Molecular atlas of the brain across the human lifespan

Informazioni relative al progetto

BRAINTIME

ID dell’accordo di sovvenzione: 874606

DOI

10.3030/874606

Progetto chiuso

Data della firma CE 6 Dicembre 2019

Data di avvio 1 Gennaio 2020

Data di completamento 30 Giugno 2022

Finanziato da

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Costo totale

€ 4 328 051,25

Contributo UE

€ 4 328 051,25

Coordinato da

KAROLINSKA INSTITUTET
Sweden

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (15)

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autori: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Pubblicato in: Cell, 184 (12), Numero 00928674, 2021, Pagina/e 3281-3298, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Comparison of seven single cell whole genome amplification commercial kits using targeted sequencing

Autori: Tamir Biezuner, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Yael Fried, Elena Ainbinder, and Ehud Shapiro
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 20452322, 2021, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-96045-9

Lineage recording in human cerebral organoids

Autori: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 15487091, 2021, Pagina/e 90-99, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000524021

Single-cell RNA-sequencing of mammalian brain development: insights and future directions

Autori: Elin Vinsland , Sten Linnarsson
Pubblicato in: Development, Numero 09501991, 2022, ISSN 0950-1991
Editore: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.200180

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics.

Autori: Giovanna Brancati; Barbara Treutlein; J. Gray Camp
Pubblicato in: Neuron, 107 (6), Numero 08966273, 2020, Pagina/e 1000-1013, ISSN 0896-6273
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation.

Autori: Mittnenzweig M, Mayshar Y, Cheng S, Ben-Yair R, Hadas R, Rais Y, Chomsky E, Reines N, Uzonyi A, Lumerman L, Lifshitz A, Mukamel Z, Orenbuch AH, Tanay A*, Stelzer Y*.
Pubblicato in: Cell, Numero 00928674, 2021, Pagina/e 2825-2842, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

Evolutionary cell type mapping with single-cell genomics

Autori: Tanay A*, Sebé-Pedrós A*.
Pubblicato in: Trends in Genetics, Numero 01689525, 2021, Pagina/e 919-932, ISSN 0168-9525
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2021.04.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Autori: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S.Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, NoaChapal-Ilan, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Bara Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Werner-Klein…Ehud Shapiro
Pubblicato in: Cell Reports Methods, Numero 26672375, 2021, ISSN 2667-2375
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054

The Organoid Cell Atlas

Autori: Christoph Bock, Michael Boutros, J. Gray Camp, Laura Clarke, Hans Clevers, Juergen A. Knoblich, Prisca Liberali, Aviv Regev, Anne C. Rios, Oliver Stegle, Hendrik G. Stunnenberg, Sarah A. Teichmann, Barbara Treutlein, Robert G. J. Vries & the Human Cell Atlas ‘Biological Network’ Organoids
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 10870156, 2021, Pagina/e 13-17, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-00762-x

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Autori: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Pubblicato in: eLife, Numero 2050084X, 2022, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69745

Metacell-2: a divide-and-conquer metacell algorithm for scalable scRNA-seq analysis.

Autori: Ben-Kiki O, Bercovich A, Lifshitz A, Tanay A
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 1474760X, 2022, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02667-1

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autori: Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Damian Wollny, Fides Zenk, Makiko Seimiya, Akanksha Jain, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Zhisong He, J. Gray Camp& Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature, Numero 00280836, 2022, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

The intrinsic and extrinsic effects of TET proteins during gastrulation

Autori: Saifeng Cheng, Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Aviezer Lifshitz, Marko Dunjić, Yoach Rais, Raz Ben-Yair, Stephanie Gehrs, Elad Chomsky, Zohar Mukamel, Hernan Rubinstein, Katharina Schlereth, Netta Reines, Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay, Yonatan Stelzer
Pubblicato in: Cell, Numero 00928674, 2022, Pagina/e 3169-3185, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.049

NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency

Autori: "H.-C. Lin*, Z. He*, S. Ebert*, M. Schörnig, M. Santel, A. Weigert, W. Hevers, N. N. Kasri, E. Taverna, J. G. Camp#, B. Treutlein#,"
Pubblicato in: Stem Cell Reports, Numero 22136711, 2021, Pagina/e 2118-2127, ISSN 2213-6711
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2021.07.006

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Autori: Ofir Raz; Liming Tao; Tamir Biezuner; Tzipy Marx; Yaara Neumeier; Narek Tumanyan; Ehud Shapiro
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences; Volume 23; Numero 11; Pages: 6161, Numero 14220067, 2022, Pagina/e 6161, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

Non-peer reviewed articles (1)

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human organoid development

Autori: "P. Wahle*, G. Brancati*, C. Harmel*, Z. He*, G. Gut, A. Santos, Q. Yu, P. Noser, J.S. Fleck, B. Gjeta, D. Pavlinić, S. Picelli, M. Hess, G. Schmidt, T. Lummen, Y. Hou, P. Galliker, M. Renner, L. Pelkmans#, B. Treutlein#, J.G. Camp"
Pubblicato in: BioRxiv, Numero 26928205, 2022, ISSN 2692-8205
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.03.16.484396