Interrogating native CRISPR arrays to achieve scalable combinatorial screens and dissect genetic redundancy

Información del proyecto

CRISPRcombo

Identificador del acuerdo de subvención: 865973

DOI

10.3030/865973

Fecha de la firma de la CE 19 Diciembre 2019

Fecha de inicio 1 Junio 2020

Fecha de finalización 31 Marzo 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 000 000,00

Aportación de la UE

€ 2 000 000,00

Coordinado por

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

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Publicaciones

Peer reviewed articles (19)

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency from depletion screens through mixed-effect machine learning and data integration

Autores: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase L. Beisel, Lars Barquist
Publicado en: Genome Biology, Edición 25, 2024, Página(s) 13, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-03153-y

Differentially Optimized Cell-Free Buffer Enables Robust Expression from Unprotected Linear DNA in Exonuclease-Deficient Extracts

Autores: Angelo Cardoso Batista, Antoine Levrier, Paul Soudier, Peter L. Voyvodic, Tatjana Achmedov, Tristan Reif-Trauttmansdorff, Angelique DeVisch, Martin Cohen-Gonsaud, Jean-Loup Faulon, Chase L. Beisel, Jerome Bonnet, Manish Kushwaha
Publicado en: ACS Synthetic Biology, 2022, Página(s) (in press), ISSN 2161-5063
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00448

Synthetic biology landscape and community in Germany

Autores: Nicolas Krink, Anne C.Löchner, Hendrik Cooper, Chase L.Beisel, Barbara Di Ventura
Publicado en: Biotechnology Notes, Edición 3, 2022, Página(s) 8-14, ISSN 2665-9069
Editor: KeAi Communications
DOI: 10.1016/j.biotno.2021.12.001

TracrRNA reprogramming enables direct PAM-independent detection of RNA with diverse DNA-targeting Cas12 nucleases

Autores: Chunlei Jiao, Natalia L. Peeck, Jiaqi Yu, Mohammad Ghaem Maghami, Sarah Kono, Daphne Collias, Sandra L. Martinez Diaz, Rachael Larose, Chase L. Beisel
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, Página(s) 5909, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50243-x

Spacer prioritization in CRISPR–Cas9 immunity is enabled by the leader RNA

Autores: Chunyu Liao, Sahil Sharma, Sarah L. Svensson, Anuja Kibe, Zasha Weinberg, Omer S. Alkhnbashi, Thorsten Bischler, Rolf Backofen, Neva Caliskan, Cynthia M. Sharma, Chase L. Beisel
Publicado en: Nature Microbiology, Edición 7(4), 2022, Página(s) 530-541, ISSN 2058-5276
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-022-01074-3

MprF-mediated immune evasion is necessary for Lactiplantibacillus plantarum resilience in the Drosophila gut during inflammation

Autores: Aranzazu Arias-Rojas, Adini Q. Arifah, Georgia Angelidou, Belal Alshaar, Ursula Schombel, Emma Forest, Dagmar Frahm, Volker Brinkmann, Nicole Paczia, Chase L. Beisel, Nicolas Gisch, Igor Iatsenko
Publicado en: PLOS Pathogens, Edición 20, 2024, Página(s) e1012462, ISSN 1553-7374
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1012462

Rapid cell-free characterization of multi-subunit CRISPR effectors and transposons

Autores: Franziska Wimmer, Ioannis Mougiakos, Frank Englert, Chase L. Beisel
Publicado en: Molecular Cell, Edición 82(6), 2022, Página(s) 1210-1224.e6, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.01.026

CRISPR-based screening of small RNA modulators of bile susceptibility in <i>Bacteroides thetaiotaomicron</i>

Autores: Gianluca Prezza, Chunyu Liao, Sarah Reichardt, Chase L. Beisel, Alexander J. Westermann
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 121, 2024, Página(s) e2311323121, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2311323121

Shortened CRISPR-Cas9 arrays enable multiplexed gene targeting in bacteria from a smaller DNA footprint

Autores: Sandra Gawlitt, Chunyu Liao, Tatjana Achmedov, Chase L. Beisel
Publicado en: RNA Biology, Edición 20, 2025, Página(s) 666-680, ISSN 1547-6286
Editor: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2023.2247247

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Autores: Wen Y. Wu; Prarthana Mohanraju; Chunyu Liao; Belén Adiego-Pérez; Sjoerd C.A. Creutzburg; Kira S. Makarova; Karlijn Keessen; Timon A. Lindeboom; Tahseen S. Khan; Stijn Prinsen; Rob Joosten; Winston X. Yan; Anzhela Migur; Charlie Laffeber; David A. Scott; Joyce H.G. Lebbink; Eugene V. Koonin; Chase L. Beisel; John van der Oost
Publicado en: Molecular Cell, Edición 82(23), 2022, Página(s) 4487-4502, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.003

A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate recognition for nucleic acid editing and detection

Autores: Ylenia Jabalera, Igor Tascón, Sara Samperio, Jorge P. López-Alonso, Monika Gonzalez-Lopez, Ana M. Aransay, Guillermo Abascal-Palacios, Chase L. Beisel, Iban Ubarretxena-Belandia, Raul Perez-Jimenez
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición (in press), 2024, ISSN 1087-0156
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02461-3

RNA targeting unleashes indiscriminate nuclease activity of CRISPR–Cas12a2

Autores: Jack PK Bravo, Thomson Hallmark, Bronson Naegle, Chase L Beisel, Ryan N Jackson, David W Taylor
Publicado en: Nature, Edición (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05560-w

A Hitchhiker’s guide to CRISPR editing tools in bacteria

Autores: Nicolas Krink, Pablo Iván Nikel, Chase L Beisel
Publicado en: EMBO Reports, Edición 25, 2024, Página(s) 1694-1699, ISSN 1469-3178
Editor: EMBO Press
DOI: 10.1038/s44319-024-00086-w

Optimized metrics for orthogonal combinatorial CRISPR screens

Autores: Ronay Cetin, Martin Wegner, Leah Luwisch, Sarada Saud, Tatjana Achmedov, Sebastian Süsser, Antonella Vera-Guapi, Konstantin Müller, Yves Matthess, Eva Quandt, Simone Schaubeck, Chase L. Beisel, Manuel Kaulich
Publicado en: Scientific Reports, Edición 13, 2023, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-34597-8

RNA recording in single bacterial cells using reprogrammed tracrRNAs

Autores: Chunlei Jiao, Claas Reckstadt, Fabian König, Christina Homberger, Jiaqi Yu, Jörg Vogel, Alexander J. Westermann, Cynthia M. Sharma & Chase L. Beisel
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-022-01604-8

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autores: Oleg Dmytrenko, Gina C. Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J. Keiser, Valerie M. Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G. Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N. Gray, Matthew B. Begemann, Ryan N. Jackson, Chase L. Beisel
Publicado en: Nature, Edición 613, 2023, Página(s) 588-594, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05559-3

Phage anti-CRISPR control by an RNA- and DNA-binding helix–turn–helix protein

Autores: Nils Birkholz, Kotaro Kamata, Maximilian Feussner, Max E. Wilkinson, Christian Cuba Samaniego, Angela Migur, Dari Kimanius, Marijn Ceelen, Sam C. Went, Ben Usher, Tim R. Blower, Chris M. Brown, Chase L. Beisel, Zasha Weinberg, Robert D. Fagerlund, Simon A. Jackson, Peter C. Fineran
Publicado en: Nature, Edición 631, 2024, Página(s) 670-677, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07644-1

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autores: Oleg Dmytrenko, Gina C Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J Keiser, Valerie M Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N Gray, Matthew B Begemann, Ryan N Jackson, Chase L Beisel
Publicado en: Nature, Edición (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.06.13.495973

Expanding the flexibility of base editing for high-throughput genetic screens in bacteria

Autores: Sandra Gawlitt, Scott P Collins, Yanying Yu, Samuel A Blackman, Lars Barquist, Chase L Beisel
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 52, 2024, Página(s) 4079-4097, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae174

Non-peer reviewed articles (4)

Phages to the rescue: in situ editing of the gut microbiota

Autores: Charlotte Kamm, Chase L. Beisel
Publicado en: Trends in Microbiology, Edición 32, 2024, Página(s) 934-935, ISSN 0966-842X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2024.09.001

For the CRISPR Fan(zor)atics: RNA-guided DNA endonucleases discovered in eukaryotes

Autores: Constantinos Patinios, Chase L. Beisel
Publicado en: Molecular Cell, Edición 83, 2024, Página(s) 3046-3048, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.08.019

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency through data integration and automated machine learning

Autores: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase Beisel, Lars Barquist
Publicado en: BioRxiv, Edición Posted May 28, 2022, 2022, ISSN 2692-8205
Editor: CSHL press
DOI: 10.1101/2022.05.27.493707

The tracrRNA in CRISPR Biology and Technologies

Autores: Chunyu Liao, Chase L. Beisel
Publicado en: Annual Review of Genetics, Edición 55, 2021, Página(s) 161-181, ISSN 1545-2948
Editor: Annual Reviews
DOI: 10.1146/annurev-genet-071719-022559

Other (1)

Targeted DNA ADP-ribosylation triggers templated repair in bacteria and base mutagenesis in eukaryotes

Autores: Constantinos Patinios, Darshana Gupta, Harris V. Bassett, Scott P. Collins, Charlotte Kamm, Anuja Kibe, Yanyan Wang, Chengsong Zhao, Katie Vollen, Christophe Toussaint, Kathryn M. Polkoff, Thuan Nguyen, Irene Calvin, Angela Migur, Ibrahim S. Al’Abri, Tatjana Achmedov, Alessandro Del Re, Antoine-Emmanuel Saliba, Nathan Crook, Anna N. Stepanova, Jose M. Alonso, Chase L. Beisel
Publicado en: BioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.17.623984