Interrogating native CRISPR arrays to achieve scalable combinatorial screens and dissect genetic redundancy

Projektinformationen

CRISPRcombo

ID Finanzhilfevereinbarung: 865973

DOI

10.3030/865973

EK-Unterschriftsdatum 19 Dezember 2019

Startdatum 1 Juni 2020

Enddatum 31 März 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (19)

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency from depletion screens through mixed-effect machine learning and data integration

Autoren: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase L. Beisel, Lars Barquist
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 25, 2024, Seite(n) 13, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-023-03153-y

Differentially Optimized Cell-Free Buffer Enables Robust Expression from Unprotected Linear DNA in Exonuclease-Deficient Extracts

Autoren: Angelo Cardoso Batista, Antoine Levrier, Paul Soudier, Peter L. Voyvodic, Tatjana Achmedov, Tristan Reif-Trauttmansdorff, Angelique DeVisch, Martin Cohen-Gonsaud, Jean-Loup Faulon, Chase L. Beisel, Jerome Bonnet, Manish Kushwaha
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, 2022, Seite(n) (in press), ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.1c00448

Synthetic biology landscape and community in Germany

Autoren: Nicolas Krink, Anne C.Löchner, Hendrik Cooper, Chase L.Beisel, Barbara Di Ventura
Veröffentlicht in: Biotechnology Notes, Ausgabe 3, 2022, Seite(n) 8-14, ISSN 2665-9069
Herausgeber: KeAi Communications
DOI: 10.1016/j.biotno.2021.12.001

TracrRNA reprogramming enables direct PAM-independent detection of RNA with diverse DNA-targeting Cas12 nucleases

Autoren: Chunlei Jiao, Natalia L. Peeck, Jiaqi Yu, Mohammad Ghaem Maghami, Sarah Kono, Daphne Collias, Sandra L. Martinez Diaz, Rachael Larose, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 5909, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50243-x

Spacer prioritization in CRISPR–Cas9 immunity is enabled by the leader RNA

Autoren: Chunyu Liao, Sahil Sharma, Sarah L. Svensson, Anuja Kibe, Zasha Weinberg, Omer S. Alkhnbashi, Thorsten Bischler, Rolf Backofen, Neva Caliskan, Cynthia M. Sharma, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 7(4), 2022, Seite(n) 530-541, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-022-01074-3

MprF-mediated immune evasion is necessary for Lactiplantibacillus plantarum resilience in the Drosophila gut during inflammation

Autoren: Aranzazu Arias-Rojas, Adini Q. Arifah, Georgia Angelidou, Belal Alshaar, Ursula Schombel, Emma Forest, Dagmar Frahm, Volker Brinkmann, Nicole Paczia, Chase L. Beisel, Nicolas Gisch, Igor Iatsenko
Veröffentlicht in: PLOS Pathogens, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) e1012462, ISSN 1553-7374
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1012462

Rapid cell-free characterization of multi-subunit CRISPR effectors and transposons

Autoren: Franziska Wimmer, Ioannis Mougiakos, Frank Englert, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 82(6), 2022, Seite(n) 1210-1224.e6, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.01.026

CRISPR-based screening of small RNA modulators of bile susceptibility in <i>Bacteroides thetaiotaomicron</i>

Autoren: Gianluca Prezza, Chunyu Liao, Sarah Reichardt, Chase L. Beisel, Alexander J. Westermann
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 121, 2024, Seite(n) e2311323121, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2311323121

Shortened CRISPR-Cas9 arrays enable multiplexed gene targeting in bacteria from a smaller DNA footprint

Autoren: Sandra Gawlitt, Chunyu Liao, Tatjana Achmedov, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: RNA Biology, Ausgabe 20, 2025, Seite(n) 666-680, ISSN 1547-6286
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2023.2247247

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Autoren: Wen Y. Wu; Prarthana Mohanraju; Chunyu Liao; Belén Adiego-Pérez; Sjoerd C.A. Creutzburg; Kira S. Makarova; Karlijn Keessen; Timon A. Lindeboom; Tahseen S. Khan; Stijn Prinsen; Rob Joosten; Winston X. Yan; Anzhela Migur; Charlie Laffeber; David A. Scott; Joyce H.G. Lebbink; Eugene V. Koonin; Chase L. Beisel; John van der Oost
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 82(23), 2022, Seite(n) 4487-4502, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.11.003

A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate recognition for nucleic acid editing and detection

Autoren: Ylenia Jabalera, Igor Tascón, Sara Samperio, Jorge P. López-Alonso, Monika Gonzalez-Lopez, Ana M. Aransay, Guillermo Abascal-Palacios, Chase L. Beisel, Iban Ubarretxena-Belandia, Raul Perez-Jimenez
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe (in press), 2024, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-024-02461-3

RNA targeting unleashes indiscriminate nuclease activity of CRISPR–Cas12a2

Autoren: Jack PK Bravo, Thomson Hallmark, Bronson Naegle, Chase L Beisel, Ryan N Jackson, David W Taylor
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05560-w

A Hitchhiker’s guide to CRISPR editing tools in bacteria

Autoren: Nicolas Krink, Pablo Iván Nikel, Chase L Beisel
Veröffentlicht in: EMBO Reports, Ausgabe 25, 2024, Seite(n) 1694-1699, ISSN 1469-3178
Herausgeber: EMBO Press
DOI: 10.1038/s44319-024-00086-w

Optimized metrics for orthogonal combinatorial CRISPR screens

Autoren: Ronay Cetin, Martin Wegner, Leah Luwisch, Sarada Saud, Tatjana Achmedov, Sebastian Süsser, Antonella Vera-Guapi, Konstantin Müller, Yves Matthess, Eva Quandt, Simone Schaubeck, Chase L. Beisel, Manuel Kaulich
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 13, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-34597-8

RNA recording in single bacterial cells using reprogrammed tracrRNAs

Autoren: Chunlei Jiao, Claas Reckstadt, Fabian König, Christina Homberger, Jiaqi Yu, Jörg Vogel, Alexander J. Westermann, Cynthia M. Sharma & Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-022-01604-8

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autoren: Oleg Dmytrenko, Gina C. Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J. Keiser, Valerie M. Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G. Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N. Gray, Matthew B. Begemann, Ryan N. Jackson, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 613, 2023, Seite(n) 588-594, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05559-3

Phage anti-CRISPR control by an RNA- and DNA-binding helix–turn–helix protein

Autoren: Nils Birkholz, Kotaro Kamata, Maximilian Feussner, Max E. Wilkinson, Christian Cuba Samaniego, Angela Migur, Dari Kimanius, Marijn Ceelen, Sam C. Went, Ben Usher, Tim R. Blower, Chris M. Brown, Chase L. Beisel, Zasha Weinberg, Robert D. Fagerlund, Simon A. Jackson, Peter C. Fineran
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 631, 2024, Seite(n) 670-677, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07644-1

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Autoren: Oleg Dmytrenko, Gina C Neumann, Thomson Hallmark, Dylan J Keiser, Valerie M Crowley, Elena Vialetto, Ioannis Mougiakos, Katharina G Wandera, Hannah Domgaard, Johannes Weber, Thomas Gaudin, Josie Metcalf, Benjamin N Gray, Matthew B Begemann, Ryan N Jackson, Chase L Beisel
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe (in press), 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.06.13.495973

Expanding the flexibility of base editing for high-throughput genetic screens in bacteria

Autoren: Sandra Gawlitt, Scott P Collins, Yanying Yu, Samuel A Blackman, Lars Barquist, Chase L Beisel
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 4079-4097, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae174

Non-peer reviewed articles (4)

Phages to the rescue: in situ editing of the gut microbiota

Autoren: Charlotte Kamm, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Trends in Microbiology, Ausgabe 32, 2024, Seite(n) 934-935, ISSN 0966-842X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2024.09.001

For the CRISPR Fan(zor)atics: RNA-guided DNA endonucleases discovered in eukaryotes

Autoren: Constantinos Patinios, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 83, 2024, Seite(n) 3046-3048, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.08.019

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency through data integration and automated machine learning

Autoren: Yanying Yu, Sandra Gawlitt, Lisa Barros de Andrade e Sousa, Erinc Merdivan, Marie Piraud, Chase Beisel, Lars Barquist
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe Posted May 28, 2022, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: CSHL press
DOI: 10.1101/2022.05.27.493707

The tracrRNA in CRISPR Biology and Technologies

Autoren: Chunyu Liao, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: Annual Review of Genetics, Ausgabe 55, 2021, Seite(n) 161-181, ISSN 1545-2948
Herausgeber: Annual Reviews
DOI: 10.1146/annurev-genet-071719-022559

Other (1)

Targeted DNA ADP-ribosylation triggers templated repair in bacteria and base mutagenesis in eukaryotes

Autoren: Constantinos Patinios, Darshana Gupta, Harris V. Bassett, Scott P. Collins, Charlotte Kamm, Anuja Kibe, Yanyan Wang, Chengsong Zhao, Katie Vollen, Christophe Toussaint, Kathryn M. Polkoff, Thuan Nguyen, Irene Calvin, Angela Migur, Ibrahim S. Al’Abri, Tatjana Achmedov, Alessandro Del Re, Antoine-Emmanuel Saliba, Nathan Crook, Anna N. Stepanova, Jose M. Alonso, Chase L. Beisel
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.17.623984