Interrogating native CRISPR arrays to achieve scalable combinatorial screens and dissect genetic redundancy

Informazioni relative al progetto

CRISPRcombo

ID dell’accordo di sovvenzione: 865973

DOI

10.3030/865973

Data della firma CE 19 Dicembre 2019

Data di avvio 1 Giugno 2020

Data di completamento 31 Marzo 2026

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 000 000,00

Contributo UE

€ 2 000 000,00

Coordinato da

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (19)

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency from depletion screens through mixed-effect machine learning and data integration

Autori: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase L. Beisel, Lars Barquist
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 25, 2024, Pagina/e 13, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-03153-y

Differentially Optimized Cell-Free Buffer Enables Robust Expression from Unprotected Linear DNA in Exonuclease-Deficient Extracts

Autori: Angelo Cardoso Batista, Antoine Levrier, Paul Soudier, Peter L. Voyvodic, Tatjana Achmedov, Tristan Reif-Trauttmansdorff, Angelique DeVisch, Martin Cohen-Gonsaud, Jean-Loup Faulon, Chase L. Beisel, Jerome Bonnet, Manish Kushwaha
Pubblicato in: ACS Synthetic Biology, 2022, Pagina/e (in press), ISSN 2161-5063
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00448

Synthetic biology landscape and community in Germany

Autori: Nicolas Krink, Anne C.Löchner, Hendrik Cooper, Chase L.Beisel, Barbara Di Ventura
Pubblicato in: Biotechnology Notes, Numero 3, 2022, Pagina/e 8-14, ISSN 2665-9069
Editore: KeAi Communications
DOI: 10.1016/j.biotno.2021.12.001

TracrRNA reprogramming enables direct PAM-independent detection of RNA with diverse DNA-targeting Cas12 nucleases

Autori: Chunlei Jiao, Natalia L. Peeck, Jiaqi Yu, Mohammad Ghaem Maghami, Sarah Kono, Daphne Collias, Sandra L. Martinez Diaz, Rachael Larose, Chase L. Beisel
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, Pagina/e 5909, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50243-x

Spacer prioritization in CRISPR–Cas9 immunity is enabled by the leader RNA

Autori: Chunyu Liao, Sahil Sharma, Sarah L. Svensson, Anuja Kibe, Zasha Weinberg, Omer S. Alkhnbashi, Thorsten Bischler, Rolf Backofen, Neva Caliskan, Cynthia M. Sharma, Chase L. Beisel
Pubblicato in: Nature Microbiology, Numero 7(4), 2022, Pagina/e 530-541, ISSN 2058-5276
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-022-01074-3

MprF-mediated immune evasion is necessary for Lactiplantibacillus plantarum resilience in the Drosophila gut during inflammation

Autori: Aranzazu Arias-Rojas, Adini Q. Arifah, Georgia Angelidou, Belal Alshaar, Ursula Schombel, Emma Forest, Dagmar Frahm, Volker Brinkmann, Nicole Paczia, Chase L. Beisel, Nicolas Gisch, Igor Iatsenko
Pubblicato in: PLOS Pathogens, Numero 20, 2024, Pagina/e e1012462, ISSN 1553-7374
Editore: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1012462

Rapid cell-free characterization of multi-subunit CRISPR effectors and transposons

Autori: Franziska Wimmer, Ioannis Mougiakos, Frank Englert, Chase L. Beisel
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 82(6), 2022, Pagina/e 1210-1224.e6, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.01.026

CRISPR-based screening of small RNA modulators of bile susceptibility in <i>Bacteroides thetaiotaomicron</i>

Autori: Gianluca Prezza, Chunyu Liao, Sarah Reichardt, Chase L. Beisel, Alexander J. Westermann
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 121, 2024, Pagina/e e2311323121, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2311323121

Shortened CRISPR-Cas9 arrays enable multiplexed gene targeting in bacteria from a smaller DNA footprint

Autori: Sandra Gawlitt, Chunyu Liao, Tatjana Achmedov, Chase L. Beisel
Pubblicato in: RNA Biology, Numero 20, 2025, Pagina/e 666-680, ISSN 1547-6286
Editore: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2023.2247247

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Autori: Wen Y. Wu; Prarthana Mohanraju; Chunyu Liao; Belén Adiego-Pérez; Sjoerd C.A. Creutzburg; Kira S. Makarova; Karlijn Keessen; Timon A. Lindeboom; Tahseen S. Khan; Stijn Prinsen; Rob Joosten; Winston X. Yan; Anzhela Migur; Charlie Laffeber; David A. Scott; Joyce H.G. Lebbink; Eugene V. Koonin; Chase L. Beisel; John van der Oost
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 82(23), 2022, Pagina/e 4487-4502, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.003

A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate recognition for nucleic acid editing and detection

Autori: Ylenia Jabalera, Igor Tascón, Sara Samperio, Jorge P. López-Alonso, Monika Gonzalez-Lopez, Ana M. Aransay, Guillermo Abascal-Palacios, Chase L. Beisel, Iban Ubarretxena-Belandia, Raul Perez-Jimenez
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero (in press), 2024, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02461-3

RNA targeting unleashes indiscriminate nuclease activity of CRISPR–Cas12a2

Autori: Jack PK Bravo, Thomson Hallmark, Bronson Naegle, Chase L Beisel, Ryan N Jackson, David W Taylor
Pubblicato in: Nature, Numero (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05560-w

A Hitchhiker’s guide to CRISPR editing tools in bacteria

Autori: Nicolas Krink, Pablo Iván Nikel, Chase L Beisel
Pubblicato in: EMBO Reports, Numero 25, 2024, Pagina/e 1694-1699, ISSN 1469-3178
Editore: EMBO Press
DOI: 10.1038/s44319-024-00086-w

Optimized metrics for orthogonal combinatorial CRISPR screens

Autori: Ronay Cetin, Martin Wegner, Leah Luwisch, Sarada Saud, Tatjana Achmedov, Sebastian Süsser, Antonella Vera-Guapi, Konstantin Müller, Yves Matthess, Eva Quandt, Simone Schaubeck, Chase L. Beisel, Manuel Kaulich
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 13, 2023, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-34597-8

RNA recording in single bacterial cells using reprogrammed tracrRNAs

Autori: Chunlei Jiao, Claas Reckstadt, Fabian König, Christina Homberger, Jiaqi Yu, Jörg Vogel, Alexander J. Westermann, Cynthia M. Sharma & Chase L. Beisel
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-022-01604-8

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autori: Oleg Dmytrenko, Gina C. Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J. Keiser, Valerie M. Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G. Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N. Gray, Matthew B. Begemann, Ryan N. Jackson, Chase L. Beisel
Pubblicato in: Nature, Numero 613, 2023, Pagina/e 588-594, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05559-3

Phage anti-CRISPR control by an RNA- and DNA-binding helix–turn–helix protein

Autori: Nils Birkholz, Kotaro Kamata, Maximilian Feussner, Max E. Wilkinson, Christian Cuba Samaniego, Angela Migur, Dari Kimanius, Marijn Ceelen, Sam C. Went, Ben Usher, Tim R. Blower, Chris M. Brown, Chase L. Beisel, Zasha Weinberg, Robert D. Fagerlund, Simon A. Jackson, Peter C. Fineran
Pubblicato in: Nature, Numero 631, 2024, Pagina/e 670-677, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07644-1

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autori: Oleg Dmytrenko, Gina C Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J Keiser, Valerie M Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N Gray, Matthew B Begemann, Ryan N Jackson, Chase L Beisel
Pubblicato in: Nature, Numero (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.06.13.495973

Expanding the flexibility of base editing for high-throughput genetic screens in bacteria

Autori: Sandra Gawlitt, Scott P Collins, Yanying Yu, Samuel A Blackman, Lars Barquist, Chase L Beisel
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 4079-4097, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae174

Non-peer reviewed articles (4)

Phages to the rescue: in situ editing of the gut microbiota

Autori: Charlotte Kamm, Chase L. Beisel
Pubblicato in: Trends in Microbiology, Numero 32, 2024, Pagina/e 934-935, ISSN 0966-842X
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2024.09.001

For the CRISPR Fan(zor)atics: RNA-guided DNA endonucleases discovered in eukaryotes

Autori: Constantinos Patinios, Chase L. Beisel
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 83, 2024, Pagina/e 3046-3048, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.08.019

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency through data integration and automated machine learning

Autori: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase Beisel, Lars Barquist
Pubblicato in: BioRxiv, Numero Posted May 28, 2022, 2022, ISSN 2692-8205
Editore: CSHL press
DOI: 10.1101/2022.05.27.493707

The tracrRNA in CRISPR Biology and Technologies

Autori: Chunyu Liao, Chase L. Beisel
Pubblicato in: Annual Review of Genetics, Numero 55, 2021, Pagina/e 161-181, ISSN 1545-2948
Editore: Annual Reviews
DOI: 10.1146/annurev-genet-071719-022559

Other (1)

Targeted DNA ADP-ribosylation triggers templated repair in bacteria and base mutagenesis in eukaryotes

Autori: Constantinos Patinios, Darshana Gupta, Harris V. Bassett, Scott P. Collins, Charlotte Kamm, Anuja Kibe, Yanyan Wang, Chengsong Zhao, Katie Vollen, Christophe Toussaint, Kathryn M. Polkoff, Thuan Nguyen, Irene Calvin, Angela Migur, Ibrahim S. Al’Abri, Tatjana Achmedov, Alessandro Del Re, Antoine-Emmanuel Saliba, Nathan Crook, Anna N. Stepanova, Jose M. Alonso, Chase L. Beisel
Pubblicato in: BioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.17.623984