inducible degron technologies

Auteurs: Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Publié dans: Nature Reviews Genetics, Numéro 24, 2023, Page(s) 73-85, ISSN 1471-0056
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00530-4

Attraction and disruption: how loop extrusion and compartmentalisation shape the nuclear genome

Auteurs: Mikhail Magnitov, Elzo de Wit
Publié dans: Current Opinion in Genetics &amp; Development, Numéro 86, 2025, Page(s) 102194, ISSN 0959-437X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2024.102194

Understanding and reversing mammary tumor-driven reprogramming of myelopoiesis to reduce metastatic spread

Auteurs: Hannah Garner, Moreno Martinovic, Ning Qing Liu, Noor A.M. Bakker, Irene Querol Velilla, Cheei-Sing Hau, Kim Vrijland, Daphne Kaldenbach, Marleen Kok, Elzo de Wit, Karin E. de Visser
Publié dans: Cancer Cell, Numéro 43, 2025, Page(s) 1279-1295.e9, ISSN 1535-6108
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2025.04.007

The cohesin acetylation cycle controls chromatin loop length through a PDS5A brake mechanism

Auteurs: Marjon S. van Ruiten, Démi van Gent, Ángela Sedeño Cacciatore, Astrid Fauster, Laureen Willems, Maarten L. Hekkelman, Liesbeth Hoekman, Maarten Altelaar, Judith H. I. Haarhuis, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Publié dans: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numéro 29, 2022, Page(s) 586-591, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00773-z

A 3D genome compendium of breast cancer progression

Auteurs: Teun van den Brand, Maria Donaldson Collier, Koen D. Flach, Sebastian Gregoricchio, Isabel Mayayo-Peralta, Zhanna Dauyey, Karianne Schuurman, Hans Teunissen, Wilbert Zwart, Elzo de Wit
Publié dans: iScience, Numéro 28, 2026, Page(s) 113268, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.113268

Identifying cross-lineage dependencies of cell-type specific regulators in gastruloids

Auteurs: Luca Braccioli, Teun van den Brand, Noemi Alonso Saiz, Charis Fountas, Patrick H. N. Celie, Justina Kazokaitė-Adomaitienė, Elzo de Wit
Publié dans: Developmental Cell, 2026, ISSN 1878-1551
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.11.01.514697

Other (1)

Rapid depletion of CTCF and cohesin proteins reveals dynamic features of chromosome architecture

Auteurs: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne Schijns, Tom van Schaik, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Publié dans: 2021
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.08.27.457977