Molecular atlas of the brain across the human lifespan

Projektinformationen

BRAINTIME

ID Finanzhilfevereinbarung: 874606

DOI 10.3030/874606

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 6 Dezember 2019

Startdatum 1 Januar 2020

Enddatum 30 Juni 2022

Finanziert unter

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Gesamtkosten € 4 328 051,25

EU-Beitrag € 4 328 051,25

Koordiniert durch

KAROLINSKA INSTITUTET
Sweden

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (15)

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autoren: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Veröffentlicht in: Cell, 184 (12), Ausgabe 00928674, 2021, Seite(n) 3281-3298, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Comparison of seven single cell whole genome amplification commercial kits using targeted sequencing

Autoren: Tamir Biezuner, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Yael Fried, Elena Ainbinder, and Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 20452322, 2021, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-96045-9

Lineage recording in human cerebral organoids

Autoren: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15487091, 2021, Seite(n) 90-99, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000524021

Single-cell RNA-sequencing of mammalian brain development: insights and future directions

Autoren: Elin Vinsland , Sten Linnarsson
Veröffentlicht in: Development, Ausgabe 09501991, 2022, ISSN 0950-1991
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.200180

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics.

Autoren: Giovanna Brancati; Barbara Treutlein; J. Gray Camp
Veröffentlicht in: Neuron, 107 (6), Ausgabe 08966273, 2020, Seite(n) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

A single-embryo, single-cell time-resolved model for mouse gastrulation.

Autoren: Mittnenzweig M, Mayshar Y, Cheng S, Ben-Yair R, Hadas R, Rais Y, Chomsky E, Reines N, Uzonyi A, Lumerman L, Lifshitz A, Mukamel Z, Orenbuch AH, Tanay A*, Stelzer Y*.
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 00928674, 2021, Seite(n) 2825-2842, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.004

Evolutionary cell type mapping with single-cell genomics

Autoren: Tanay A*, Sebé-Pedrós A*.
Veröffentlicht in: Trends in Genetics, Ausgabe 01689525, 2021, Seite(n) 919-932, ISSN 0168-9525
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2021.04.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Autoren: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S.Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, NoaChapal-Ilan, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Bara Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Werner-Klein…Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: Cell Reports Methods, Ausgabe 26672375, 2021, ISSN 2667-2375
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054

The Organoid Cell Atlas

Autoren: Christoph Bock, Michael Boutros, J. Gray Camp, Laura Clarke, Hans Clevers, Juergen A. Knoblich, Prisca Liberali, Aviv Regev, Anne C. Rios, Oliver Stegle, Hendrik G. Stunnenberg, Sarah A. Teichmann, Barbara Treutlein, Robert G. J. Vries & the Human Cell Atlas ‘Biological Network’ Organoids
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 10870156, 2021, Seite(n) 13-17, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-00762-x

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Autoren: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 2050084X, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69745

Metacell-2: a divide-and-conquer metacell algorithm for scalable scRNA-seq analysis.

Autoren: Ben-Kiki O, Bercovich A, Lifshitz A, Tanay A
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 1474760X, 2022, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02667-1

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autoren: Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Damian Wollny, Fides Zenk, Makiko Seimiya, Akanksha Jain, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Zhisong He, J. Gray Camp& Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 00280836, 2022, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

The intrinsic and extrinsic effects of TET proteins during gastrulation

Autoren: Saifeng Cheng, Markus Mittnenzweig, Yoav Mayshar, Aviezer Lifshitz, Marko Dunjić, Yoach Rais, Raz Ben-Yair, Stephanie Gehrs, Elad Chomsky, Zohar Mukamel, Hernan Rubinstein, Katharina Schlereth, Netta Reines, Ayelet-Hashahar Orenbuch, Amos Tanay, Yonatan Stelzer
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 00928674, 2022, Seite(n) 3169-3185, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.06.049

NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency

Autoren: "H.-C. Lin*, Z. He*, S. Ebert*, M. Schörnig, M. Santel, A. Weigert, W. Hevers, N. N. Kasri, E. Taverna, J. G. Camp#, B. Treutlein#,"
Veröffentlicht in: Stem Cell Reports, Ausgabe 22136711, 2021, Seite(n) 2118-2127, ISSN 2213-6711
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2021.07.006

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Autoren: Ofir Raz; Liming Tao; Tamir Biezuner; Tzipy Marx; Yaara Neumeier; Narek Tumanyan; Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences; Volume 23; Ausgabe 11; Pages: 6161, Ausgabe 14220067, 2022, Seite(n) 6161, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

Non-peer reviewed articles (1)

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human organoid development

Autoren: "P. Wahle*, G. Brancati*, C. Harmel*, Z. He*, G. Gut, A. Santos, Q. Yu, P. Noser, J.S. Fleck, B. Gjeta, D. Pavlinić, S. Picelli, M. Hess, G. Schmidt, T. Lummen, Y. Hou, P. Galliker, M. Renner, L. Pelkmans#, B. Treutlein#, J.G. Camp"
Veröffentlicht in: BioRxiv, Ausgabe 26928205, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.03.16.484396