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Computational Hematopathology for Improved Diagnostics

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Book chapters (1)
Sickle Cell Disease Severity Prediction from Percoll Gradient Images Using Graph Convolutional Networks (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Ario Sadafi, Asya Makhro, Leonid Livshits, Nassir Navab, Anna Bogdanova, Shadi Albarqouni, Carsten Marr
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Domain Adaptation and Representation Transfer, and Affordable Healthcare and AI for Resource Diverse Global Health, 2023, Page(s) 216-225
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-87722-4_20

Peer reviewed articles (16)
Built to last? Reproducibility and Reusability of Deep Learning Algorithms in Computational Pathology (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sophia J. Wagner, Christian Matek, Sayedali Shetab Boushehri, Melanie Boxberg, Lorenz Lamm, Ario Sadafi, Dominik J. E. Waibel, Carsten Marr, Tingying Peng
Publié dans: Modern Pathology, 2024, ISSN 0893-3952
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.05.15.22275108

Mechanistic models of blood cell fate decisions in the era of single-cell data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Ingmar Glauche 1 , Carsten Marr 2
Publié dans: Current Opinion in Systems Biology , Numéro Monthly, 2021, ISSN 2452-3100
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coisb.2021.100355

Combined tumor-directed recruitment and protection from immune suppression enable CAR T cell efficacy in solid tumors (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Bruno L. Cadilha, Mohamed-Reda Benmebarek, Klara Dorman, Arman Oner, Theo Lorenzini, Hannah Obeck, Mira Vänttinen, Mauro Di Pilato, Jasper N. Pruessmann, Stefan Stoiber, Duc Huynh, Florian Märkl, Matthias Seifert, Katrin Manske, Javier Suarez-Gosalvez, Yi Zeng, Stefanie Lesch, Clara H. Karches, Constanze Heise, Adrian Gottschlich, Moritz Thomas, Carsten Marr, Jin Zhang, Dharmendra Pandey, Tobias
Publié dans: Science Advances, Numéro 7, 2024, ISSN 2375-2548
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abi5781

Modeling early treatment response in AML from cell-free tumor DNA (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Dantong Wang, Christian Rausch, Simon A. Buerger, Sebastian Tschuri, Maja Rothenberg-Thurley, Melanie Schulz, Jan Hasenauer, Frank Ziemann, Klaus H. Metzeler, Carsten Marr
Publié dans: iScience, Numéro 26, 2025, Page(s) 108271, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108271

H4K20 Methylation Is Differently Regulated by Dilution and Demethylation in Proliferating and Cell- Cycle-Arrested Xenopus Embryos (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lea Schuh 1 , Carolin Loos 2 , Daniil Pokrovsky 3 , Axel Imhof 3 , Ralph A W Rupp 3 , Carsten Marr 4
Publié dans: Cell Systems, Numéro Monthly, 2020, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier Inc
DOI: 10.1016/j.cels.2020.11.003

InstantDL - An easy-to-use deep learning pipeline for image segmentation and classification (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Dominik Jens Elias Waibel, Sayedali Shetab Boushehri & Carsten Marr
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro Monthly, 2021, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-04037-3

Spatial proteomics in neurons at single-protein resolution (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Eduard M. Unterauer, Sayedali Shetab Boushehri, Kristina Jevdokimenko, Luciano A. Masullo, Mahipal Ganji, Shama Sograte-Idrissi, Rafal Kowalewski, Sebastian Strauss, Susanne C.M. Reinhardt, Ana Perovic, Carsten Marr, Felipe Opazo, Eugenio F. Fornasiero, Ralf Jungmann
Publié dans: Cell, 2024, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1101/2023.05.17.541210

CHIP & HIPs: Clonal Hematopoiesis is Common in Hip Arthroplasty Patients and Associates with Autoimmune Disease

Auteurs: Judith S. Hecker, Luise Hartmann, Jennifer Rivière, Michèle C. Buck, Mark van der Garde, Maja Rothenberg-Thurley, Luise Fischer, Susann Winter, Bianka Ksienzyk, Frank Ziemann, Maria Solovey, Martina Rauner, Elena Tsourdi, Katja Sockel, Marie Schneider, Anne S. Kubasch, Martin Nolde, Dominikus Hausmann, Alexander C. Paulus, Jörg Lützner, Andreas Roth, Florian Bassermann, Karsten Spiekermann, Ca
Publié dans: Blood Journal, Numéro 8, 2021, ISSN 0006-4971
Éditeur: American Society of Hematology

Highly accurate differentiation of bone marrow cell morphologies using deep neural networks on a large image data set (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Christian Matek, Sebastian Krappe, Christian Münzenmayer, Torsten Haferlach, Carsten Marr
Publié dans: Blood, Numéro 138, 2021, Page(s) 1917-1927, ISSN 0006-4971
Éditeur: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2020010568

Make deep learning algorithms in computational pathology more reproducible and reusable (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sophia J. Wagner, Christian Matek, Sayedali Shetab Boushehri, Melanie Boxberg, Lorenz Lamm, Ario Sadafi, Dominik J. E. Waibel, Carsten Marr, Tingying Peng
Publié dans: Nature Medicine, Numéro 28, 2022, Page(s) 1744-1746, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-022-01905-0

Explainable AI identifies diagnostic cells of genetic AML subtypes (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Matthias Hehr, Ario Sadafi, Christian Matek, Peter Lienemann, Christian Pohlkamp, Torsten Haferlach, Karsten Spiekermann, Carsten Marr
Publié dans: PLOS Digital Health, Numéro 2, 2023, Page(s) e0000187, ISSN 2767-3170
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pdig.0000187

Highly accurate differentiation of bone marrow cell morphologies using deep neural networks on a large image dataset (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: "Christian Matek, Sebastian Krappe, Christian Münzenmayer, Torsten Haferlach, Carsten Marr"""
Publié dans: Blood Journal, Numéro Monthly, 2021, ISSN 0006-4971
Éditeur: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2020010568

Single-cell transcriptomic atlas-guided development of CAR-T cells for the treatment of acute myeloid leukemia (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Adrian Gottschlich, Moritz Thomas, Ruth Grünmeier, Stefanie Lesch, Lisa Rohrbacher, Veronika Igl, Daria Briukhovetska, Mohamed-Reda Benmebarek, Binje Vick, Sertac Dede, Katharina Müller, Tao Xu, Dario Dhoqina, Florian Märkl, Sophie Robinson, Andrea Sendelhofert, Heiko Schulz, Öykü Umut, Vladyslav Kavaka, Christina Angeliki Tsiverioti, Emanuele Carlini, Sayantan Nandi, Thaddäus Strzalkowski,
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 41, 2023, Page(s) 1618-1632, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01684-0

Explainable machine learning for profiling the immunological synapse and functional characterization of therapeutic antibodies (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Sayedali Shetab Boushehri, Katharina Essig, Nikolaos-Kosmas Chlis, Sylvia Herter, Marina Bacac, Fabian J. Theis, Elke Glasmacher, Carsten Marr, Fabian Schmich
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43429-2

Tens of images can suffice to train neural networks for malignant leukocyte detection (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Jens P. E. Schouten, Christian Matek, Luuk F. P. Jacobs, Michèle C. Buck, Dragan Bošnački, Carsten Marr
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 11, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-86995-5

Progressive disruption of hematopoietic architecture from clonal hematopoiesis to MDS (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Michèle C. Buck, Lisa Bast, Judith S. Hecker, Jennifer Rivière, Maja Rothenberg-Thurley, Luisa Vogel, Dantong Wang, Immanuel Andrä, Fabian J. Theis, Florian Bassermann, Klaus H. Metzeler, Robert A.J. Oostendorp, Carsten Marr, Katharina S. Götze
Publié dans: iScience, Numéro 26, 2024, Page(s) 107328, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.107328

Conference proceedings (2)
CHIP & HIPs: Clonal Hematopoiesis is Common in Hip Arthroplasty Patients and Associates with Autoimmune Disease (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Judith S. Hecker, Luise Hartmann, Jennifer Rivière, Michèle C. Buck, Mark van der Garde, Maja Rothenberg-Thurley, Luise Fischer, Susann Winter, Bianka Ksienzyk, Frank Ziemann, Maria Solovey, Martina Rauner, Elena Tsourdi, Katja Sockel, Marie Schneider, Anne S. Kubasch, Martin Nolde, Dominikus Hausmann, Alexander C. Paulus, Jörg Lützner, Andreas Roth, Florian Bassermann, Karsten Spiekermann, Ca
Publié dans: Blood Journal, Numéro Monthly, 2021, ISSN 0006-4971
Éditeur: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2020010163

Computational modeling of stem and progenitor cell kinetics identifies plausible hematopoietic lineage hierarchies (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lisa Bast 1 2 , Michèle C Buck 3 , Judith S Hecker 3 , Robert A J Oostendorp 3 , Katharina S Götze 3 4 , Carsten Marr 1 2
Publié dans: iScience , Numéro Monthly, 2021, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier Inc
DOI: 10.1016/j.isci.2021.102120

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Dernière mise à jour: 8 Août 2025

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