Interrogating native CRISPR arrays to achieve scalable combinatorial screens and dissect genetic redundancy

Informations projet

CRISPRcombo

N° de convention de subvention: 865973

DOI

10.3030/865973

Date de signature de la CE 19 Decembre 2019

Date de début 1 Juin 2020

Date de fin 31 Mars 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (19)

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency from depletion screens through mixed-effect machine learning and data integration

Auteurs: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase L. Beisel, Lars Barquist
Publié dans: Genome Biology, Numéro 25, 2024, Page(s) 13, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-03153-y

Differentially Optimized Cell-Free Buffer Enables Robust Expression from Unprotected Linear DNA in Exonuclease-Deficient Extracts

Auteurs: Angelo Cardoso Batista, Antoine Levrier, Paul Soudier, Peter L. Voyvodic, Tatjana Achmedov, Tristan Reif-Trauttmansdorff, Angelique DeVisch, Martin Cohen-Gonsaud, Jean-Loup Faulon, Chase L. Beisel, Jerome Bonnet, Manish Kushwaha
Publié dans: ACS Synthetic Biology, 2022, Page(s) (in press), ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00448

Synthetic biology landscape and community in Germany

Auteurs: Nicolas Krink, Anne C.Löchner, Hendrik Cooper, Chase L.Beisel, Barbara Di Ventura
Publié dans: Biotechnology Notes, Numéro 3, 2022, Page(s) 8-14, ISSN 2665-9069
Éditeur: KeAi Communications
DOI: 10.1016/j.biotno.2021.12.001

TracrRNA reprogramming enables direct PAM-independent detection of RNA with diverse DNA-targeting Cas12 nucleases

Auteurs: Chunlei Jiao, Natalia L. Peeck, Jiaqi Yu, Mohammad Ghaem Maghami, Sarah Kono, Daphne Collias, Sandra L. Martinez Diaz, Rachael Larose, Chase L. Beisel
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, Page(s) 5909, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50243-x

Spacer prioritization in CRISPR–Cas9 immunity is enabled by the leader RNA

Auteurs: Chunyu Liao, Sahil Sharma, Sarah L. Svensson, Anuja Kibe, Zasha Weinberg, Omer S. Alkhnbashi, Thorsten Bischler, Rolf Backofen, Neva Caliskan, Cynthia M. Sharma, Chase L. Beisel
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 7(4), 2022, Page(s) 530-541, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-022-01074-3

MprF-mediated immune evasion is necessary for Lactiplantibacillus plantarum resilience in the Drosophila gut during inflammation

Auteurs: Aranzazu Arias-Rojas, Adini Q. Arifah, Georgia Angelidou, Belal Alshaar, Ursula Schombel, Emma Forest, Dagmar Frahm, Volker Brinkmann, Nicole Paczia, Chase L. Beisel, Nicolas Gisch, Igor Iatsenko
Publié dans: PLOS Pathogens, Numéro 20, 2024, Page(s) e1012462, ISSN 1553-7374
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1012462

Rapid cell-free characterization of multi-subunit CRISPR effectors and transposons

Auteurs: Franziska Wimmer, Ioannis Mougiakos, Frank Englert, Chase L. Beisel
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 82(6), 2022, Page(s) 1210-1224.e6, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.01.026

CRISPR-based screening of small RNA modulators of bile susceptibility in <i>Bacteroides thetaiotaomicron</i>

Auteurs: Gianluca Prezza, Chunyu Liao, Sarah Reichardt, Chase L. Beisel, Alexander J. Westermann
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, Page(s) e2311323121, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2311323121

Shortened CRISPR-Cas9 arrays enable multiplexed gene targeting in bacteria from a smaller DNA footprint

Auteurs: Sandra Gawlitt, Chunyu Liao, Tatjana Achmedov, Chase L. Beisel
Publié dans: RNA Biology, Numéro 20, 2025, Page(s) 666-680, ISSN 1547-6286
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2023.2247247

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Auteurs: Wen Y. Wu; Prarthana Mohanraju; Chunyu Liao; Belén Adiego-Pérez; Sjoerd C.A. Creutzburg; Kira S. Makarova; Karlijn Keessen; Timon A. Lindeboom; Tahseen S. Khan; Stijn Prinsen; Rob Joosten; Winston X. Yan; Anzhela Migur; Charlie Laffeber; David A. Scott; Joyce H.G. Lebbink; Eugene V. Koonin; Chase L. Beisel; John van der Oost
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 82(23), 2022, Page(s) 4487-4502, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.003

A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate recognition for nucleic acid editing and detection

Auteurs: Ylenia Jabalera, Igor Tascón, Sara Samperio, Jorge P. López-Alonso, Monika Gonzalez-Lopez, Ana M. Aransay, Guillermo Abascal-Palacios, Chase L. Beisel, Iban Ubarretxena-Belandia, Raul Perez-Jimenez
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro (in press), 2024, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02461-3

RNA targeting unleashes indiscriminate nuclease activity of CRISPR–Cas12a2

Auteurs: Jack PK Bravo, Thomson Hallmark, Bronson Naegle, Chase L Beisel, Ryan N Jackson, David W Taylor
Publié dans: Nature, Numéro (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05560-w

A Hitchhiker’s guide to CRISPR editing tools in bacteria

Auteurs: Nicolas Krink, Pablo Iván Nikel, Chase L Beisel
Publié dans: EMBO Reports, Numéro 25, 2024, Page(s) 1694-1699, ISSN 1469-3178
Éditeur: EMBO Press
DOI: 10.1038/s44319-024-00086-w

Optimized metrics for orthogonal combinatorial CRISPR screens

Auteurs: Ronay Cetin, Martin Wegner, Leah Luwisch, Sarada Saud, Tatjana Achmedov, Sebastian Süsser, Antonella Vera-Guapi, Konstantin Müller, Yves Matthess, Eva Quandt, Simone Schaubeck, Chase L. Beisel, Manuel Kaulich
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 13, 2023, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-34597-8

RNA recording in single bacterial cells using reprogrammed tracrRNAs

Auteurs: Chunlei Jiao, Claas Reckstadt, Fabian König, Christina Homberger, Jiaqi Yu, Jörg Vogel, Alexander J. Westermann, Cynthia M. Sharma & Chase L. Beisel
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-022-01604-8

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Auteurs: Oleg Dmytrenko, Gina C. Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J. Keiser, Valerie M. Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G. Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N. Gray, Matthew B. Begemann, Ryan N. Jackson, Chase L. Beisel
Publié dans: Nature, Numéro 613, 2023, Page(s) 588-594, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05559-3

Phage anti-CRISPR control by an RNA- and DNA-binding helix–turn–helix protein

Auteurs: Nils Birkholz, Kotaro Kamata, Maximilian Feussner, Max E. Wilkinson, Christian Cuba Samaniego, Angela Migur, Dari Kimanius, Marijn Ceelen, Sam C. Went, Ben Usher, Tim R. Blower, Chris M. Brown, Chase L. Beisel, Zasha Weinberg, Robert D. Fagerlund, Simon A. Jackson, Peter C. Fineran
Publié dans: Nature, Numéro 631, 2024, Page(s) 670-677, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07644-1

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Auteurs: Oleg Dmytrenko, Gina C Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J Keiser, Valerie M Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N Gray, Matthew B Begemann, Ryan N Jackson, Chase L Beisel
Publié dans: Nature, Numéro (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.06.13.495973

Expanding the flexibility of base editing for high-throughput genetic screens in bacteria

Auteurs: Sandra Gawlitt, Scott P Collins, Yanying Yu, Samuel A Blackman, Lars Barquist, Chase L Beisel
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 4079-4097, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae174

Non-peer reviewed articles (4)

Phages to the rescue: in situ editing of the gut microbiota

Auteurs: Charlotte Kamm, Chase L. Beisel
Publié dans: Trends in Microbiology, Numéro 32, 2024, Page(s) 934-935, ISSN 0966-842X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2024.09.001

For the CRISPR Fan(zor)atics: RNA-guided DNA endonucleases discovered in eukaryotes

Auteurs: Constantinos Patinios, Chase L. Beisel
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 83, 2024, Page(s) 3046-3048, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.08.019

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency through data integration and automated machine learning

Auteurs: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase Beisel, Lars Barquist
Publié dans: BioRxiv, Numéro Posted May 28, 2022, 2022, ISSN 2692-8205
Éditeur: CSHL press
DOI: 10.1101/2022.05.27.493707

The tracrRNA in CRISPR Biology and Technologies

Auteurs: Chunyu Liao, Chase L. Beisel
Publié dans: Annual Review of Genetics, Numéro 55, 2021, Page(s) 161-181, ISSN 1545-2948
Éditeur: Annual Reviews
DOI: 10.1146/annurev-genet-071719-022559

Other (1)

Targeted DNA ADP-ribosylation triggers templated repair in bacteria and base mutagenesis in eukaryotes

Auteurs: Constantinos Patinios, Darshana Gupta, Harris V. Bassett, Scott P. Collins, Charlotte Kamm, Anuja Kibe, Yanyan Wang, Chengsong Zhao, Katie Vollen, Christophe Toussaint, Kathryn M. Polkoff, Thuan Nguyen, Irene Calvin, Angela Migur, Ibrahim S. Al’Abri, Tatjana Achmedov, Alessandro Del Re, Antoine-Emmanuel Saliba, Nathan Crook, Anna N. Stepanova, Jose M. Alonso, Chase L. Beisel
Publié dans: BioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.17.623984