Interrogating native CRISPR arrays to achieve scalable combinatorial screens and dissect genetic redundancy

Informacje na temat projektu

CRISPRcombo

Identyfikator umowy o grant: 865973

DOI

10.3030/865973

Data podpisania przez KE 19 Grudnia 2019

Data rozpoczęcia 1 Czerwca 2020

Data zakończenia 31 Marca 2026

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 000 000,00

Wkład UE

€ 2 000 000,00

Koordynowany przez

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (19)

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency from depletion screens through mixed-effect machine learning and data integration

Autorzy: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase L. Beisel, Lars Barquist
Opublikowane w: Genome Biology, Numer 25, 2024, Strona(/y) 13, ISSN 1474-760X
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-03153-y

Differentially Optimized Cell-Free Buffer Enables Robust Expression from Unprotected Linear DNA in Exonuclease-Deficient Extracts

Autorzy: Angelo Cardoso Batista, Antoine Levrier, Paul Soudier, Peter L. Voyvodic, Tatjana Achmedov, Tristan Reif-Trauttmansdorff, Angelique DeVisch, Martin Cohen-Gonsaud, Jean-Loup Faulon, Chase L. Beisel, Jerome Bonnet, Manish Kushwaha
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, 2022, Strona(/y) (in press), ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00448

Synthetic biology landscape and community in Germany

Autorzy: Nicolas Krink, Anne C.Löchner, Hendrik Cooper, Chase L.Beisel, Barbara Di Ventura
Opublikowane w: Biotechnology Notes, Numer 3, 2022, Strona(/y) 8-14, ISSN 2665-9069
Wydawca: KeAi Communications
DOI: 10.1016/j.biotno.2021.12.001

TracrRNA reprogramming enables direct PAM-independent detection of RNA with diverse DNA-targeting Cas12 nucleases

Autorzy: Chunlei Jiao, Natalia L. Peeck, Jiaqi Yu, Mohammad Ghaem Maghami, Sarah Kono, Daphne Collias, Sandra L. Martinez Diaz, Rachael Larose, Chase L. Beisel
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, Strona(/y) 5909, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50243-x

Spacer prioritization in CRISPR–Cas9 immunity is enabled by the leader RNA

Autorzy: Chunyu Liao, Sahil Sharma, Sarah L. Svensson, Anuja Kibe, Zasha Weinberg, Omer S. Alkhnbashi, Thorsten Bischler, Rolf Backofen, Neva Caliskan, Cynthia M. Sharma, Chase L. Beisel
Opublikowane w: Nature Microbiology, Numer 7(4), 2022, Strona(/y) 530-541, ISSN 2058-5276
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-022-01074-3

MprF-mediated immune evasion is necessary for Lactiplantibacillus plantarum resilience in the Drosophila gut during inflammation

Autorzy: Aranzazu Arias-Rojas, Adini Q. Arifah, Georgia Angelidou, Belal Alshaar, Ursula Schombel, Emma Forest, Dagmar Frahm, Volker Brinkmann, Nicole Paczia, Chase L. Beisel, Nicolas Gisch, Igor Iatsenko
Opublikowane w: PLOS Pathogens, Numer 20, 2024, Strona(/y) e1012462, ISSN 1553-7374
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1012462

Rapid cell-free characterization of multi-subunit CRISPR effectors and transposons

Autorzy: Franziska Wimmer, Ioannis Mougiakos, Frank Englert, Chase L. Beisel
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 82(6), 2022, Strona(/y) 1210-1224.e6, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.01.026

CRISPR-based screening of small RNA modulators of bile susceptibility in <i>Bacteroides thetaiotaomicron</i>

Autorzy: Gianluca Prezza, Chunyu Liao, Sarah Reichardt, Chase L. Beisel, Alexander J. Westermann
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 121, 2024, Strona(/y) e2311323121, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2311323121

Shortened CRISPR-Cas9 arrays enable multiplexed gene targeting in bacteria from a smaller DNA footprint

Autorzy: Sandra Gawlitt, Chunyu Liao, Tatjana Achmedov, Chase L. Beisel
Opublikowane w: RNA Biology, Numer 20, 2025, Strona(/y) 666-680, ISSN 1547-6286
Wydawca: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2023.2247247

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Autorzy: Wen Y. Wu; Prarthana Mohanraju; Chunyu Liao; Belén Adiego-Pérez; Sjoerd C.A. Creutzburg; Kira S. Makarova; Karlijn Keessen; Timon A. Lindeboom; Tahseen S. Khan; Stijn Prinsen; Rob Joosten; Winston X. Yan; Anzhela Migur; Charlie Laffeber; David A. Scott; Joyce H.G. Lebbink; Eugene V. Koonin; Chase L. Beisel; John van der Oost
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 82(23), 2022, Strona(/y) 4487-4502, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.003

A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate recognition for nucleic acid editing and detection

Autorzy: Ylenia Jabalera, Igor Tascón, Sara Samperio, Jorge P. López-Alonso, Monika Gonzalez-Lopez, Ana M. Aransay, Guillermo Abascal-Palacios, Chase L. Beisel, Iban Ubarretxena-Belandia, Raul Perez-Jimenez
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer (in press), 2024, ISSN 1087-0156
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02461-3

RNA targeting unleashes indiscriminate nuclease activity of CRISPR–Cas12a2

Autorzy: Jack PK Bravo, Thomson Hallmark, Bronson Naegle, Chase L Beisel, Ryan N Jackson, David W Taylor
Opublikowane w: Nature, Numer (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05560-w

A Hitchhiker’s guide to CRISPR editing tools in bacteria

Autorzy: Nicolas Krink, Pablo Iván Nikel, Chase L Beisel
Opublikowane w: EMBO Reports, Numer 25, 2024, Strona(/y) 1694-1699, ISSN 1469-3178
Wydawca: EMBO Press
DOI: 10.1038/s44319-024-00086-w

Optimized metrics for orthogonal combinatorial CRISPR screens

Autorzy: Ronay Cetin, Martin Wegner, Leah Luwisch, Sarada Saud, Tatjana Achmedov, Sebastian Süsser, Antonella Vera-Guapi, Konstantin Müller, Yves Matthess, Eva Quandt, Simone Schaubeck, Chase L. Beisel, Manuel Kaulich
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 13, 2023, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-34597-8

RNA recording in single bacterial cells using reprogrammed tracrRNAs

Autorzy: Chunlei Jiao, Claas Reckstadt, Fabian König, Christina Homberger, Jiaqi Yu, Jörg Vogel, Alexander J. Westermann, Cynthia M. Sharma & Chase L. Beisel
Opublikowane w: Nature Biotechnology, Numer (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-022-01604-8

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autorzy: Oleg Dmytrenko, Gina C. Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J. Keiser, Valerie M. Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G. Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N. Gray, Matthew B. Begemann, Ryan N. Jackson, Chase L. Beisel
Opublikowane w: Nature, Numer 613, 2023, Strona(/y) 588-594, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05559-3

Phage anti-CRISPR control by an RNA- and DNA-binding helix–turn–helix protein

Autorzy: Nils Birkholz, Kotaro Kamata, Maximilian Feussner, Max E. Wilkinson, Christian Cuba Samaniego, Angela Migur, Dari Kimanius, Marijn Ceelen, Sam C. Went, Ben Usher, Tim R. Blower, Chris M. Brown, Chase L. Beisel, Zasha Weinberg, Robert D. Fagerlund, Simon A. Jackson, Peter C. Fineran
Opublikowane w: Nature, Numer 631, 2024, Strona(/y) 670-677, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07644-1

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autorzy: Oleg Dmytrenko, Gina C Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J Keiser, Valerie M Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N Gray, Matthew B Begemann, Ryan N Jackson, Chase L Beisel
Opublikowane w: Nature, Numer (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.06.13.495973

Expanding the flexibility of base editing for high-throughput genetic screens in bacteria

Autorzy: Sandra Gawlitt, Scott P Collins, Yanying Yu, Samuel A Blackman, Lars Barquist, Chase L Beisel
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 52, 2024, Strona(/y) 4079-4097, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae174

Non-peer reviewed articles (4)

Phages to the rescue: in situ editing of the gut microbiota

Autorzy: Charlotte Kamm, Chase L. Beisel
Opublikowane w: Trends in Microbiology, Numer 32, 2024, Strona(/y) 934-935, ISSN 0966-842X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2024.09.001

For the CRISPR Fan(zor)atics: RNA-guided DNA endonucleases discovered in eukaryotes

Autorzy: Constantinos Patinios, Chase L. Beisel
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 83, 2024, Strona(/y) 3046-3048, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.08.019

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency through data integration and automated machine learning

Autorzy: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase Beisel, Lars Barquist
Opublikowane w: BioRxiv, Numer Posted May 28, 2022, 2022, ISSN 2692-8205
Wydawca: CSHL press
DOI: 10.1101/2022.05.27.493707

The tracrRNA in CRISPR Biology and Technologies

Autorzy: Chunyu Liao, Chase L. Beisel
Opublikowane w: Annual Review of Genetics, Numer 55, 2021, Strona(/y) 161-181, ISSN 1545-2948
Wydawca: Annual Reviews
DOI: 10.1146/annurev-genet-071719-022559

Other (1)

Targeted DNA ADP-ribosylation triggers templated repair in bacteria and base mutagenesis in eukaryotes

Autorzy: Constantinos Patinios, Darshana Gupta, Harris V. Bassett, Scott P. Collins, Charlotte Kamm, Anuja Kibe, Yanyan Wang, Chengsong Zhao, Katie Vollen, Christophe Toussaint, Kathryn M. Polkoff, Thuan Nguyen, Irene Calvin, Angela Migur, Ibrahim S. Al’Abri, Tatjana Achmedov, Alessandro Del Re, Antoine-Emmanuel Saliba, Nathan Crook, Anna N. Stepanova, Jose M. Alonso, Chase L. Beisel
Opublikowane w: BioRxiv, 2024
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.17.623984