Deconstructing gene regulation through functional dissection of the 3D genome

Informazioni relative al progetto

FuncDis3D

ID dell’accordo di sovvenzione: 865459

DOI

10.3030/865459

Progetto chiuso

Data della firma CE 25 Febbraio 2020

Data di avvio 1 Settembre 2020

Data di completamento 31 Agosto 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 999 925,00

Contributo UE

€ 1 997 425,00

Coordinato da

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (14)

Pioneer activity distinguishes activating from non‐activating <scp>SOX2</scp> binding sites

Autori: Michela Maresca, Teun van den Brand, Hangpeng Li, Hans Teunissen, James Davies, Elzo de Wit
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 42, 2025, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2022113150

Coordinated control of genome–nuclear lamina interactions by topoisomerase 2B and lamin B receptor

Autori: Tom van Schaik, Mikhail Magnitov, Marcel de Haas, Jeremie Breda, Elzo de Wit, Anna G Manjon, René H Medema, Henrike Johanna Gothe, Vassilis Roukos, Adam J Buckle, Catherine Naughton, Nick Gilbert, Bas van Steensel, Stefano G Manzo
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 53, 2025, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf964

Extrusion fountains are restricted by WAPL-dependent cohesin release and CTCF barriers

Autori: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne M G A Schijns, Tom van Schaik, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 53, 2025, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaf549

Synergy between regulatory elements can render cohesin dispensable for distal enhancer function

Autori: Karissa L. Hansen, Annie S. Adachi, Luca Braccioli, Smit Kadvani, Ryan M. Boileau, Moreno Martinovic, Bozhena Pokorny, Rini Shah, Erika C. Anderson, Kaite Zhang, Irié Carel, Kenya Bonitto, Robert Blelloch, Geoffrey Fudenberg, Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Pubblicato in: Science, Numero 391, 2026, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt4221

Interactions between the genome and the nuclear lamina are multivalent and cooperative

Autori: Lise Dauban, Mathias Eder, Marcel de Haas, Vinícius H. Franceschini-Santos, J. Omar Yañez-Cuna, Moreno Martinovic, Tom van Schaik, Christ Leemans, Hans Teunissen, Koen Rademaker, Miguel Martinez Ara, Martijn Verkuilen, Elzo de Wit, Bas van Steensel
Pubblicato in: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numero 32, 2025, Pagina/e 2335-2348, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-025-01655-w

WAPL maintains a cohesin loading cycle to preserve cell-type-specific distal gene regulation

Autori: Ning Qing Liu, Michela Maresca, Teun van den Brand, Luca Braccioli, Marijne M. G. A. Schijns, Hans Teunissen, Benoit G. Bruneau, Elphѐge P. Nora & Elzo de Wit
Pubblicato in: Nature Genetics, 2021, ISSN 1546-1718
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41588-020-00744-4

ZNF143 is a transcriptional regulator of nuclear-encoded mitochondrial genes that acts independently of looping and CTCF

Autori: Mikhail D. Magnitov, Michela Maresca, Noemí Alonso Saiz, Hans Teunissen, Jinhong Dong, Kizhakke M. Sathyan, Luca Braccioli, Michael J. Guertin, Elzo de Wit
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 85, 2025, Pagina/e 24-41.e11, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.11.031

SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors

Autori: Ning Qing Liu, Irene Paassen, Lars Custers, Peter Zeller, Hans Teunissen, Dilara Ayyildiz, Jiayou He, Juliane Laura Buhl, Eelco Wieger Hoving, Alexander van Oudenaarden, Elzo de Wit, Jarno Drost
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43498-3

New insights into genome folding by loop extrusion from inducible degron technologies

Autori: Elzo de Wit, Elphège P. Nora
Pubblicato in: Nature Reviews Genetics, Numero 24, 2023, Pagina/e 73-85, ISSN 1471-0056
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00530-4

Attraction and disruption: how loop extrusion and compartmentalisation shape the nuclear genome

Autori: Mikhail Magnitov, Elzo de Wit
Pubblicato in: Current Opinion in Genetics &amp; Development, Numero 86, 2025, Pagina/e 102194, ISSN 0959-437X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2024.102194

Understanding and reversing mammary tumor-driven reprogramming of myelopoiesis to reduce metastatic spread

Autori: Hannah Garner, Moreno Martinovic, Ning Qing Liu, Noor A.M. Bakker, Irene Querol Velilla, Cheei-Sing Hau, Kim Vrijland, Daphne Kaldenbach, Marleen Kok, Elzo de Wit, Karin E. de Visser
Pubblicato in: Cancer Cell, Numero 43, 2025, Pagina/e 1279-1295.e9, ISSN 1535-6108
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.ccell.2025.04.007

The cohesin acetylation cycle controls chromatin loop length through a PDS5A brake mechanism

Autori: Marjon S. van Ruiten, Démi van Gent, Ángela Sedeño Cacciatore, Astrid Fauster, Laureen Willems, Maarten L. Hekkelman, Liesbeth Hoekman, Maarten Altelaar, Judith H. I. Haarhuis, Thijn R. Brummelkamp, Elzo de Wit, Benjamin D. Rowland
Pubblicato in: Nature Structural &amp; Molecular Biology, Numero 29, 2022, Pagina/e 586-591, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-022-00773-z

A 3D genome compendium of breast cancer progression

Autori: Teun van den Brand, Maria Donaldson Collier, Koen D. Flach, Sebastian Gregoricchio, Isabel Mayayo-Peralta, Zhanna Dauyey, Karianne Schuurman, Hans Teunissen, Wilbert Zwart, Elzo de Wit
Pubblicato in: iScience, Numero 28, 2026, Pagina/e 113268, ISSN 2589-0042
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.113268

Identifying cross-lineage dependencies of cell-type specific regulators in gastruloids

Autori: Luca Braccioli, Teun van den Brand, Noemi Alonso Saiz, Charis Fountas, Patrick H. N. Celie, Justina Kazokaitė-Adomaitienė, Elzo de Wit
Pubblicato in: Developmental Cell, 2026, ISSN 1878-1551
Editore: Cell Press
DOI: 10.1101/2022.11.01.514697

Other (1)

Rapid depletion of CTCF and cohesin proteins reveals dynamic features of chromosome architecture

Autori: Ning Qing Liu, Mikhail Magnitov, Marijne Schijns, Tom van Schaik, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Bas van Steensel, Elzo de Wit
Pubblicato in: 2021
Editore: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.08.27.457977