Molecular atlas of the brain across the human lifespan

Informations projet

BRAINTIME

N° de convention de subvention: 874606

DOI

10.3030/874606

Projet clôturé

Date de signature de la CE 6 Decembre 2019

Date de début 1 Janvier 2020

Date de fin 30 Juin 2022

Financé au titre de

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Coût total

€ 4 328 051,25

Contribution de l’UE

€ 4 328 051,25

Coordonné par

KAROLINSKA INSTITUTET
Sweden

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Publications

Peer reviewed articles (15)

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Auteurs: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Publié dans: Cell, 184 (12), Numéro 00928674, 2021, Page(s) 3281-3298, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Comparison of seven single cell whole genome amplification commercial kits using targeted sequencing

Auteurs: Tamir Biezuner, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Yael Fried, Elena Ainbinder, and Ehud Shapiro
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 20452322, 2021, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-96045-9

Lineage recording in human cerebral organoids

Auteurs: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Publié dans: Nature Methods, Numéro 15487091, 2021, Page(s) 90-99, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000524021

Single-cell RNA-sequencing of mammalian brain development: insights and future directions

Auteurs: Elin Vinsland , Sten Linnarsson
Publié dans: Development, Numéro 09501991, 2022, ISSN 0950-1991
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.200180

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics.

Auteurs: Giovanna Brancati; Barbara Treutlein; J. Gray Camp
Publié dans: Neuron, 107 (6), Numéro 08966273, 2020, Page(s) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation.

Auteurs: Mittnenzweig M, Mayshar Y, Cheng S, Ben-Yair R, Hadas R, Rais Y, Chomsky E, Reines N, Uzonyi A, Lumerman L, Lifshitz A, Mukamel Z, Orenbuch AH, Tanay A*, Stelzer Y*.
Publié dans: Cell, Numéro 00928674, 2021, Page(s) 2825-2842, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

Evolutionary cell type mapping with single-cell genomics

Auteurs: Tanay A*, Sebé-Pedrós A*.
Publié dans: Trends in Genetics, Numéro 01689525, 2021, Page(s) 919-932, ISSN 0168-9525
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2021.04.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Auteurs: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S.Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, NoaChapal-Ilan, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Bara Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Werner-Klein…Ehud Shapiro
Publié dans: Cell Reports Methods, Numéro 26672375, 2021, ISSN 2667-2375
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054

The Organoid Cell Atlas

Auteurs: Christoph Bock, Michael Boutros, J. Gray Camp, Laura Clarke, Hans Clevers, Juergen A. Knoblich, Prisca Liberali, Aviv Regev, Anne C. Rios, Oliver Stegle, Hendrik G. Stunnenberg, Sarah A. Teichmann, Barbara Treutlein, Robert G. J. Vries & the Human Cell Atlas ‘Biological Network’ Organoids
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 10870156, 2021, Page(s) 13-17, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-00762-x

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Auteurs: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Publié dans: eLife, Numéro 2050084X, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69745

Metacell-2: a divide-and-conquer metacell algorithm for scalable scRNA-seq analysis.

Auteurs: Ben-Kiki O, Bercovich A, Lifshitz A, Tanay A
Publié dans: Genome Biology, Numéro 1474760X, 2022, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02667-1

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Auteurs: Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Damian Wollny, Fides Zenk, Makiko Seimiya, Akanksha Jain, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Zhisong He, J. Gray Camp& Barbara Treutlein
Publié dans: Nature, Numéro 00280836, 2022, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

The intrinsic and extrinsic effects of TET proteins during gastrulation

Auteurs: Saifeng Cheng, Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Aviezer Lifshitz, Marko Dunjić, Yoach Rais, Raz Ben-Yair, Stephanie Gehrs, Elad Chomsky, Zohar Mukamel, Hernan Rubinstein, Katharina Schlereth, Netta Reines, Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay, Yonatan Stelzer
Publié dans: Cell, Numéro 00928674, 2022, Page(s) 3169-3185, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.049

NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency

Auteurs: "H.-C. Lin*, Z. He*, S. Ebert*, M. Schörnig, M. Santel, A. Weigert, W. Hevers, N. N. Kasri, E. Taverna, J. G. Camp#, B. Treutlein#,"
Publié dans: Stem Cell Reports, Numéro 22136711, 2021, Page(s) 2118-2127, ISSN 2213-6711
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2021.07.006

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Auteurs: Ofir Raz; Liming Tao; Tamir Biezuner; Tzipy Marx; Yaara Neumeier; Narek Tumanyan; Ehud Shapiro
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences; Volume 23; Numéro 11; Pages: 6161, Numéro 14220067, 2022, Page(s) 6161, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

Non-peer reviewed articles (1)

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human organoid development

Auteurs: "P. Wahle*, G. Brancati*, C. Harmel*, Z. He*, G. Gut, A. Santos, Q. Yu, P. Noser, J.S. Fleck, B. Gjeta, D. Pavlinić, S. Picelli, M. Hess, G. Schmidt, T. Lummen, Y. Hou, P. Galliker, M. Renner, L. Pelkmans#, B. Treutlein#, J.G. Camp"
Publié dans: BioRxiv, Numéro 26928205, 2022, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.03.16.484396