Molecular atlas of the brain across the human lifespan

Información del proyecto

BRAINTIME

Identificador del acuerdo de subvención: 874606

DOI 10.3030/874606

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 6 Diciembre 2019

Fecha de inicio 1 Enero 2020

Fecha de finalización 30 Junio 2022

Financiado con arreglo a

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Coste total € 4 328 051,25

Aportación de la UE € 4 328 051,25

Coordinado por

KAROLINSKA INSTITUTET
Sweden

Publicaciones

Peer reviewed articles (15)

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autores: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Publicado en: Cell, 184 (12), Edición 00928674, 2021, Página(s) 3281-3298, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Comparison of seven single cell whole genome amplification commercial kits using targeted sequencing

Autores: Tamir Biezuner, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Yael Fried, Elena Ainbinder, and Ehud Shapiro
Publicado en: Scientific Reports, Edición 20452322, 2021, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-96045-9

Lineage recording in human cerebral organoids

Autores: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Publicado en: Nature Methods, Edición 15487091, 2021, Página(s) 90-99, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000524021

Single-cell RNA-sequencing of mammalian brain development: insights and future directions

Autores: Elin Vinsland , Sten Linnarsson
Publicado en: Development, Edición 09501991, 2022, ISSN 0950-1991
Editor: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.200180

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics.

Autores: Giovanna Brancati; Barbara Treutlein; J. Gray Camp
Publicado en: Neuron, 107 (6), Edición 08966273, 2020, Página(s) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation.

Autores: Mittnenzweig M, Mayshar Y, Cheng S, Ben-Yair R, Hadas R, Rais Y, Chomsky E, Reines N, Uzonyi A, Lumerman L, Lifshitz A, Mukamel Z, Orenbuch AH, Tanay A*, Stelzer Y*.
Publicado en: Cell, Edición 00928674, 2021, Página(s) 2825-2842, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

Evolutionary cell type mapping with single-cell genomics

Autores: Tanay A*, Sebé-Pedrós A*.
Publicado en: Trends in Genetics, Edición 01689525, 2021, Página(s) 919-932, ISSN 0168-9525
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2021.04.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Autores: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S.Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, NoaChapal-Ilan, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Bara Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Werner-Klein…Ehud Shapiro
Publicado en: Cell Reports Methods, Edición 26672375, 2021, ISSN 2667-2375
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054

The Organoid Cell Atlas

Autores: Christoph Bock, Michael Boutros, J. Gray Camp, Laura Clarke, Hans Clevers, Juergen A. Knoblich, Prisca Liberali, Aviv Regev, Anne C. Rios, Oliver Stegle, Hendrik G. Stunnenberg, Sarah A. Teichmann, Barbara Treutlein, Robert G. J. Vries & the Human Cell Atlas ‘Biological Network’ Organoids
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición 10870156, 2021, Página(s) 13-17, ISSN 1087-0156
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-00762-x

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Autores: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Publicado en: eLife, Edición 2050084X, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69745

Metacell-2: a divide-and-conquer metacell algorithm for scalable scRNA-seq analysis.

Autores: Ben-Kiki O, Bercovich A, Lifshitz A, Tanay A
Publicado en: Genome Biology, Edición 1474760X, 2022, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02667-1

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autores: Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Damian Wollny, Fides Zenk, Makiko Seimiya, Akanksha Jain, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Zhisong He, J. Gray Camp& Barbara Treutlein
Publicado en: Nature, Edición 00280836, 2022, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

The intrinsic and extrinsic effects of TET proteins during gastrulation

Autores: Saifeng Cheng, Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Aviezer Lifshitz, Marko Dunjić, Yoach Rais, Raz Ben-Yair, Stephanie Gehrs, Elad Chomsky, Zohar Mukamel, Hernan Rubinstein, Katharina Schlereth, Netta Reines, Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay, Yonatan Stelzer
Publicado en: Cell, Edición 00928674, 2022, Página(s) 3169-3185, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.049

NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency

Autores: "H.-C. Lin*, Z. He*, S. Ebert*, M. Schörnig, M. Santel, A. Weigert, W. Hevers, N. N. Kasri, E. Taverna, J. G. Camp#, B. Treutlein#,"
Publicado en: Stem Cell Reports, Edición 22136711, 2021, Página(s) 2118-2127, ISSN 2213-6711
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2021.07.006

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Autores: Ofir Raz; Liming Tao; Tamir Biezuner; Tzipy Marx; Yaara Neumeier; Narek Tumanyan; Ehud Shapiro
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences; Volume 23; Edición 11; Pages: 6161, Edición 14220067, 2022, Página(s) 6161, ISSN 1422-0067
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

Non-peer reviewed articles (1)

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human organoid development

Autores: "P. Wahle*, G. Brancati*, C. Harmel*, Z. He*, G. Gut, A. Santos, Q. Yu, P. Noser, J.S. Fleck, B. Gjeta, D. Pavlinić, S. Picelli, M. Hess, G. Schmidt, T. Lummen, Y. Hou, P. Galliker, M. Renner, L. Pelkmans#, B. Treutlein#, J.G. Camp"
Publicado en: BioRxiv, Edición 26928205, 2022, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.03.16.484396