Computational Hematopathology for Improved Diagnostics

Projektinformationen

CompHematoPathology

ID Finanzhilfevereinbarung: 866411

DOI

10.3030/866411

EK-Unterschriftsdatum 4 Februar 2020

Startdatum 1 Juni 2020

Enddatum 31 Mai 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 981 213,00

EU-Beitrag

€ 1 981 213,00

Koordiniert durch

HELMHOLTZ ZENTRUM MUENCHEN DEUTSCHES FORSCHUNGSZENTRUM FUER GESUNDHEIT UND UMWELT GMBH
Germany

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Veröffentlichungen

Book chapters (1)

Sickle Cell Disease Severity Prediction from Percoll Gradient Images Using Graph Convolutional Networks

Autoren: Ario Sadafi, Asya Makhro, Leonid Livshits, Nassir Navab, Anna Bogdanova, Shadi Albarqouni, Carsten Marr
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, Domain Adaptation and Representation Transfer, and Affordable Healthcare and AI for Resource Diverse Global Health, 2023, Seite(n) 216-225
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-87722-4_20

Peer reviewed articles (16)

Built to last? Reproducibility and Reusability of Deep Learning Algorithms in Computational Pathology

Autoren: Sophia J. Wagner, Christian Matek, Sayedali Shetab Boushehri, Melanie Boxberg, Lorenz Lamm, Ario Sadafi, Dominik J. E. Waibel, Carsten Marr, Tingying Peng
Veröffentlicht in: Modern Pathology, 2024, ISSN 0893-3952
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.05.15.22275108

Mechanistic models of blood cell fate decisions in the era of single-cell data

Autoren: Ingmar Glauche 1 , Carsten Marr 2
Veröffentlicht in: Current Opinion in Systems Biology , Ausgabe Monthly, 2021, ISSN 2452-3100
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coisb.2021.100355

Combined tumor-directed recruitment and protection from immune suppression enable CAR T cell efficacy in solid tumors

Autoren: Bruno L. Cadilha, Mohamed-Reda Benmebarek, Klara Dorman, Arman Oner, Theo Lorenzini, Hannah Obeck, Mira Vänttinen, Mauro Di Pilato, Jasper N. Pruessmann, Stefan Stoiber, Duc Huynh, Florian Märkl, Matthias Seifert, Katrin Manske, Javier Suarez-Gosalvez, Yi Zeng, Stefanie Lesch, Clara H. Karches, Constanze Heise, Adrian Gottschlich, Moritz Thomas, Carsten Marr, Jin Zhang, Dharmendra Pandey, Tobias
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 7, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciadv.abi5781

Modeling early treatment response in AML from cell-free tumor DNA

Autoren: Dantong Wang, Christian Rausch, Simon A. Buerger, Sebastian Tschuri, Maja Rothenberg-Thurley, Melanie Schulz, Jan Hasenauer, Frank Ziemann, Klaus H. Metzeler, Carsten Marr
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 26, 2025, Seite(n) 108271, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108271

H4K20 Methylation Is Differently Regulated by Dilution and Demethylation in Proliferating and Cell- Cycle-Arrested Xenopus Embryos

Autoren: Lea Schuh 1 , Carolin Loos 2 , Daniil Pokrovsky 3 , Axel Imhof 3 , Ralph A W Rupp 3 , Carsten Marr 4
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe Monthly, 2020, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier Inc
DOI: 10.1016/j.cels.2020.11.003

InstantDL - An easy-to-use deep learning pipeline for image segmentation and classification

Autoren: Dominik Jens Elias Waibel, Sayedali Shetab Boushehri & Carsten Marr
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe Monthly, 2021, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-04037-3

Spatial proteomics in neurons at single-protein resolution

Autoren: Eduard M. Unterauer, Sayedali Shetab Boushehri, Kristina Jevdokimenko, Luciano A. Masullo, Mahipal Ganji, Shama Sograte-Idrissi, Rafal Kowalewski, Sebastian Strauss, Susanne C.M. Reinhardt, Ana Perovic, Carsten Marr, Felipe Opazo, Eugenio F. Fornasiero, Ralf Jungmann
Veröffentlicht in: Cell, 2024, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2023.05.17.541210

CHIP & HIPs: Clonal Hematopoiesis is Common in Hip Arthroplasty Patients and Associates with Autoimmune Disease

Autoren: Judith S. Hecker, Luise Hartmann, Jennifer Rivière, Michèle C. Buck, Mark van der Garde, Maja Rothenberg-Thurley, Luise Fischer, Susann Winter, Bianka Ksienzyk, Frank Ziemann, Maria Solovey, Martina Rauner, Elena Tsourdi, Katja Sockel, Marie Schneider, Anne S. Kubasch, Martin Nolde, Dominikus Hausmann, Alexander C. Paulus, Jörg Lützner, Andreas Roth, Florian Bassermann, Karsten Spiekermann, Ca
Veröffentlicht in: Blood Journal, Ausgabe 8, 2021, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology

Highly accurate differentiation of bone marrow cell morphologies using deep neural networks on a large image data set

Autoren: Christian Matek, Sebastian Krappe, Christian Münzenmayer, Torsten Haferlach, Carsten Marr
Veröffentlicht in: Blood, Ausgabe 138, 2021, Seite(n) 1917-1927, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2020010568

Make deep learning algorithms in computational pathology more reproducible and reusable

Autoren: Sophia J. Wagner, Christian Matek, Sayedali Shetab Boushehri, Melanie Boxberg, Lorenz Lamm, Ario Sadafi, Dominik J. E. Waibel, Carsten Marr, Tingying Peng
Veröffentlicht in: Nature Medicine, Ausgabe 28, 2022, Seite(n) 1744-1746, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-022-01905-0

Explainable AI identifies diagnostic cells of genetic AML subtypes

Autoren: Matthias Hehr, Ario Sadafi, Christian Matek, Peter Lienemann, Christian Pohlkamp, Torsten Haferlach, Karsten Spiekermann, Carsten Marr
Veröffentlicht in: PLOS Digital Health, Ausgabe 2, 2023, Seite(n) e0000187, ISSN 2767-3170
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pdig.0000187

Highly accurate differentiation of bone marrow cell morphologies using deep neural networks on a large image dataset

Autoren: "Christian Matek, Sebastian Krappe, Christian Münzenmayer, Torsten Haferlach, Carsten Marr"""
Veröffentlicht in: Blood Journal, Ausgabe Monthly, 2021, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2020010568

Single-cell transcriptomic atlas-guided development of CAR-T cells for the treatment of acute myeloid leukemia

Autoren: Adrian Gottschlich, Moritz Thomas, Ruth Grünmeier, Stefanie Lesch, Lisa Rohrbacher, Veronika Igl, Daria Briukhovetska, Mohamed-Reda Benmebarek, Binje Vick, Sertac Dede, Katharina Müller, Tao Xu, Dario Dhoqina, Florian Märkl, Sophie Robinson, Andrea Sendelhofert, Heiko Schulz, Öykü Umut, Vladyslav Kavaka, Christina Angeliki Tsiverioti, Emanuele Carlini, Sayantan Nandi, Thaddäus Strzalkowski,
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 41, 2023, Seite(n) 1618-1632, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01684-0

Explainable machine learning for profiling the immunological synapse and functional characterization of therapeutic antibodies

Autoren: Sayedali Shetab Boushehri, Katharina Essig, Nikolaos-Kosmas Chlis, Sylvia Herter, Marina Bacac, Fabian J. Theis, Elke Glasmacher, Carsten Marr, Fabian Schmich
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43429-2

Tens of images can suffice to train neural networks for malignant leukocyte detection

Autoren: Jens P. E. Schouten, Christian Matek, Luuk F. P. Jacobs, Michèle C. Buck, Dragan Bošnački, Carsten Marr
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 11, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-86995-5

Progressive disruption of hematopoietic architecture from clonal hematopoiesis to MDS

Autoren: Michèle C. Buck, Lisa Bast, Judith S. Hecker, Jennifer Rivière, Maja Rothenberg-Thurley, Luisa Vogel, Dantong Wang, Immanuel Andrä, Fabian J. Theis, Florian Bassermann, Klaus H. Metzeler, Robert A.J. Oostendorp, Carsten Marr, Katharina S. Götze
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 26, 2024, Seite(n) 107328, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.107328

Conference proceedings (2)

CHIP & HIPs: Clonal Hematopoiesis is Common in Hip Arthroplasty Patients and Associates with Autoimmune Disease

Autoren: Judith S. Hecker, Luise Hartmann, Jennifer Rivière, Michèle C. Buck, Mark van der Garde, Maja Rothenberg-Thurley, Luise Fischer, Susann Winter, Bianka Ksienzyk, Frank Ziemann, Maria Solovey, Martina Rauner, Elena Tsourdi, Katja Sockel, Marie Schneider, Anne S. Kubasch, Martin Nolde, Dominikus Hausmann, Alexander C. Paulus, Jörg Lützner, Andreas Roth, Florian Bassermann, Karsten Spiekermann, Ca
Veröffentlicht in: Blood Journal, Ausgabe Monthly, 2021, ISSN 0006-4971
Herausgeber: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2020010163

Computational modeling of stem and progenitor cell kinetics identifies plausible hematopoietic lineage hierarchies

Autoren: Lisa Bast 1 2 , Michèle C Buck 3 , Judith S Hecker 3 , Robert A J Oostendorp 3 , Katharina S Götze 3 4 , Carsten Marr 1 2
Veröffentlicht in: iScience , Ausgabe Monthly, 2021, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier Inc
DOI: 10.1016/j.isci.2021.102120